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2020 Fiscal Year Annual Research Report

High-Speed AFM Visualization of Structural Dynamics of Porous Coordination Polymers Induced External Stimuli

Publicly Offered Research

Project AreaSoft Crystals: Science and Photofunctions of Easy-Responsive Systems with Felxibility and Higher-Ordering
Project/Area Number 20H04669
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

内橋 貴之  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (30326300)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Keywords高速原子間力顕微鏡 / ソフトクリスタル / MOF / MMF / 分子分解能イメージング
Outline of Annual Research Achievements

1. 多孔性結晶の高解像可視化技術の確立
MOFはDMF中で結晶が安定なことから、観察ステージへの固定にアクリル系接着剤を使用することが出来ない。低融点ハンダやワックスなどいくつか試した結果、ステンレス製ステージにワックスを塗布して結晶の一部を埋め込むことでDMF中でも安定に保持できることができた。さらに、最適な計測条件を検討した結果、MOF結晶表面の格子像を安定に可視化できるようになった。しかしながら、MOF結晶表面に数nmスケールの汚染物質が付着していることが判明し、ゲスト分子を導入することが困難な状態である。現在、汚染物質の特定と表面の清浄化を行っている。水中でも結晶が安定なピラーアレーン結晶表面での測定も試みており、いくつかの結晶で結晶格子像を得ることが出来ている。
2. 高速AFMのソフトクリスタルへの応用
領域内外の研究グループとの共同研究により高速AFM技術を様々なソフトクリスタル材料に応用している。TCPPとCaやCuからなる金属-有機薄膜の構造解析を行い、TCPP-Caでマイカ基板に分子1層の配列構造が形成されていることを確認できた(A03 石井Gとの共同研究)。また、ベイポクロミック結晶表面の高速AFM観察を行い、メタノール蒸気に晒すと表面構造が大きく変化する様子を観察することが出来た(A01 加藤Gとの共同研究)。その他、領域外共同研究によって、温度応答性ハイドロゲル微粒子の温度依存的な形態変化の観察1)や微粒子の重合初期家庭の観察2)に成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

計画通りMOF表面の高速AFMによる高解像観察の計測条件をほぼ確立できた。また、MMF表面での金粒子の観察も順調にすすでいる。さらに、領域内共同研究も実施できているため。

Strategy for Future Research Activity

1) ゲスト分子の取り込みと格子歪の経時観察: 細孔へのゲスト分子の取り込み過程とゲスト分子が取り込まれた領域近傍の結晶格子の歪およびその表面伝播過程を可視化する。この測定により、細孔へのゲスト分子の吸着をトリガーとした局所結晶歪みと、それに起因するゲスト分子吸着の協同的挙動について明らかにする。
2)MMF結晶表面での金ナノ粒子の成長過程の観察:MMF結晶表面で金ナノ粒子(AuNK)が形状選択的に生成することが見いだされている。AuNKの核形成からナノ粒子までの成長過程を高速AFMで追跡し、結晶表面構造とAuNK形成の関係や成長速度と形状の関係等を明らかにし、精密ナノ構造制御のための基本的知見を得る。
3) 機械刺激による局所結晶歪の誘起とゲスト分子の取り込み制御: AFMプローブによって多孔性結晶表面へ力学刺激を与え、表面に格子歪を誘起する。誘起された細孔サイズの変化に応じたゲスト分子の位置選択的取り込みを試みる。

  • Research Products

    (23 results)

All 2021 2020 Other

All Journal Article (13 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 13 results,  Open Access: 5 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Non-close-packed arrangement of soft elastomer microspheres on solid substrates2021

    • Author(s)
      Yuma Sasaki, Seina Hiroshige, Masaya Takizawa, Yuichiro Nishizawa, Takayuki Uchihashi, Haruka Minato and Daisuke Suzuki
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: 11 Pages: 14562-14567

    • DOI

      10.1039/D1RA02688G

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Nanostructure and thermoresponsiveness of poly(N-isopropyl methacrylamide)-based hydrogel microspheres prepared via aqueous free radical precipitation polymerization2021

    • Author(s)
      Yuichiro Nishizawa, Haruka Minato, Takumi Inui, Ikuma Saito, Takuma Kureha, Mitsuhiro Shibayama, Takayuki Uchihashi and Daisuke Suzuki
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: 11 Pages: 13130-13137

    • DOI

      10.1039/D1RA01650D

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dynamic Assembly/Disassembly of Staphylococcus aureus FtsZ Visualized by High-Speed Atomic Force Microscopy2021

    • Author(s)
      Junso Fujita, Shogo Sugiyama, Haruna Terakado, Maho Miyazaki, Mayuki Ozawa, Nanami Ueda, Natsuko Kuroda, Shun-ichi Tanaka, Takuya Yoshizawa, Takayuki Uchihashi and Hiroyoshi Matsumura
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 22 Pages: 1697

    • DOI

      10.3390/ijms22041697

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Single-molecule level dynamic observation of disassembly of the apo-ferritin cage in solution2020

    • Author(s)
      Basudev Maity, Zhipeng Li, Kento Niwase, Christian Ganser, Tadaomi Furuta, Takayuki Uchihashi, Diannan Lu, Takafumi Ueno
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 22 Pages: 18562-18572

    • DOI

      10.1039/D0CP02069A

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Nanostructures, Thermoresponsiveness, and Assembly Mechanism of Hydrogel Microspheres during Aqueous Free-Radical Precipitation Polymerization2020

    • Author(s)
      Yuichiro Nishizawa, Haruka Minato, Takumi Inui, Takayuki Uchihashi*, Daisuke Suzuki
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 37 Pages: 151-159

