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2009 Fiscal Year Annual Research Report

光駆動イオン輸送蛋白質の動作機構の解明

Publicly Offered Research

Project AreaInnovative nanoscience of supermolecular motor proteins working in biomembranes
Project/Area Number 21023014
Research InstitutionInstitute for Molecular Science

Principal Investigator

古谷 祐詞  Institute for Molecular Science, 生命・錯体分子科学研究領域, 准教授 (80432285)

Keywordsナノバイオ / 赤外分光法 / 生体分子 / 蛋白質 / 生物物理
Research Abstract

イオンポンプ蛋白質は、エネルギー生産や情報伝達に必要な膜電位やイオン濃度勾配の形成に重要な役割を果たしている。本研究では、高精度な赤外分光計測を駆使して、イオンが輸送される過程で生じるタンパク質の構造変化を明らかにし、その輸送機構の解明を行う。特に、イオンがタンパク質内部でどのような包摂状態にあるのかを、周辺に存在するアミノ酸側鎖や蛋白質内部の水分子の分子振動、さらには赤外活性なイオン分子(硝酸イオン)を用い、イオン分子そのものの分子振動から明らかにする。対象となるイオンポンプ蛋白質は光で駆動される古細菌型ロドプシンが主であるが、それらの研究を元に光駆動ではないイオンポンプ蛋白質(Na^+ポンプであるV-ATPaseなど)も研究対象とし、両者の駆動メカニズムの違いを明らかにする。
平成21年度は以下のような研究成果を得た。1.べん毛モーター蛋白質複合体を構成するPomA/PomB蛋白質に対するATR-FTIR計測に成功した。Na^+イオンの結合に伴う赤外差スペクトルを計測することで、PomBに対するNa^+の結合部位をAsp24と同定した(Y.Sudo et al., Biochemistry 48,10136-10145)。2.アナベナセンサリーロドプシンの217番目のアミノ酸残基を置換することで、細胞外側から内側へと通常とは逆向きにプロトンを輸送するタンパク質を作製することに成功した(A.Kawanabe et al., J.Am.Chem.Soc.131,16439-16444)。3.時間分解赤外分光装置を新規に立ち上げて、バクテリオロドプシン(プロトンポンプ)およびハロロドプシン(塩化物イオンポンプ)の3850-900cm^<-1>の中赤外領域でのスペクトル変化を12.5μsecの時間分解能で取得することに成功した。

  • Research Products

    (35 results)

All 2010 2009

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (29 results)

  • [Journal Article] An FTIR Study of Monkey Green- and Red-Sensitive Visual Pigments2010

    • Author(s)
      Kouta Katayama et al.
    • Journal Title

      Angew.Chem.Int.Ed. 49

      Pages: 891-894

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Manipulation of the Protein-complex Function by Using an Engineered Heterotrimeric Coiled-coil Switch2009

    • Author(s)
      Toshihisa Mizuno et al.
    • Journal Title

      Org.Biomol.Chem. 7

      Pages: 3102-3111

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effects of Chloride Ion Binding on the Photochemical Properties of Salinibacter Sensory Rhodopsin I2009

    • Author(s)
      Daisuke Suzuki et al.
    • Journal Title

      J.Mol.Biol. 392

      Pages: 48-62

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Engineering an inward proton transport from a bacterial sensor rhodopsin2009

    • Author(s)
      Akira Kawanabe et al.
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc. 131

      Pages: 16439-16444

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Characterization of signaling complex composed of sensory rhodopsin I and its cognate transducer protein from the eubacterium Salinibacter rubber2009

    • Author(s)
      Yuki Sudo et al.
    • Journal Title

      Biochemistry 48

      Pages: 10136-10145

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Interaction between Na+ ion and carboxylates of the PomA-PomB stator unit studied by ATR-FTIR spectroscopy2009

    • Author(s)
      Yuki Sudo et al.
    • Journal Title

      Biochemistry 48

      Pages: 11699-11705

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 霊長類色覚視物質の赤外分光解析2010

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      平成21年度生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター、岡崎
    • Year and Date
      20100329-20100330
  • [Presentation] X-H, X-D伸縮振動領域の赤外分光法から何が分かるか?2010

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      分子研研究会「拡がるロドプシンの仲間から"何が分かるか""何をもたらすか"」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター、岡崎
    • Year and Date
      20100323-20100324
  • [Presentation] センサーロドプシンを用いたプロトンポンプ研究2010

    • Author(s)
      川鍋陽
    • Organizer
      分子研研究会「拡がるロドプシンの仲間から"何が分かるか""何をもたらすか"」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター、岡崎
    • Year and Date
      20100323-20100324
  • [Presentation] 霊長類色覚視物質の赤外分光解析2010

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      分子研研究会「拡がるロドプシンの仲間から"何が分かるか""何をもたらすか"」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター、岡崎
    • Year and Date
      20100323-20100324
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡によるロドプシンの動態観察―ロドプシンの直接観察から何が分かるか、何をもたらすか―2010

    • Author(s)
      山下隼人
    • Organizer
      分子研研究会「拡がるロドプシンの仲間から"何が分かるか""何をもたらすか"」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター、岡崎
    • Year and Date
      20100323-20100324
  • [Presentation] 霊長類色覚視物質の赤外分光解析2010

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      新学術領域「π空間」第3回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター、岡崎
    • Year and Date
      20100315-20100316
  • [Presentation] KcsAチャネルの全反射赤外分光解析2010

