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2020 Fiscal Year Annual Research Report

環境要因によりミジンコの性が雌雄に定位されるメカニズムの解明

Publicly Offered Research

Project AreaSpectrum of the Sex: a continuity of phenotypes between female and male
Project/Area Number 20H04923
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

加藤 泰彦  大阪大学, 工学研究科, 准教授 (60415932)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Keywordsオオミジンコ / 性スペクトラム / ダブルセックス遺伝子 / エピゲノム / 長鎖非コードRNA
Outline of Annual Research Achievements

環境要因によりオスを産むオオミジンコでは、Dsx1遺伝子の活性が減少すると性スペクトラム上の位置がオスからメスへと移動するが自然界では間性がほとんど観察されない。二値的に雌雄が産み出されるためには、メスでは Dsx1が転写後調節、エピゲノムのレベルで抑制されていることを示唆するデータを得ていた。今年度は、Dsx1 5′ UTR に結合する Shep による翻訳抑制を in vitro 翻訳システムを用いたルシフェラーゼアッセイにより明らかにした。さらに、Dsx1 5′ UTRとオーバーラップして合成される長鎖非コードRNAダパールによって、Shep依存性の翻訳抑制が解除されること、同様に Dsx1α 5′ UTR はShepの機能をキャンセルする機能を有することを見出した。これらのことから、ダパールはDsx1 5′ UTRとオーバーラップする領域を介して Shepのデコイとして機能し、それによってDsx1の発現を増加させるというモデルを提唱した。一方で、エピゲノムレベルでのDsx1遺伝子の制御メカニズムを解析するために、de novo DNAメチル化酵素DNMT3のオーソログであるDNMT3.1の変異体をCRISPR-Cas9を用いて作出した。DNMT3.1変異体に幼若ホルモンのアナログであるフェノキシカルブを曝露することでオスを誘導しその表現型を調べたが、オスのメス化は認められなかった。同様に変異体メスはオス化しないことも明らかとなり、 DNMT3.1 は性決定に関与しないことが強く示唆された。以上の結果から、オオミジンコの性スペクトラム形成の分子基盤が明らかとなった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

オオミジンコで二値的に雌雄を産み出すために必要な因子として転写後制御因子 Shep を同定し、長鎖非コードRNAダパールと Shep のクロストークのモデルを提唱できただけでなく、de novo DNAメチル化酵素のオーソログであるDNMT3.1の機能解析が進展したため。

Strategy for Future Research Activity

Dsx1 遺伝子の転写後調節メカニズムの理解をさらに深めるために、Shepと同様にDsx1の5′ UTRに結合するRNA結合タンパク質CELF1の機能を明らかにするとともに、Dsx1遺伝子を制御するエピゲノム制御因子を探索、同定する。そして、Dsx1遺伝子発現制御における転写後制御とエピゲノム制御の関係性について検討し、オオミジンコで二値的に雌雄が産み出されるメカニズムの全体像を解明する。

  • Research Products

    (33 results)

All 2022 2021 2020

All Journal Article (15 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 14 results,  Open Access: 6 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Journal Article] The freshwater water flea Daphnia magna NIES strain genome as a resource for CRISPR/Cas9 gene targeting: The glutathione S-transferase omega 2 gene2022

    • Author(s)
      Byeon Eunjin、Kim Min-Sub、Kim Duck-Hyun、Lee Yoseop、Jeong Haksoo、Lee Jin-Sol、Hong Sung-Ah、Park Jun Chul、Kang Hye-Min、Sayed Alaa El-Din H.、Kato Yasuhiko、Bae Sangsu、Watanabe Hajime、Lee Young Hwan、Lee Jae-Seong
    • Journal Title

      Aquatic Toxicology

      Volume: 242 Pages: 106021~106021

    • DOI

      10.1016/j.aquatox.2021.106021

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Development of transgenic Daphnia magna for visualizing homology-directed repair of DNA2022

    • Author(s)
      Fatimah Rizky Mutiara、Adhitama Nikko、Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Pages: 2497

    • DOI

      10.1038/s41598-022-06526-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cell-Free Synthesis of Human Endothelin Receptors and Its Application to Ribosome Display2022

    • Author(s)
      Nakai Hiroki、Isshiki Kinuka、Hattori Masato、Maehira Hiromasa、Yamaguchi Tatsumi、Masuda Keiko、Shimizu Yoshihiro、Watanabe Takayoshi、Hohsaka Takahiro、Shihoya Wataru、Nureki Osamu、Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime、Matsuura Tomoaki
    • Journal Title

