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2021 Fiscal Year Annual Research Report

明暗視をもたらす動物ロドプシンの構造ダイナミクスの解明

Publicly Offered Research

Project AreaNon-equilibrium-state molecular movies and their applications
Project/Area Number 20H05440
Research InstitutionNagoya Institute of Technology

Principal Investigator

片山 耕大  名古屋工業大学, 工学(系)研究科(研究院), 助教 (00799182)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2022-03-31
Keywords動物ロドプシン / 時分割結晶構造解析 / 低温赤外分光測定 / XFEL / 色覚視物質
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、視覚を担う光受容タンパク質 (視物質) の機能発現における構造ダイナミクスの実時間観測を実現し、光吸収および光情報伝達の分子機構を解明することを目的とする。具体的には、明暗視を担う視物質 (動物ロドプシン) に対し、X線自由電子レーザー (XFEL) を駆使した時間分解X線結晶構造解析 (時分割構造解析) に挑戦する。さらに、赤外分光法および蛍光分光時間測定を用いた、光反応中間体の構造解析や、Gタンパク質の活性化評価などの機能解析も試みることで、動物ロドプシンの高い光感度を実現する分子機構の解明を目指す。今年度は、明暗視のみならず色覚を担う動物ロドプシン (色覚視物質) のX線結晶構造解析に取り組んだ。視物質ロドプシンと同様、ICL3を水溶性タンパク質に置き換えた改変体をいくつか作製し、熱安定性評価、サイズ排除クロマトグラフィーによる単分散性評価、さらに改変体に対し、構造予測ツールを用いて構造モデル化を実行した。そして、有望そうな改変体2種を大量発現、精製し、LCP法による結晶化を実施した。今後、さらなる結晶化条件の検討を行い、良質な結晶獲得を期待した。
また、領域代表の岩田想教授、研究協力者である関西医科大の寿野良二講師、共同研究者である東北大の井上飛鳥准教授との共同研究により、全反射赤外分光法でGPCRの一つ、ムスカリン性アセチルコリン受容体に対する、異なる薬剤効能を有する各種薬物結合に伴う構造変化を捉えることに成功し、Communications Biology誌に発表した (Katayama et al. Commun. Biol (2021))。さらに本研究は従来の構造ベースの薬物結合ポケットを基盤とした薬剤設計指針とは異なる、相互作用解析から動的構造情報を抽出し薬効度を制御する新たな薬剤設計指針を提示できると期待され、日本経済新聞に取り上げられた。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (14 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] テクニオン・イスラエル工科大学/ワイツマン科学研究所/ヘブライ大学(イスラエル)

    • Country Name
      ISRAEL
    • Counterpart Institution
      テクニオン・イスラエル工科大学/ワイツマン科学研究所/ヘブライ大学
  • [Int'l Joint Research] フンボルト大学(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      フンボルト大学
  • [Journal Article] Calcium Binding to TAT Rhodopsin2022

    • Author(s)
      Sugimoto Teppei、Katayama Kota、Kandori Hideki
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 126 Pages: 2203~2207

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c00233

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Rhodopsin-bestrophin fusion proteins from unicellular algae form gigantic pentameric ion channels2022

    • Author(s)
      A. Rozenberg, I. Kaczmarczyk, D. Matzov, J. Vierock, T. Nagata, M. Sugiura, K. Katayama, et al.
    • Journal Title

      Nat. Struct. Mol. Biol.

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Vibrational analysis of acetylcholine binding to the M<sub>2</sub> receptor2021

    • Author(s)
      Suzuki Kohei、Katayama Kota、Sumii Yuji、Nakagita Tomoya、Suno Ryoji、Tsujimoto Hirokazu、Iwata So、Kobayashi Takuya、Shibata Norio、Kandori Hideki
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: 11 Pages: 12559~12567

    • DOI

      10.1039/D1RA01030A

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Role of Thr82 for the unique photochemistry of TAT rhodopsin2021

    • Author(s)
      Sugimoto Teppei、Katayama Kota、Kandori Hideki
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 18 Pages: 108~115

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v18.012

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Vibrational spectroscopy analysis of ligand efficacy in human M2 muscarinic acetylcholine receptor (M2R)2021

    • Author(s)
      Katayama Kota、Suzuki Kohei、Suno Ryoji、Kise Ryoji、Tsujimoto Hirokazu、Iwata So、Inoue Asuka、Kobayashi Takuya、Kandori Hideki
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 4 Pages: 1-10

    • DOI

      10.1038/s42003-021-02836-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Vibrational spectroscopic study of G protein-coupled receptor2022

    • Author(s)
      K. Katayama
    • Organizer
      Molecular Movies International Symposium 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structural biological study based on spectroscopic analysis of cone pigment2021

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      第15回分子科学討論会2021
    • Invited
  • [Presentation] 振動分光法から理解するGPCRのリガンド認識・活性化機構2021

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      第13回高速分子動画オンラインセミナー
    • Invited
  • [Presentation] X-tallization trial of primate green opsin for understanding spectral tuning mechanism2021

    • Author(s)
      片山耕大、大橋沙也佳、N. Nuemket、南後恵理子、神取秀樹
    • Organizer
      令和三年度 新学術領域研究「高速分子動画」シンポジウム
  • [Presentation] Conformational dynamics upon ligand binding in muscarinic acetylcholine receptor revealed by FTIR spectroscopy2021

    • Author(s)
      K. Katayama
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Spectroscopic basis for elucidating spectral tuning mechanism of cone pigments2021

    • Author(s)
      K. Katayama
    • Organizer
      Pacifichem2021
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks]

    • URL

      http://kandori.web.nitech.ac.jp/

URL: 

Published: 2022-12-28  

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