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2022 Fiscal Year Annual Research Report

クロマチンカーテン法によるクロマチン凝集の1分子蛍光顕微鏡観察

Publicly Offered Research

Project AreaChromatin potential for gene regulation
Project/Area Number 21H00252
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

寺川 剛  京都大学, 理学研究科, 助教 (20809652)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2023-03-31
Keywordsコンデンシン / 分子モーター / 染色体ループ形成機構 / ヌクレオソーム / DNAカーテン法 / 一分子蛍光イメージング
Outline of Annual Research Achievements

コンデンシンというタンパク質が、有糸分裂期において分子モーターとして染色体ループを形成することで染色体凝集を引き起こすことが知られている。しかしながら、過去の研究では、コンデンシンがどのようにして染色体ループを形成するかについてはわかっていなかった。特に、ヌクレオソームのような障害物がある環境で、コンデンシンが分子モーターとして機能できるかどうかは不明であった。そこで、私たちはDNAカーテン法を用いて、複数種のナノパターンを描画し、DNAの両端の距離を可変にし、DNAにかかる張力を調節することで、コンデンシンがDNA上を歩進する様子を一分子蛍光顕微鏡で観察した。その結果、DNAにかかる張力が小さいときには、コンデンシンが速いモードと遅いモードの2種類のモードでDNA上を歩進することがわかった。また、ヌクレオソームなどのDNA上の障害物を乗り越えることができるのは速いモードだけであることもわかった。これらの結果から、コンデンシンが裸のDNA上だけでなく、染色体上でも分子モーターとして機能することが示唆された。この研究成果は、染色体ループ形成機構の解明に向けて重要な一歩である。これまでのクライオ電子顕微鏡観察でも、ヌクレオチド結合時に2種類の構造変化が報告されていることから、私たちの研究結果は先行研究とも整合性がある。私たちは、この研究成果が、コンデンシンを含むタンパク質複合体が染色体形成にどのように寄与しているかを理解する上で、大きな意義があると考えられる。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (12 results)

All 2023 2022

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 4 results)

  • [Journal Article] Coarse-grained molecular dynamics simulations of base-pair mismatch recognition protein MutS sliding along DNA2022

    • Author(s)
      Inoue Keisuke、Takada Shoji、Terakawa Tsuyoshi
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 19 Pages: 1-16

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v19.0015

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] ALS mutations in the TIA-1 prion-like domain trigger highly condensed pathogenic structures2022

    • Author(s)
      Sekiyama Naotaka、Takaba Kiyofumi、Maki-Yonekura Saori、Akagi Ken-ichi、Ohtani Yasuko、Imamura Kayo、Terakawa Tsuyoshi、Yamashita Keitaro、Inaoka Daigo、Yonekura Koji、Kodama Takashi S.、Tochio Hidehito
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 119 Pages: e2122523119

    • DOI

      10.1073/pnas.2122523119

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Molecular mechanism of H2A/H2B dismantling from a partially unwrapped nucleosome by Nap12023

    • Author(s)
      Fritz Nagae, Shoji Takada, Tsuyoshi Terakawa
    • Organizer
      66th Biophysical Society Annual Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular mechanisms of epigenetic inheritance in single-molecule level2022

    • Author(s)
      寺川 剛
    • Organizer
      さきがけ「ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出」第2回単独領域会議
    • Invited
  • [Presentation] DNA curtain assays of collisions between Condensin and Nucleosome2022

    • Author(s)
      寺川 剛
    • Organizer
      新学術領域「クロマチン潜在能」領域会議
    • Invited
  • [Presentation] DNA binding affinity of human cohesin subunits participating in loop-extrusion mechanism studied by molecular dynamics simulation2022

    • Author(s)
      Chenyang Gu, Giovanni Brandani, Tsuyoshi Terakawa, Shoji Takada
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] トランスロケースとの衝突に伴うヌクレオソームの運命: エピゲノム継承の解明に向けて2022

    • Author(s)
      寺川 剛
    • Organizer
      第15回エピジェネティクス研究会年会
    • Invited
  • [Presentation] Structural modeling of condensin by assimilating high-speed atomic force microscopy images2022

    • Author(s)
      Hiroki Koide, Noriyuki Kodera ,Mayu S. Terakawa, Shoji Takada, Tsuyoshi Terakawa
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Nap1 dismantles a H2A/H2B dimer from a partially unwrapped nucleosome2022

    • Author(s)
      Fritz Nagae, Shoji Takada, Tsuyoshi Terakawa
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Molecular dynamics simulations to reveal molecular mechanism of DNA stimulated ATPase activity of SMC proteins2022

    • Author(s)
      Masataka Yamauchi, Tsuyoshi Terakawa, Giovanni B. Brandani, and Shoji Takada
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Single molecule imaging of DNA unwinding by budding yeast Mcm2-72022

    • Author(s)
      Mayu S. Terakawa, Tsuyoshi Terakawa
    • Organizer
      第45回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Molecular mechanism of epigenetic inheritance in single-molecule level2022

    • Author(s)
      寺川 剛
    • Organizer
      さきがけ「ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出」第2回単独領域会議
    • Invited

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Published: 2023-12-25  

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