      Analytical Chemistry

      Volume: 94 Pages: 3831~3839

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.1c04714

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mutation of the Cytochrome P450 <i>CYP360A8</i> Gene Increases Sensitivity to Paraquat in <i>Daphnia magna</i>2021

    • Author(s)
      Religia Pijar、Nguyen Nhan Duc、Nong Quang Dang、Matsuura Tomoaki、Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime
    • Journal Title

      Environmental Toxicology and Chemistry

      Volume: 40 Pages: 1279~1288

    • DOI

      10.1002/etc.4970

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Sense-overlapping lncRNA as a decoy of translational repressor protein for dimorphic gene expression2021

    • Author(s)
      Perez Christelle Alexa Garcia、Adachi Shungo、Nong Quang Dang、Adhitama Nikko、Matsuura Tomoaki、Natsume Toru、Wada Tadashi、Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime
    • Journal Title

      PLOS Genetics

      Volume: 17 Pages: e1009683

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1009683

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] DNMT3.1 controls trade-offs between growth, reproduction, and life span under starved conditions in Daphnia magna2021

    • Author(s)
      Nguyen Nhan Duc、Matsuura Tomoaki、Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Pages: 7326

    • DOI

      10.1038/s41598-021-86578-4

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Complete mitochondrial genome of the freshwater water flea <i>Daphnia magna</i> NIES strain (Cladocera, Daphniidae): Rearrangement of two ribosomal RNA genes2020

    • Author(s)
      Lee Jin-Sol、Kim Duck-Hyun、Choi Beom-Soon、Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime、Lee Jae-Seong
    • Journal Title

      Mitochondrial DNA Part B

      Volume: 5 Pages: 1822~1823

    • DOI

      10.1080/23802359.2020.1750995

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Oligosaccharides derived from dragon fruit modulate gut microbiota, reduce oxidative stress and stimulate toll-pathway related gene expression in freshwater crustacean Daphnia magna2020

    • Author(s)
      Sangkuanun Thanwarat、Wichienchot Santad、Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime、Peerakietkhajorn Saranya
    • Journal Title

      Fish & Shellfish Immunology

      Volume: 103 Pages: 126~134

    • DOI

      10.1016/j.fsi.2020.04.046

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Two Doublesex1 mutants revealed a tunable gene network underlying intersexuality in Daphnia magna2020

    • Author(s)
      Nong Quang Dang、Matsuura Tomoaki、Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 15 Pages: e0238256

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0238256

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Roles of and cross-talk between ecdysteroid and sesquiterpenoid pathways in embryogenesis of branchiopod crustacean Daphnia magna2020

    • Author(s)
      Adhitama Nikko、Kato Yasuhiko、Matsuura Tomoaki、Watanabe Hajime
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 15 Pages: e0239893

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0239893

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Production of genome-edited Daphnia for heavy metal detection by fluorescence2020

    • Author(s)
      Arao Takuto、Kato Yasuhiko、Nong Quang Dang、Yamamoto Hiroshi、Watanabe Haruna、Matsuura Tomoaki、Tatarazako Norihisa、Tani Kazune、Okamoto Akira、Matsumoto Takeru、Watanabe Hajime
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 21490

    • DOI

      10.1038/s41598-020-78572-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Caloric restriction upregulates the expression of<scp>DNMT3</scp>.1, lacking the conserved catalytic domain, in<scp><i>Daphnia magna</i></scp>2020

    • Author(s)
      Nguyen Nhan Duc、Matsuura Tomoaki、Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime
    • Journal Title

      genesis

      Volume: 58 Pages: e23396

    • DOI

      10.1002/dvg.23396

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reduction of histamine and enhanced spinning behavior of <i>Daphnia magna</i> caused by <i>scarlet</i> mutant2020

    • Author(s)
      Ismail Nur Izzatur Binti、Kato Yasuhiko、Matsuura Tomoaki、G?mez‐Canela Cristian、Barata Carlos、Watanabe Hajime
    • Journal Title

      genesis

      Volume: 59 Pages: e23403

    • DOI

      10.1002/dvg.23403

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Variations in effects of ectosymbiotic microbes on the growth rates among different species and genotypes of <i>Daphnia</i> fed different algal diets2020

    • Author(s)
      Zhang Xuan、Ohtsuki Hajime、Makino Wataru、Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime、Urabe Jotaro
    • Journal Title

      Ecological Research

      Volume: 36 Pages: 303~312

    • DOI

      10.1111/1440-1703.12194

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biogenesis and Function of the Noncoding Isoform-Type LncRNAs2020

    • Author(s)
      Kato Yasuhiko、Watanabe Hajime
    • Journal Title

      The Chemical Biology of Long Noncoding RNAs (RNA Technologies, 11)

