2021 Fiscal Year Annual Research Report
Human migration to Japan by searching Helicobacter pylori genome
Publicly Offered Research
Project Area | Deciphering Origin and Establishment of Japonesians mainly based on genome sequence data |
Project/Area Number |
21H00346
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Research Institution | Oita University |
Principal Investigator |
山岡 吉生 大分大学, 医学部, 教授 (00544248)
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Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2023-03-31
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Keywords | ヘリコバクター・ピロリ / 人類の移動 / ヤポネシア / 次世代シーケンス |
Outline of Annual Research Achievements |
人類は、約10万年前にアフリカ大陸を出て世界各地に広がった。ヘリコバクター・ピロリ(ピロリ菌)は、人類の出アフリカ前にヒトの胃への感染を確立し、人類と共に旅をしてきた。我々はピロリ菌ゲノムを解析することで、人類集団の移動、特にアジアから日本列島(ヤポネシア)への移動を追っている。本土人のみならず、アイヌ人、沖縄人のピロリ菌解析を行い、アイヌや沖縄に特異的なピロリ菌が存在することを報告した。我々はすでに全世界からのピロリ菌株約10000株を所有しており、コロナ禍の間は、これらの菌株の解析を行ってきた。また同時の国内での菌株採取では、今までの大分、沖縄本島に加えて、青森のピロリ菌を手に入れることができた(弘前大学からの供与)。その結果、青森県及び沖縄県を除く地域では、いずれも本州型が優勢であった。一方、青森県では青森型が最も多く(約72 %)、沖縄県にはやはり多様なピロリ菌集団が分布していた。北海道アイヌ株は、既報どおりアメリカ先住民型に分類された。沖縄県に分布する各集団の割合は、従来東アジア亜型とされていた集団が約70 %(沖縄型が最も多く、沖縄全体の約半数を占める)を、hspOkinawa及びhpRyukyu合わせて約24 %を占めていた。また、中国南東型27株、韓国型16株、中国北東型2株の日本由来株が分類された。日本の地域別にみると、大陸に近い地域でその割合は高く、大分県では最も多い25 %の株が中国及び韓国型に分類された。 青森株を加えることにより新たな集団が同定されたように、解析地域数を増やすことにより、国内ピロリ菌のさらに詳細な集団構造が明らかになり、ヤポネシアへの人類移動を紐解く糸口になると考えられる。現在、新たに宮古島、石垣島、五島列島、鹿児島県の病院でのピロリ菌採取の許可(倫理委員会認可)を得ており、さらに検体を採取して解析を進める計画である。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
コロナ禍のために、期間延長となったが、国内での新たな共同研究を行えることになり、日本各地の検体を集められることとなった。また、すでに今までのデータをiScience誌や大分県医師会雑誌にも発表することができ、また本研究にNHKも興味を持ち、研究代表者の山岡がNHK BSプレミアム「ヒューマニエンス」に出演することにもつながった。これらのことから、おおむね順調に進展していると考える。
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Strategy for Future Research Activity |
新たに宮古島、石垣島の内視鏡医とコンタクトを取り、共同研究を行う同意ができた(宮古島:県立宮古病院、岸本信三先生、新里 雅人先生、石垣島:八重山病院、菊池 馨先生)。また、長崎県五島中央病院(竹島 史直先生)、鹿児島県いちき串木野市の花牟禮病院(花牟禮 康生先生)についても共同研究を行う同意に至り、検体の採取を進めていく計画である。 また、今までの研究での弱点は、hpRyukyu類似の菌がネパール、カザフスタンなどで見つかったが、まだ菌数が数株であることである。そこで、すでに保存されているが次世代シーケンスを行っていないネパール株を培養しなおして、シーケンスを行う計画である。可能であればカザフスタンにも現地調査に出かけたいと考えている。
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Remarks |
NHK BSプレミアム「ヒューマニエンス」に出演し、本プロジェクトの内容を紹介する。特に沖縄のピロリ菌がかなり本土のピロリ菌と異なること、この違いが病原性の差異にもかかわることなどを報告した。
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Research Products
(66 results)
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[Journal Article] High levels of fecal calprotectin and C-reactive protein in patients with colitis.2023
Author(s)
Anindita B, Sugihartono T, Miftahussurur M, Maimunah U, Nusi IA, Setiawan PB, Purbayu H, Kholili U, Widodo B, Thamrin H, Vidyani A, Rezkitha YAA, Yamaoka Y.
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Journal Title
J Med Life.