    • Author(s)
      浅井佑介
    • Organizer
      新学術領域「π空間」第3回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター、岡崎
    • Year and Date
      20100315-20100316
  • [Presentation] Stimulus-Induced Difference FTIR Spectroscopy for Archaeal-Type Rhodopsins2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      2nd Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences-Experiments and Simulations
    • Place of Presentation
      Symposion Hall, Nagoya University, Nagoya
    • Year and Date
      20091222-20091223
  • [Presentation] Study on chimeric archeal-rhodopsin containing cytoplasmic loop of bovine rhodopsin2009

    • Author(s)
      Aya Nakatsuma
    • Organizer
      1^<st> International Symposium on Emergence of Highly Elaborated π-Space and Its Function
    • Place of Presentation
      Hotel Hankyu Expo Park, Suita
    • Year and Date
      20091218-20091219
  • [Presentation] Interaction between membrane protein and ions characterized by ATR-FTIR spectroscopy2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      ASTY Tokushima, Tokushima
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Sodium ion binding sites of V-ATPase studied by ATR-FTIR spectroscopy2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      ASTY Tokushima, Tokushima
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] An FTIR Study of Monkey Green- and Red-Sensitive Visual Pigments2009

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      ASTY Tokushima, Tokushima
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] ATR-FTIR study of KcsA channel2009

    • Author(s)
      浅井佑介
    • Organizer
      The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      ASTY Tokushima, Tokushima
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Study on chimeric archeal-rhodopsin containing cytoplasmic loop of bovine rhodopsin2009

    • Author(s)
      Aya Nakatsuma
    • Organizer
      The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      ASTY Tokushima, Tokushima
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] Encapsulation of ion-pumping rhodopsins into multi-wall carbon nanotubes2009

    • Author(s)
      川島崇睦
    • Organizer
      The 47th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      ASTY Tokushima, Tokushima
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] An FTIR Study of Monkey Green- and Red-Sensitive Visual Pigments2009

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      Horiba-ISSP International Symposium(ISSP-11)on "Hydrogen and Water in Condensed Matter Physics"
    • Place of Presentation
      Seimeinomori Resort, Chiba
    • Year and Date
      20091012-20091016
  • [Presentation] 全反射赤外分光法によるKcsAチャネルのイオン選択およびpHセンシング機構の解析2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      第3回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      名古屋大学、名古屋
    • Year and Date
      20090921-20090924
  • [Presentation] 霊長類色覚視物質の赤外分光解析2009

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      第3回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      名古屋大学、名古屋
    • Year and Date
      20090921-20090924
  • [Presentation] 古細菌型ロドプシンのカーボンナノチューブへの内包2009

    • Author(s)
      川島崇睦
    • Organizer
      第3回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      名古屋大学、名古屋
    • Year and Date
      20090921-20090924
  • [Presentation] Structural Analysis of Sodium Ion Binding Sites of V-ATPase from Enterococcus hirae by use of ATR-FTIR Spectroscopy2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      Internal Symposium : Innovative Nanoscience of Supermolecular Motor Proteins Working in Biomembranes
    • Place of Presentation
      Shirankaikan in Kyoto University, Kyoto
    • Year and Date
      20090908-20090910
  • [Presentation] KcsAチャネルに対する赤外分光の狙いは達成されたのか?2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      特定領域研究「高次系分子科学」第7回ミニ公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      越前町生涯学習センター越前分館、越前
    • Year and Date
      20090831-20090901
  • [Presentation] ロドプシンのカーボンナノチューブへの内包2009

    • Author(s)
      川島崇睦
    • Organizer
      新学術領域研究「高次π空間」第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都テルサ、京都
    • Year and Date
      20090827-20090828
  • [Presentation] 赤外分光法による膜タンパク質の機能発現に伴う構造変化解析2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      第49回分子科学若手の会夏の学校
    • Place of Presentation
      もみのき森林公園、広島県廿日市市
    • Year and Date
      20090817-20090821
  • [Presentation] 霊長類色覚視物質の赤外分光解析2009

    • Author(s)
      片山耕大
    • Organizer
      生物物理若手の会第49回夏の学校
    • Place of Presentation
      支笏湖ユースホステル、支笏湖
    • Year and Date
      20090731-20090803
  • [Presentation] ロドプシンのカーボンナノチューブへの内包2009

    • Author(s)
      川島崇睦
    • Organizer
      生物物理若手の会第49回夏の学校
    • Place of Presentation
      支笏湖ユースホステル、支笏湖
    • Year and Date
      20090731-20090803
  • [Presentation] 光駆動イオン輸送蛋白質の動作機構の解明2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      特定領域研究「革新的ナノバイオ」第4回班会議
    • Place of Presentation
      北海道大学、札幌
    • Year and Date
      20090619-20090620
  • [Presentation] 古細菌型ロドプシンで実現した内向きのプロトンポンプ2009

    • Author(s)
      川鍋陽
    • Organizer
      第36回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      北海道大学学術交流会館、札幌
    • Year and Date
      20090619-20090620
  • [Presentation] ATR-FTIR Spectroscopy for Investigating Interaction Changes upon Binding of Ions to Transmembrane Proteins2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      First World Congress of International Academy of Nanomedicine(IANM)
    • Place of Presentation
      Sanya, China
    • Year and Date
      20090611-20090614
  • [Presentation] Analysis of Hydrogen-Bonding Dynamics of a Water Cluster Formed in an Isolated Nanospace2009

    • Author(s)
      古谷祐詞
    • Organizer
      The 3rd Symposium on "Molecular Science for Supra Functional Systems"
    • Place of Presentation
      Tokyo Institute of Technology, O-okayama
    • Year and Date
      20090603-20090605

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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