2020 Fiscal Year Annual Research Report
Mathematical analysis of outlier immune cells using extreme statistics
Publicly Offered Research
| Project Area | Singularity biology |
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| Project/Area Number |
19H05422
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
中村 直俊 名古屋大学, 理学研究科, 特任准教授 (30554472)
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| Project Period (FY) |
2019-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 細胞間不均一性 / 距離学習 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
多光子顕微鏡で観察された免疫細胞の運動を解析する過程で得られた、距離学習による細胞軌跡の可視化手法を、Springer社の国際学会特集書籍に原著論文として投稿し、査読を経て掲載された。（Nakamura N and Yamada R. Proceedings in Mathematics & Statistics (Methods of Mathematical Oncology: Fusion of Mathematics and Biology): Distance-matrix-based extraction of motility features from functionally heterogeneous cell populations, 283-293, Springer (2021).）同様の距離学習は、細胞間の不均一性以外のみならず、個体間の表現型の不均一性を可視化する目的で利用可能である(Nakamura N et al., medRxiv 2022)。近年盛んになっている深層学習ベースの学習方法とは異なる、新たな教師なし学習手法として拡張可能性があると考えられ、今後も研究を進めていく。また、複数の数理モデルの距離を木構造を用いて比較する新規方法について、共同研究者と進めていた研究が情報系の国際学会 ISAAC 2022 (33rd International Symposium on Algorithms and Computation) に査読を経て採択され、Leibniz International Proceedings in Informatics に収録された。（Akutsu T, Mori T, Nakamura N et al. On the complexity of tree edit distance with variables. doi: 10.4230/LIPIcs.ISAAC.2022.44）この手法についても、上記の距離学習の副産物というべき成果であり、BioModelsなどの数理モデルデータベースへの応用を検討している。
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| Research Progress Status |
令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(14 results)
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[Journal Article] Blood flow kinetic energy is a novel marker for right ventricular global systolic function in patients with left ventricular assist device therapy2023
Author(s)
Akiyama K, Colombo PC, Stohr EJ, Ji R, Wu IY, Itatani K, Miyazaki S, Nishino T, Nakamura N, Nakajima Y, McDonnel BJ, Takeda K, Yuzefpolskaya M, Takayama H
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Journal Title
Front. Cardiovasc. Med.,
Volume: 10
Pages: 1093576
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Stratifying elicited antibody dynamics after two doses of SARS-CoV-2 vaccine in a community-based cohort in Fukushima, Japan.2022
Author(s)
Nakamura N, Kobashi Y, Kim KS, Tani, Shimazu, Zhao, Nishikawa, Omata, Kawashima, Yoshida, Abe, Saito Y, Senoo Y, Nonaka S, Takita M, Yamamoto C, Kawamura T, Sugiyama A, Nakayama A, Kaneko Y, Park H, Jeong YD, Tatematsu D, Akao M, Sato Y, Iwanami S, Fujita Y, Wakui M, Aihara K, Kodama T, Shibuya K, Iwami S, Tsubokura M
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Journal Title
medRxiv
Volume: -
Pages: -
DOI
Open Access
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[Journal Article] A personalized antibody score for predicting individual COVID-19 vaccine-elicited antibody levels from basic demographic and health information.2022
Author(s)
Nakamura N, Park H, Kim KS, Sato Y, Jeong YD, Iwanami S, Fujita Y, Zhao T, Tani Y, Nishikawa Y, Yamamoto C, Kobashi Y, Kawamura T, Sugiyama A, Nakayama A, Kaneko Y, Aihara K, Iwami S, Tsubokura M.
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Journal Title
medRxiv
Volume: -
Pages: -
DOI
Open Access
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