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2022 Fiscal Year Annual Research Report

5-aza-dCTPによる新たなDNA維持メチル化制御機構の解明

Publicly Offered Research

Project AreaNew frontier for ubiquitin biology driven by chemo-technologies
Project/Area Number 21H00272
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

西山 敦哉  東京大学, 医科学研究所, 准教授 (50378840)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2023-03-31
KeywordsDNAメチル化 / ユビキチン / 脱ユビキチン化 / USP7 / DNA複製
Outline of Annual Research Achievements

DNAのメチル化は転写制御、発生、分化など様々な生命現象を制御する重要なエピジェネティック修飾の一つである。染色体上のDNAメチル化パターンはDNA複製に伴い正確に維持される必要がある。維持型DNAメチル化酵素DNMT1とそのリクルーターであるE3ユビキチンリガーゼUHRF1はDNA維持メチル化を担う中心的因子である。本研究は、1)DNMT1とその阻害剤である5-aza-dCTPが形成するDNMT1-DNA架橋制御機構の解析、2)DNA複製後にUHRF1によって生成されるユビキチンシグナルを解消する脱ユビキチン化酵素の制御機構の解析を目的として行った。
1)DNMT1-DNA架橋の制御機構の解析
まず、DNA維持メチル化の過程を再現可能であるツメガエル卵抽出液由来の無細胞系を用いて、5-aza-dCTP添加依存的にDNMT1-DNA架橋の形成を誘導したところ、DNMT1の染色体DNA上への蓄積、またそれに伴うDNMT1の高度なSUMO化が起こることを見出した。さらに、DNA架橋形成に伴いクロマチン上に蓄積するタンパク質の網羅的解析を行い、Death domain-associated protein (DAXX)を含む複数のタンパク質を同定した。さらにDAXXがDNMT1のSUMO化依存的にクロマチンに集積し、DNMT1のSUMO化をさらに促進することを明らかにした。
2)UHRF1に拮抗する脱ユビキチン化酵素の解析
PAF15の結合因子解析により、脱ユビキチン化酵素USP7を同定した。その後の解析により、USP7がPAF15の脱ユビキチン化を促進すること、また脱ユビキチン化されたPAF15がRLC-ATAD5複合体によって、クロマチン上から除去されることを見出し、報告した (Miyashita et al., eLife, 2022)。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (11 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] ミュンヘン大学(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      ミュンヘン大学
  • [Int'l Joint Research] CNRS(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      CNRS
  • [Int'l Joint Research] ロックフェラー大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      ロックフェラー大学
  • [Journal Article] The termination of UHRF1-dependent PAF15 ubiquitin signaling is regulated by USP7 and ATAD52023

    • Author(s)
      Miyashita Ryota、Nishiyama Atsuya、Qin Weihua、Chiba Yoshie、Kori Satomi、Kato Norie、Konishi Chieko、Kumamoto Soichiro、Kozuka-Hata Hiroko、Oyama Masaaki、Kawasoe Yoshitaka、Tsurimoto Toshiki、Takahashi Tatsuro S、Leonhardt Heinrich、Arita Kyohei、Nakanishi Makoto
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 12 Pages: -

    • DOI

      10.7554/eLife.79013

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural basis for activation of DNMT12022

    • Author(s)
      Kikuchi Amika、Onoda Hiroki、Yamaguchi Kosuke、Kori Satomi、Matsuzawa Shun、Chiba Yoshie、Tanimoto Shota、Yoshimi Sae、Sato Hiroki、Yamagata Atsushi、Shirouzu Mikako、Adachi Naruhiko、Sharif Jafar、Koseki Haruhiko、Nishiyama Atsuya、Nakanishi Makoto、Defossez Pierre-Antoine、Arita Kyohei
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41467-022-34779-4

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural basis for the unique multifaceted interaction of DPPA3 with the UHRF1 PHD finger2022

    • Author(s)
      Hata Keiichi、Kobayashi Naohiro、Sugimura Keita、Qin Weihua、Haxholli Deis、Chiba Yoshie、Yoshimi Sae、Hayashi Gosuke、Onoda Hiroki、Ikegami Takahisa、Mulholland Christopher B、Nishiyama Atsuya、Nakanishi Makoto、Leonhardt Heinrich、Konuma Tsuyoshi、Arita Kyohei
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 50 Pages: 12527~12542

    • DOI

      10.1093/nar/gkac1082

  • [Presentation] The termination of UHRF1-dependent PAF15 ubiquitin signaling is regulated by USP7 and ATAD52022

    • Author(s)
      西山敦哉
    • Organizer
      第15回エピジェネティクス研究会年会
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] DNAメチル化継承の分子機構2022

    • Author(s)
      西山敦哉
    • Organizer
      日本遺伝学会第94回大会シンポジウムA
    • Invited
  • [Presentation] DNMT1-DNA架橋によって誘導されるSUMOシグナルとその制御機構2022

    • Author(s)
      西山 敦哉, 谷本 翔汰, 千葉 祥恵, 遠藤 彬則, 佐伯 泰, 中西 真
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
  • [Presentation] USP7とATAD5はUHRF1依存的なPAF15ユビキチンシグナルを制御する2022

    • Author(s)
      西山 敦哉 宮下 諒太 千葉 祥恵 郡 聡実 加藤 修衣 河添 好孝 秦 裕子 尾山 大明 高橋 達郎 有田 恭平 中西 真
    • Organizer
      第45回分子生物学会年会
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] DNAメチル化制御因子PAF15のUSP7とATAD5を介した 不活性化の分子機構を解明

    • URL

      https://non-genome.com/activities/3214/

URL: 

Published: 2023-12-25  

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