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2020 Fiscal Year Annual Research Report

分子夾雑環境における酸化的フォールディングのモニタリング法の開発

Publicly Offered Research

Project AreaChemical Approaches for Miscellaneous / Crowding Live Systems
Project/Area Number 20H04688
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

奥村 正樹  東北大学, 学際科学フロンティア研究所, 助教 (50635810)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Keywordsセミインタクト細胞 / シャペロン / 酸化的フォールディング / カルシウム / PDI
Outline of Annual Research Achievements

分子夾雑環境である小胞体内における酸化的フォールディングの観測法を新たに開発し、世界に先駆けて細胞内フォールディングの理解を目指した。セミインタイクト細胞を用いた小胞体内酸化的フォールディングの解析技術は海外のグループと開発を進めてきたが、渡航が制限される中で、2020年度は、小胞体内フォールディング補助因子の構造機能相関研究に注力した。
小胞体内局在シャペロンであるP5に着眼し、P5の新規モチーフの発見と機能制御についてCell PressのStructure誌に論文を発表した。さらに、このP5は小胞体局在酵素による液滴に含まれることを発見した。この発見はこれまで集積されてきた「従来の希薄溶液中の酵素・シャペロン」の挙動だけで説明できない生命現象に立脚し、分子夾雑下新たな酵素・シャペロンの実際に迫る発見であり、今後、論文化を進める。
また、農工大村岡教授らと、酵素・シャペロンを模倣した新たなフォールディング補助分子の開発も進めており、一部は論文として成果報告しており、デザイン法を確立しつつある。今後細胞内分子局雑下での検証を行う必要がある。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

セミインタイクト細胞を用いた小胞体内酸化的フォールディングの開発は海外のグループと行っているが、海外の渡航が制限される中2021年度進まなかった。一方で、小胞体局在シャペロンであるP5やERp57の原著論文化が進んでおり、新たな知見が得られつつあり、分子夾雑下フォールディング補助の理解は格段に進んだ。また、酵素を模倣した新たなフォールディング補助分子を有機的に合成し、その有用性を論文化した。特に、P5の新規構造を決定し、Structure誌に掲載されたことは成果として挙げられる。以上の理由により、(2)とした。

Strategy for Future Research Activity

無細胞タンパク質合成系とセミインタクト細胞の技術を組み合わせた新規システムの開発を進め、今後各種PDIファミリーをsiRNAでノックダウンしたセミインタクト細胞を用い、小胞体内酸化的フォールディングを観察することで、小胞体内における個々のPDIファミリーの機能を解析する。さらに、新たに合成した人工シャペロンにおいても、セミインタクト細胞を用いることで、小胞体内酸化的フォールディングの効率を検証し、分子夾雑環境である細胞内でも十分にはたらく新たな人工シャペロンを独自に開発する。

  • Research Products

    (16 results)

All 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 8 results) Presentation (2 results) (of which Invited: 2 results) Book (2 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Glasgow(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      University of Glasgow
  • [Int'l Joint Research] Korea Basic Science Institute(韓国)

    • Country Name
      KOREA (REP. OF KOREA)
    • Counterpart Institution
      Korea Basic Science Institute
  • [Journal Article] A unique leucine-valine adhesive motif supports structure and function of protein disulfide isomerase P5 via dimerization2021

    • Author(s)
      Okumura, M.,* Kanemura, S.,# Matsusaki, M., # Kinoshita, M., # Saio, T., Ito, D., Hirayama, C., Kumeta, H., Watabe, M., Amagai, Y., Lee, Y.H., Akiyama, S., and Inaba, K.*
    • Journal Title

      Structure

      Volume: in press Pages: in press

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Distinct roles and actions of protein disulfide isomerase family enzymes in catalysis of co-translational disulfide bond formation2021

    • Author(s)
      Hirayama, C., Machida, K., Noi, K., Murakawa, T., Okumura, M., Ogura, T., Imataka, H., and Inaba, K*.
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 4 Pages: 102296

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Conjugate of Thiol and Guanidyl Units with Oligoethylene Glycol Linkage for Manipulation of Oxidative Protein Folding2021

    • Author(s)
      Okada, S., Matsusaki, M., Okumura, M.,* and Muraoka, T.*
    • Journal Title

      molecules

      Volume: 26 Pages: 879

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Visualization of structural dynamics of protein disulfide isomerase enzymes in catalysis of oxidative folding and reductive unfolding2021

    • Author(s)
      Okumura M, Noi K, and Inaba K*
    • Journal Title

      Current Opinion in Structural Biology

      Volume: 66 Pages: 49 - 57

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] PDI Family Members as Guides for Client Folding and Assembly2020

    • Author(s)
      Kanemura, S, Matsusaki, M, Inaba, K, and Okumura, M.*
    • Journal Title

      Int. J. Mol. Sci.

      Volume: 21 Pages: E9351

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Antipsychotic olanzapine-induced misfolding of proinsulin in the ER accounts for atypical development of diabetes2020

    • Author(s)
      Ninagawa S*, Tada S,# Okumura M,# Inoguchi K,# Kinoshita M, Kanemura S, Imami K, Umezawa H, Ishikawa T, Okada T, Mackin R, Torii S, Ishihama Y, Inaba K, Anazawa T, Nagamine T, Mori K*
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 9 Pages: e60970

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Biochemical characterization of ER-resident peroxidases, GPx7 and GPx8, reveals their different and regulated oxidative activities2020

    • Author(s)
      Kanemura S., Sofia E., Hirai N., Okumura M., Kadokura H., and Inaba K.*
    • Journal Title

      JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY

      Volume: 295 Pages: 12772 - 12785

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Solution NMR for investigation of liquid-liquid phase separation2020

    • Author(s)
      Saio T*, Okumura M, Lee Y.H*
    • Journal Title

      JKMRS

      Volume: 24 Pages: 47 - 52

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 小胞体内ジスルフィド結合触媒ネットワークとインスリンフォールディングの品質管理2020

    • Author(s)
      奥村正樹、稲葉謙次
    • Organizer
      分子生物学会webフォーラム
    • Invited
  • [Presentation] 液液相分離する小胞体内シャペロンの発見、機能、制御機構2020

    • Author(s)
      奥村正樹
    • Organizer
      生化学会 年会 web セミナー
    • Invited
  • [Book] 小胞体におけるMHCの品質管理2020

    • Author(s)
      金村進吾, 松崎元紀, 前仲勝実, 稲葉謙次, 奥村正樹
    • Total Pages
      8
    • Publisher
      臨床免疫・アレルギー科
  • [Book] 高速原子間力顕微鏡により明らかにされたプロテインジスルフィドイソメラーゼ(PDI)の構造ダイナミクス2020

    • Author(s)
      奥村正樹、稲葉謙次
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      生化学会 みにれびゅう
  • [Patent(Industrial Property Rights)] タンパク質のフォールディング剤2021

    • Inventor(s)
      奥村正樹, 村岡貴博, 岡田隼輔, 稲葉謙次, 松﨑元紀
    • Industrial Property Rights Holder
      奥村正樹, 村岡貴博, 岡田隼輔, 稲葉謙次, 松﨑元紀
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      033583
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 液滴及びその製造方法2020

    • Inventor(s)
      奥村正樹, 松﨑元紀, 金村進吾, 稲葉謙次, 齋尾智英
    • Industrial Property Rights Holder
      奥村正樹, 松﨑元紀, 金村進吾, 稲葉謙次, 齋尾智英
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      100517

URL: 

Published: 2021-12-27  

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