2010 Fiscal Year Annual Research Report
DNAの電気伝導性と構造揺らぎに関する理論的研究
Publicly Offered Research
| Project Area | Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions |
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21107529
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| Research Institution | Institute for Molecular Science |
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Principal Investigator |
吉田 紀生 分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 助教 (10390650)
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| Keywords | 3D-RISM-SCF / DNA / 電気伝導 / 正孔移動 / 構造揺らぎ |
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| Research Abstract |
平成21年度に開発したQM/MM/RISMプログラムにDNAの電子状態と構造揺らぎを効率的に解析するための改良を施した。まず、DNAのような強く分極した部位をもつ分子に対する計算安定性を向上させるために、RESP法による部分電荷決定手法を取り入れた。また、QM/MM/RISMアルゴリズムで溶媒効果による構造揺らぎを効率よく探索するために、RESP法を含めた形での自由エネルギーの解析的な一次微分の式を導出し、構造探索プログラムへの導入を行った。本プログラムは前年につづいてDNAのインターカレーションの解析に用いた。本研究の成果はJournal of Molecular Liquids誌に掲載された。
本プログラム用いてDNAのB-Z構造転位に関する研究も行った。この研究成果はJournal of Physical Chemistry B誌に掲載された。
他にも、本新学術領域内の共同研究として、奈良先端大の片岡教授および分子科学研究所の平田教授と蛍光蛋白質のPYP内部に閉じ込められた水のプロトン化状態に関する研究を行った。この研究は論文としてまとめられ、現在Journal of Molecular Liquids誌へ投稿中である。
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