      Volume: - Pages: 85~102

    • DOI

      10.1007/978-3-030-44743-4_3

  • [Presentation] Functional analysis of the lncRNA interacting protein CELF2 in regulating the sex-determining gene dsx1 in Daphnia magna2021

    • Author(s)
      Tirta, Y. K., Adachi, S., Perez, C.A.G., Nong, Q.D., Natsume, T., Kato, Y., Watanabe, H.
    • Organizer
      第22回日本RNA学会年会
  • [Presentation] Sense-overlapping lncRNA as a decoy of translational repressor protein for dimorphic gene expression2021

    • Author(s)
      Perez, C.A.G., Adachi, S., Nong, Q.D., Adhitama, N., Natsume, T., Wada, T., Kato, Y., Watanabe, H.
    • Organizer
      第22回日本RNA学会年会
  • [Presentation] 遺伝子編集ミジンコを用いた環境水中のホルモン様活性のバイオモニタリング2021

    • Author(s)
      Hsieh, L-C., 野田彩乃、Nikko Adhitama、加藤泰彦、渡邉肇
    • Organizer
      第48回日本毒性学会学術年会
  • [Presentation] 環境水のホルモン様活性可視化ミジンコの作製2020

    • Author(s)
      加藤泰彦、野田彩乃、Nikko Adhitama、渡邉肇
    • Organizer
      第47回日本毒性学会学術年会
  • [Presentation] Functional analyses of Polycomb in Daphnia magna2020

    • Author(s)
      Leim. J., Kato. Y., Watanabe, H.
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] オオミジンコ (Daphnia magna) の脂肪酸代謝における共生菌の機能解析2020

    • Author(s)
      丸山樹生、加藤泰彦、渡邉肇
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] オオミジンコにおける生存戦略を決定する化学コミュニケーションの解明2020

    • Author(s)
      西上旺希、加藤泰彦、渡邉肇
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] オオミジンコへのオーキシンデグロンシステムの導入2020

    • Author(s)
      阪本寛菜、西村浩平、加藤泰彦、渡邉肇
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] DNMT3.1は、ミジンコ類の甲殻類Daphnia magnaの飢餓状態での寿命と、成長と繁殖力の間のトレードオフを制御します。2020

    • Author(s)
      Nguyen. N.、松浦友亮、加藤泰彦、渡邉肇
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 甲殻類ミジンコにおけるメラニン生合成遺伝子の機能解析2020

    • Author(s)
      林笑梨紗、加藤泰彦、渡邉肇
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] オオミジンコにおける非相同末端結合に関わる遺伝子のノックアウト2020

    • Author(s)
      宮地秀幸、Fatimah, R.M., 中西貴士、加藤泰彦、渡邉肇
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Roles of and interaction between ecdysteroid and sesquiterpenoid biosynthesis genes in embryogenesis of Daphnia magna2020

    • Author(s)
      Adhitama. N., Kato. Y., Matsuura, T., Watanabe, H
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 5' UTR-overlapping lncRNA unlocks Doublesex1 translation by evicting the RNA binding protein Shep2020

    • Author(s)
      Perez, C.A.G., Adachi, S., Nong, Q.D., Matsuura, T., Natsume, T., Kato, Y., Watanabe, H.
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Functional analysis of lncRNA interacting protein CELF2 in regulating the sex-determining gene dsx1 in Daphnia magna2020

    • Author(s)
      Tirta, Y. K., Adachi, S., Sumi, S., Perez, C.A.G., Nong, Q.D., Matsuura, T., Natsume, T., Kato, Y., Watanabe, H.
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Development of transgenic Daphnia magna for visualizing homology directed repair of DNA double strand break2020

    • Author(s)
      Fatimah. R. M., Kato. Y., Matsuura, T., Watanabe, H.
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] GAL4/UASシステムを用いたオオミジンコのエクシステロイド活性検出への応用2020

    • Author(s)
      山本雄大、山崎勇人、加藤泰彦、渡邉肇
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Molecular mechanism of adaptive sex ratio adjustment in the water flea Daphnia magna2020

    • Author(s)
      Yasuhiko Kato, Quang D. Nong, Christelle Alexa G. Pelez, Nur Syafiqah Mohamad Ishak, Hajime Watanabe
    • Organizer
      EMBL Symposia "The Organism and its Environment"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Monitoring of hormonal activities in the water flea Daphnia magna using genome editing tools2020

    • Author(s)
      Yasuhiko Kato, Ayano Noda, Yudai Yamamoto, Yuto Yamazaki, Nikko Adhitama, Hajime Watanabe
    • Organizer
      EMBL Symposia "The Organism and its Environment"
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2022-12-28  

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