2022 Fiscal Year Annual Research Report
高転写状態解明に向けた空間マルチオミクス解析技術の開発
Publicly Offered Research
| Project Area | Ensuring integrity in gametogenesis |
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| Project/Area Number |
21H00232
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
大川 恭行 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (80448430)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 高転写状態 / 原始生殖細 / 細胞分化制御 / トランスクリプトーム / エピゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
私たちはこれまで免疫染色をベースに、細胞・組織を非破壊的に標的タンパク質を可視化し、同時にゲノム上の位置を決定するChILSeqを開発した。ChILSeq では抗体反応領域周辺のゲノムDNAにTn5トランスポザーゼを用いて選択的にT7RNA ポリメラーゼプロモータ配列を挿入し、T7RNAポリメラーゼの添加により強制的に転写させることでゲノム情報をRNAとして獲得する。ChIL反応により転写されたRNA はゲノムから遊離しないため、細胞の形態や組織内の位置情報を保持した状態でsmFISH により検出可能である。そこで、本研究ではChILsmFISH により、NGSなしでのイメージングのみでハイスループット且つ1細胞レベルの高解像度エピゲノム解析技術が樹立し、エピゲノムとトランスクリプトームの同時測定技術の樹立を試みた。加えて、高転写状態解析に必要となるタンパク質の発現情報の取得を進めた。本研究では、プロテオミクスまで含めたマルチオミクス技術を開発にとりくんだ。プロテオミクスの適用の為新たに開発した連続蛍光免疫染色法（seqImmuno-Fluo:以下seqIF）の実装を行い、200種を超えるプローブの作成と検証を行い、ヒト検体を用いた実データ取得を進めた。更に、これら解析を行うための自動化デバイスの開発に取り組み、共焦点レーザー顕微鏡下でデータを自動的に取得し、反応を行う新たなデバイス開発に成功した。現在論文投稿準備中である。また、トランスクリプトーム技術seqFISH+との統合を進めた。
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| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(27 results)
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[Journal Article] Design and implementation of a hybrid cloud system for large-scale human genomic research.2023
Author(s)
Masao Nagasaki, Yayoi Sekiya, Akihiro Asakura, Ryo Teraoka, Ryoko Otokozawa, Hiroki Hashimoto, Takahisa Kawaguchi, Keiichiro Fukazawa, Yuichi Inadomi, Ken T Murata, Yasuyuki Ohkawa, Izumi Yamaguchi, Takamichi Mizuhara, Katsushi Tokunaga, Yuji Sekiya, Toshihiro Hanawa, Ryo Yamada, Fumihiko Matsuda.
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Journal Title
Hum Genome Var.
Volume: 10
Pages: 6
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Senescence atlas reveals an aged-like inflamed niche that blunts muscle regeneration.2023
Author(s)
Moiseeva V, Cisneros A, Sica V, Deryagin O, Lai Y, Jung S, Andres E, An J, Segales J, Ortet L, Lukesova V, Volpe G, Benguria A, Dopazo A, Benitah SA, Urano Y, Del Sol A, Esteban MA, Ohkawa Y, Serrano AL, Perdiguero E, Munoz-Canoves P.
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Journal Title
Nature
Volume: 613
Pages: 169-178
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] STREAMING-tag system reveals spatiotemporal relationships between transcriptional regulatory factors and transcriptional activity.2022
Author(s)
Hiroaki Ohishi, Seiru Shimada, Satoshi Uchino, Jieru Li, Yuko Sato, Manabu Shintani, Hitoshi Owada, Yasuyuki Ohkawa, Alexandros Pertsinidis, Takashi Yamamoto, Hiroshi Kimura, Hiroshi Ochiai.
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Journal Title
Nat Commun.
Volume: 13
Pages: 7672
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Prostaglandin E2 receptor Ptger4b regulates female-specific peptidergic neurons and female sexual receptivity in medaka.2022
Author(s)
Thomas Fleming, Yukiko Kikuchi, Mikoto Nakajo, Masaya Tachizawa, Tomoaki Inazumi, Soken Tsuchiya, Yukihiko Sugimoto, Daisuke Saito, Mikita Suyama, Yasuyuki Ohkawa, Takashi Baba, Ken-Ichirou Morohashi, Kataaki Okubo.
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Journal Title
Commun Biol.
Volume: 5
Pages: 1215
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Drosophila transcription factor NF-Y suppresses transcription of the lipase 4 gene, a key gene for lipid storage.2022
Author(s)
Yasuhide Yoshioka, Keisuke Anzai, Ryosuke Kowada, Ken Hiratsuka, Teppei Hirayabu, Masashi Yasuda, Yasuyuki Ohkawa, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Hideki Yoshida, Masamitsu Yamaguchi.
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Journal Title
Exp Cell Res.
Volume: 420
Pages: 113307
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Tmsb10 triggers fetal Leydig differentiation by suppressing the RAS/ERK pathway.2022
Author(s)
Miki Inoue, Takashi Baba, Fumiya Takahashi, Miho Terao, Shogo Yanai, Yuichi Shima, Daisuke Saito, Kei Sugihara, Takashi Miura, Shuji Takada, Mikita Suyama, Yasuyuki Ohkawa, Ken-Ichirou Morohashi.
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Journal Title
Commun Biol.
Volume: 15
Pages: 974
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Identification of a drug-response gene in multiple myeloma through longitudinal single-cell transcriptome sequencing.2022
Author(s)
Toru Masuda, Shojiro Haji, Yasuhiro Nakashima, Mariko Tsuda, Daisaku Kimura, Akiko Takamatsu, Norifusa Iwahashi, Hironobu Umakoshi, Motoaki Shiratsuchi, Chie Kikutake, Mikita Suyama, Yasuyuki Ohkawa, Yoshihiro Ogawa.
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Journal Title
iScience
Volume: 25
Pages: 104781
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Uterus-specific transcriptional regulation underlies eggshell pigment production in Japanese quail.2022
Author(s)
Satoshi Ishishita, Shumpei Kitahara, Mayuko Takahashi, Sakura Iwasaki, Shoji Tatsumoto, Izumi Hara, Yoshiki Kaneko, Keiji Kinoshita, Katsushi Yamaguchi, Akihito Harada, Yasushige Ohmori, Yasuyuki Ohkawa, Yasuhiro Go, Shuji Shigenobu, Yoichi Matsuda, Takayuki Suzuki.
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Journal Title
PLoS One.
Volume: 17
Pages: e0265008
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] A spinal microglia population involved in remitting and relapsing neuropathic pain.2022
Author(s)
Keita Kohno, Ryoji Shirasaka, Kohei Yoshihara, Satsuki Mikuriya, Kaori Tanaka, Keiko Takanami, Kazuhide Inoue, Hirotaka Sakamoto, Yasuyuki Ohkawa, Takahiro Masuda, Makoto Tsuda.
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Journal Title
Science
Volume: 376
Pages: 86-90
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Tenogenic Induction From Induced Pluripotent Stem Cells Unveils the Trajectory Towards Tenocyte Differentiation.2022
Author(s)
Yuki Yoshimoto, Akiyoshi Uezumi, Madoka Ikemoto-Uezumi, Kaori Tanaka, Xinyi Yu, Tamaki Kurosawa, Shinsei Yambe, Kazumitsu Maehara, Yasuyuki Ohkawa, Yusuke Sotomaru, Chisa Shukunami.
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Journal Title
Front Cell Dev Biol.
Volume: 10
Pages: 780038
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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