Volume: 16
Pages: 48-51
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Mutations Related to Antibiotics Resistance in Helicobacter pylori Clinical Isolates from Bangladesh.2023
Author(s)
Fauzia, Kartika Afrida, Hafeza Aftab, Evariste Tshibangu-Kabamba, Ricky Indra Alfaray, Batsaikhan Saruuljavkhlan, Alain Cimuanga-Mukanya, Takashi Matsumoto, Phawinee Subsomwong, Junko Akada, Muhammad Miftahussurur, and Yoshio Yamaoka.
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Journal Title
Antibiotics
Volume: 12
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Novel Helicobacter pylori-associated hemolysis Hp0499 and Hp1490 and its association with severity of gastritis.2023
Author(s)
Sang Ketut Widiana, Titong Sugihartono, Dalla Doohan, Langgeng Agung Waskito, Kartika Afrida Fauzia, Yudith Annisa Ayu Rezkitha, Adi Wasis Prakosa, Ricky Indra Alfaray, Camilia Metadea Aji Safitri, Rizki Amalia, Yoshio Yamaoka, Muhammad Miftahussurur.
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Journal Title
F1000Research
Volume: 12
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Low-grade intestinal metaplasia in Indonesia: Insights into the expression of proinflammatory cytokines during Helicobacter pylori infection and unique East-Asian CagA characteristics.2023
Author(s)
Miftahussurur, M, Alfaray, R. I, Fauzia, K. A., Dewayani, A., Doohan, D., Waskito, L. A., Rezkitha, Y. A. A., Utomo DH, Somayana G, Fahrial Syam A, Lubis M, Akada J, Matsumoto T, Yamaoka Y.
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Journal Title
Cytokine
Volume: 163
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] 日本国内より分離された Helicobacter pylori の集団構造解析2023
Author(s)
友成航平, Saruuljavkhlan Batsaikhan, Ricky Indra Alfaray, Kartika Afrida Fauzia1, 松成修, 赤田純子, 松本昂, 珍田大輔, 下山克, 金城渚, 金城徹, 金城福則, 山岡吉生
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Journal Title
大分県医学会雑誌
Volume: 29
Pages: 100-108
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Urease Levels and Gastritis Stage in Dyspeptic Patients.2022
Author(s)
Miftahussurur M, Putri CDM, Sugihartono T, Syam AF, Purbayu H, Priyantini D, Kahar H, Rezkitha YAA, Nusi IA, Setiawan PB, Maimunah U, Waskito LA, Kholili U, Widodo B, Vidyani A, Thamrin H, Siregar GA, I'tishom R, Uchida T, Yamaoka Y.
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Journal Title
Acta Med Indones
Volume: 54
Pages: 42-51
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Next-Generation Sequencing-Based Study of Helicobacter pylori Isolates from Myanmar and Their Susceptibility to Antibiotics.2022
Author(s)
Subsomwong P, Doohan D, Fauzia KA, Akada J, Matsumoto T, Yee TT, Htet K, Waskito LA, Tuan VP, Uchida T, Matsuhisa T, Yamaoka Y.
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Journal Title
Microorganisms
Volume: 10
Pages: 196-196
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Genomic differentiation within East Asian Helicobacter pylori.2022
Author(s)
You Y, Thorell K, He L, Yahara K, Yamaoka Y, Cha JH, Murakami K, Katsura Y, TEAMHp, Kobayashi I, Falush D, Zhang J.
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Journal Title
Microb Genom
Volume: 8
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Helicobacter pylori genomes reveal Paleolithic human migration to the east end of Asia.2022
Author(s)
Suzuki R, Saitou N, Matsuari O, Shiota S, Matsumoto T, Akada J, Kinjo N, Kinjo F, Teruya K, Shimoji M, Shiroma A, Kato M, Satou K, Hirano T, Asaka M, Kryukov K, Moodley Y, Yamaoka Y.
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Journal Title
iScience
Volume: 25
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Macronutrient and micronutrient intake in dietary habits contributed to dyspeptic symptoms in Indonesia.2022
Author(s)
Miftahussurur M., Alfaray R.I., Rezkitha Y.A.A., Fauzia K.A., Maulahela H., Muzellina V.N., Rotty L.S.M., Namara Y.S., Abubakar A., Mustika S., Ratnasari N., Santosa A.Y., Richardo M., Wibawa I.D.N., Adnyana I.K., Rachman P.H., Rachman B.E., Doohan D., Waskito L.A., Yamaoka Y., Khomsan A.