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.0c02654

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Novel Babesia bovis exported proteins that modify properties of infected red blood cells2020

    • Author(s)
      Hassan Hakimi, Thomas J Templeton, Miako Sakaguchi, Junya Yamagishi, Shinya Miyazaki, Kazuhide Yahata, Takayuki Uchihashi, Shin-ichiro Kawazu, Osamu Kaneko, Masahito Asada
    • Journal Title

      PLoS pathogens

      Volume: 16 Pages: e1008917

    • DOI

      10.1371/journal.ppat.1008917

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural insights into the mechanism of rhodopsin phosphodiesterase2020

    • Author(s)
      Tatsuya Ikuta, Wataru Shihoya, Masahiro Sugiura, Kazuho Yoshida, Masahito Watari, Takaya Tokano, Keitaro Yamashita, Kota Katayama, Satoshi P. Tsunoda, Takayuki Uchihashi, Hideki Kandori and Osamu Nureki
    • Journal Title

      Nature Communications_

      Volume: 11 Pages: 5605

    • DOI

      10.1038/s41467-020-19376-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Convergent evolution of processivity in bacterial and fungal cellulases2020

    • Author(s)
      Taku Uchiyama, Takayuki Uchihashi#, Akihiko Nakamurad, Hiroki Watanabec, Satoshi Kanekoe, Masahiro Samejimaa, and Kiyohiko Igarashi
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      Volume: 117 Pages: 19896-19903

    • DOI

      10.1073/pnas.2011366117

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Direct visualization of the conformational change of FUS/TLS upon binding to promoter-associated non-coding RNA2020

    • Author(s)
      Nesreen Hamad, Hiroki Watanabe, Takayuki Uchihashi, Riki Kurokawa, Takashi Nagata, and Masato Katahira
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 56 Pages: 9134-9137

    • DOI

      10.1039/D0CC03776A

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Dynamics of a Protein Domain Relevant to the Water-Oxidizing Complex in Photosystem II as Visualized by High-Speed Atomic Force Microscopy2020

    • Author(s)
      Takaya Tokano, Yuki Kato, Shogo Sugiyama, Takayuki Uchihashi, and Takumi Noguchi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 124 Pages: 5847-5857

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c03892

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Assembly mechanism of a supramolecular MS-ring complex to initiate bacterial flagellar biogenesis in Vibrio species2020

    • Author(s)
      Hiroyuki Terashima, Keiichi Hirano, Yuna Inoue, Takaya Tokano, Akihiro Kawamoto, Takayuki Kato, Erika Yamaguchi, Keiichi Namba, Takayuki Uchihashi, Seiji Kojima and Michio Homma
    • Journal Title

      Journal of Bacteriology

      Volume: 202 Pages: e00236-20

    • DOI

      10.1128/JB.00236-20

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thermoresponsive structural changes of single poly(N-isopropyl acrylamide) hydrogel microspheres under densely packed conditions on a solid substrate2020

    • Author(s)
      Haruka Minato, Yuichiro Nishizawa, Takayuki Uchihashi and Disuke Suzuki
    • Journal Title

      Polymer Journal

      Volume: 52 Pages: 1137-1141

    • DOI

      10.1038/s41428-020-0372-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamic behavior of an artificial protein needle contacting a membrane observed by high-speed atomic force microscopy2020

    • Author(s)
      Takafumi Ueno, Kento Niwase, Daisho Tsubokawa, Kosuke Kikuchi, Natsumi Takai, Tadaomi Furuta, Ryuji Kawano, Takayuki Uchihashi
    • Journal Title

      Nanoscale

      Volume: 12 Pages: 8166-8173

    • DOI

      10.1039/D0NR01121E

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 高速AFMによる酸素発生光化学系II のドメイン構造揺らぎの可視化2020

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      ブルカージャパン オンラインシンポジウム ~単一生体分子の動的プロセス評価に向けた高速AFM技術~
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡でタンパク質の一分子動態を可視化する2020

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      新学術領域合同シンポジウム-ソフトロボット学と発動分子科学の境界
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡で可視化する生体・人工分子のダイナミクス2020

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      岡山大学大学院医歯薬学総合研究科(薬学系) 先端薬学特論 公開セミナー
    • Invited
  • [Presentation] HS-AFM as a versatile tool to study dynamical and mechanical properties of proteins2020

    • Author(s)
      Christian Ganser, Kimitoshi Takeda, Ryota Iino, Koichi Kato and Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会: Symposium "The Multiple Modes of Proteins ? From Molecular Dynamics to Pathogenesis -
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 高速原子間顕微鏡による膜輸送装置Secの動態観察2020

    • Author(s)
      長池航, 板家成良, 春山隆充, 塚崎智也, 内橋貴之
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第46回討論会
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡を用いた光化学系IIの動態観察2020

    • Author(s)
      戸叶貴也, 加藤祐樹, 杉山翔吾, 野口巧, 内橋貴之
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第46回討論会
  • [Presentation] Observation of Substrate Binding Sec Translocon and Structural Change of SecA with HS-AFM2020

    • Author(s)
      Wataru Nagaike, Takamitsu Haruyama, Tomoya Tsukazaki and Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 溶液中HS-AFM observation of Amyloid β elongation and inhibition by antibodies2020

    • Author(s)
      Shogo Miyajima, Maho Yagi-Utsumi, Takayuki Uchihashi and Koichi Kato
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Chasing the transformation between monomer and dimer structure of cadherin anchored to supported lipid bilayer by high-speed AFM2020

    • Author(s)
      Shigetaka Nishiguchi, Hiroki Oda and Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      第58回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 名古屋大学D研ホームページ

    • URL

      http://d.phys.nagoya-u.ac.jp/

URL: 

Published: 2021-12-27  

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