Transomics analysis with tensor decomposition based unsupervised feature extraction

2021 Fiscal Year Annual Research Report

• Project Area: Transomic Analysis of Metabolic Adaptation
• Project/Area Number: 20H04848
• Research Institution: Chuo University
• Principal Investigator: 田口 善弘 中央大学, 理工学部, 教授 (30206932)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: テンソル分解

Outline of Annual Research Achievements

テンソル分解を用いた教師無し学習による変数選択法について複数の原著論文を刊行することができた。また以下の２つのパッケージをRのパッケージリポジト
リであるBioconductorで公開した。TDbasedUFE　https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TDbasedUFE.html
TDbasedUFEad　https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TDbasedUFEadv.html
これらのパッケージを用いて提案手法をより簡単に使えるようになった。Bioconductorは２０年以上の歴史がある世界的に有名なパッケージリポジトリであり、ここに複数のパッケージを公開することは厳正なレビューを通過しなくてはいけないこともあり非常に有意義なことである。また、このリポジトリに収録されることで世界中から多くのアクセスが見込まれ手法が広く使われて世界に広まることが期待できる。
これらのパッケージの内容の元になった論文を複数個、年度内に出版することにも成功しており、この点からも十分な成果が上がっていると考えることが可能である。また、これらに関係する発表も多数行っておりこれもまた成果に繋がっていると考えられるので十分な成果が上がっていると考えて問題ないと考えている。今後このパッケージが広く使われることで成果が世界的な物になっていくことが期待される。これとは別にINCOB2022で研究成果を発表し、パッケージの有効性が宣伝できた。また国内の研究会などでも研究成果を発表する機会に恵まれた。以上が今年度における成果の概要である。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Research Products

• [Journal Article] Integrated Analysis of Tissue-Specific Gene Expression in Diabetes by Tensor Decomposition Can Identify Possible Associated Diseases (2022)
  • Author(s): Taguchi Y-H.、Turki Turki
  • Journal Title: Genes Volume: 13 Pages: 1097～1097
  • DOI: 10.3390/genes13061097
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Handbook of Machine Learning Applications for Genomics (2022)
  • Author(s): Taguchi Y.-H.
  • Journal Title: Handbook of Machine Learning Applications for Genomics Volume: 1 Pages: 155～176
  • DOI: 10.1007/978-981-16-9158-4
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Sincle Cell RNA-seq Analysis Using Tensor Decomposition and Principal Component Analysis Based Unsupervised Feature Extraction (2022)
  • Author(s): Taguchi Y.-H.
  • Journal Title: Sincle Cell RNA-seq Analysis Using Tensor Decomposition and Principal Component Analysis Based Unsupervised Feature Extraction Volume: 1 Pages: 155～176
  • DOI: 10.1007/978-981-16-9158-4_11
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] In Silico Drug Discovery Using Tensor Decomposition Based Unsupervised Feature Extraction (2022)
  • Author(s): Taguchi Y.-H.
  • Journal Title: Handbook of Machine Learning Applications for Genomics Volume: 1 Pages: 101～120
  • DOI: 10.1007/978-981-16-9158-4_7
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Multiomics Data Analysis of Cancers Using Tensor Decomposition and Principal Component Analysis Based Unsupervised Feature Extraction (2022)
  • Author(s): Taguchi Y.-H.
  • Journal Title: Handbook of Machine Learning Applications for Genomics Volume: 1 Pages: 1～17
  • DOI: 10.1007/978-981-16-9158-4_1
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] RNA m6A modification and microRNAs (2022)
  • Author(s): Taguchi Y.-H.
  • Journal Title: MicroRNA Volume: 1 Pages: 169～180
  • DOI: 10.1016/B978-0-323-89774-7.00020-0
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Suppression of intrahepatic cholangiocarcinoma cell growth by <scp>SKI</scp> via upregulation of the <scp>CDK</scp> inhibitor p21 (2022)
  • Author(s): Kawamura Etsushi、Taguchi Y. H.、Tamori Akihiro、Kubo Shoji、Ikeda Kazuo、Kawada Norifumi
  • Journal Title: FEBS Open Bio Volume: 12 Pages: 2122～2135
  • DOI: 10.1002/2211-5463.13489
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Estimation of Metabolic Effects upon Cadmium Exposure during Pregnancy Using Tensor Decomposition (2022)
  • Author(s): Amakura Yuki、Taguchi Y-h.
  • Journal Title: Genes Volume: 13 Pages: 1698～1698
  • DOI: 10.3390/genes13101698
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Projection in genomic analysis: A theoretical basis to rationalize tensor decomposition and principal component analysis as feature selection tools (2022)
  • Author(s): Taguchi Y-h.、Turki Turki
  • Journal Title: PLOS ONE Volume: 17 Pages: e0275472
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0275472
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Adapted tensor decomposition and PCA based unsupervised feature extraction select more biologically reasonable differentially expressed genes than conventional methods (2022)
  • Author(s): Taguchi Y-h.、Turki Turki
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 12 Pages: 17438
  • DOI: 10.1038/s41598-022-21474-z
• [Journal Article] microRNA Bioinformatics (2022)
  • Author(s): Taguchi Y-h.
  • Journal Title: Cells Volume: 11 Pages: 3677～3677
  • DOI: 10.3390/cells11223677
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A tensor decomposition-based integrated analysis applicable to multiple gene expression profiles without sample matching (2022)
  • Author(s): Taguchi Y-h.、Turki Turki
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 12 Pages: 21242
  • DOI: 10.1038/s41598-022-25524-4
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Presentation] Tensor decomposition and principal component analysis based unsupervised feature extraction with optimized standard deviation applied to gene expression, DNA methylation and histone modification (2022)
  • Author(s): Y-H. Taguchi , Ryo Ishibashi
  • Organizer: ISMB2022
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Identification of DNA loops in the Genome by Multi-Dimensional Scaling (2022)
  • Author(s): Ryo Ishibashi , Y-H. Taguchi
  • Organizer: ISMB2022
  • Int'l Joint Research
• [Remarks] TDbasedUFE
  • URL: https://doi.org/doi:10.18129/B9.bioc.TDbasedUFE
• [Remarks] TDbasedUFEadv
  • URL: https://doi.org/doi:10.18129/B9.bioc.TDbasedUFEadv