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Journal Title
Gaceta Medica de Caracas
Volume: 130
Pages: 266-275
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Characterization of Helicobacter pylori tlyA and Its Association with Bacterial Density.2022
Author(s)
Prakosa AW, Miftahussurur M, Juniastuti J, Waskito LA, Doohan D, Fauzia KA, Rezkitha YAA, Sugihartono T, Syam AF, Uchida T, Yamaoka Y.
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Journal Title
Dig Dis
Volume: 40
Pages: 417-426
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Role of fecal calprotectin as a hypoxic intestinal damage biomarker in COVID-19 patients.2022
Author(s)
Adriana DN, Sugihartono T, Nusi IA, Setiawan PB, Purbayu H, Maimunah U, Kholili U, Widodo B, Thamrin H, Vidyani A, Maulahela H, Yamaoka Y, Miftahussurur M.
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Journal Title
Gut Pathog
Volume: 14
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Analysis of gastric microbiota and Helicobacter pylori infection in gastroesophageal reflux disease.2022
Author(s)
Sugihartono T, Fauzia KA, Miftahussurur M, Waskito LA, Rejeki PS, I'tishom R, Alfaray RI, Doohan D, Amalia R, Savitri CMA, Rezkitha YAA, Akada J, Matsumoto T, Yamaoka Y.
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Journal Title
Gut Pathog
Volume: 14
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Helicobacter pylori infection: is there circulating vacuolating cytotoxin A or cytotoxin-associated gene A protein?2022
Author(s)
Imoto I, Oka S, Katsurahara M, Nakamura M, Yasuma T, Akada J, D'Alessandro-Gabazza CN, Toda M, Horiki N, Gabazza EC, Yamaoka Y.
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Journal Title
Gut Pathog
Volume: 14
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Helicobacter pylori prevalence in Indonesia: Higher infection risk in Eastern region population.2022
Author(s)
Maulahela H, Doohan D, Annisa Ayu Rezkhita Y, Syam AF, Waskito LA, Metadea Aji Savitri C, Richardo M, Rahman A, Namara YS, Shatri H, Sanityoso A, Alamsyah. Siregar G, Sudarmo E, Uchida T, Vilaichone RK, Yamaoka Y, Muhammad Miftahussurur.
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Journal Title
F1000Research
Volume: 11
Pages: -
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Repeated out-of-Africa expansions of Helicobacter pylori driven by replacement of deleterious mutations.2022
Author(s)
Thorpe HA, Tourrette E, Yahara K, Vale FF, Liu S, Oleastro M, Alarcon T, Perets TT, Latifi-Navid S, Yamaoka Y, et al.
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Journal Title
Nature Communications
Volume: 13
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Serum pepsinogen level as a biomarker for atrophy, reflux esophagitis, and gastric cancer screening in Indonesia.2022
Author(s)
Miftahussurur M, Waskito LA, Syam AF, Nusi IA, Wibawa IDN, Rezkitha YAA, Fauzia KA, Siregar GA, Akil F, Waleleng BJ, Saudale AMJ, Abubakar A, Maulahela H, Richardo M, Rahman A, Namara YS, Sudarmo E, Adi P, Maimunah U, Setiawan. PB, Doohan D, Uchida T, Dewayani A, Rejeki PS, Sugihartono T, Yamaoka Y.
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Journal Title
Journal of Research in Medical Sciences
Volume: 27
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Presentation] Outer membrane protein HopF is involved in biofilm formation and virulence in Helicobacter pylori2023
Author(s)
Kartika Afrida Fauzia, Yuri Sugawara, Mayu Obata, Rizki Amalia, Ricky Indra Alfaray, Camilia Metadea, Junko Akada, Takashi Matsumoto, Muhammad Miftahussurur, Yoshio Yamaoka
Organizer
The 19th Korea-Japan H. pylori Joint Symposium, Gut and liver
Int'l Joint Research
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[Presentation] Mutations Related to Antibiotics Resistance in Helicobacter pylori Clinical Isolates from Bangladesh2023
Author(s)
Fauzia, Kartika Afrida, Hafeza Aftab, Evariste Tshibangu-Kabamba, Ricky Indra Alfaray, Batsaikhan Saruuljavkhlan, Alain Cimuanga-Mukanya, Takashi Matsumoto, Phawinee Subsomwong, Junko Akada, Muhammad Miftahussurur, and Yoshio Yamaoka
Organizer
International Symposium on Helicobacter and Upper Gastrointestinal Disease
Int'l Joint Research
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