2021 Fiscal Year Annual Research Report
Genome Analysis on human remains from Pleistocene and early Jomon
Publicly Offered Research
| Project Area | Deciphering Origin and Establishment of Japonesians mainly based on genome sequence data |
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| Project/Area Number |
21H00350
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| Research Institution | Toho University |
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Principal Investigator |
水野 文月 東邦大学, 医学部, 助教 (50735496)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 旧石器時代人 / 縄文早期時代人 / 縄文前期時代人 / 古代ゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度、旧石器時代、縄文時代、弥生時代の遺跡から出土した古人骨ならびに2,000人以上の日本列島人集団を合わせたミトコンドリアゲノムの比較解析結果をまとめ、国際誌にて報告した（Mizuno et al. 2021）。その内容は、多次元尺度法や様々な系統樹で配列同士の類似性を見ると、縄文時代の人骨のミトコンドリアゲノムと弥生時代の人骨のミトコンドリアゲノムは異なるタイプでありながらも、共に現代日本列島人集団のミトコンドリアゲノムを構成しているタイプであること。一方で、港川1号人骨のミトコンドリアゲノムは、縄文時代、弥生時代、現代の集団の直接の祖先でないことが示唆された。すなわち港川１号人骨のミトコンドリア配列は、現代日本列島人集団の祖先のグループに含まれるか非常に近いものだということが示された。
ヤポネシア人の起源をミトコンドリアゲノムから探った上記研究に加え、旧石器時代、縄文早期ならびに前期古人骨から抽出したDNAをもちいたショットガンシーケンスにより、核ゲノム配列情報からの解析を進めた。縄文早期古人骨からは十分量の核ゲノムデータが得られた。一般に、古人骨ゲノム解析論文で発表されているゲノムデータ量（デプス）は１前後が多く、高くても１０前後である。現代人の核ゲノム解析においては、ゲノムデータ量（デプス）は３０以上が望ましいとされている。そこで、さらなる核ゲノムデータを得るために次世代シーケンスを重ね、現代人データと比べても遜色ない核ゲノムデータ量を得ることに成功した。一方、旧石器時代人骨から得られた核ゲノム情報は十分ではなかった。現在、実験手法の改良と並行しながら、旧石器時代の古人骨、早期ならびに前期縄文時代の古人骨（複数）で核ゲノム解析を進めている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
縄文早期古人骨から現代人データと比べても遜色ない核ゲノムデータ量を得ることに成功したが、膨大なデータ量であるため数理解析がやや遅れている。
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| Strategy for Future Research Activity |
縄文早期古人骨から得られた十分量のデータをもちいて、ヤポネシア人の系統を探るべく、様々な数理解析を進める。旧石器時代人骨から得られた核ゲノム情報は十分ではなかったため、実験手法の改良と並行しながら、旧石器時代の古人骨、早期ならびに前期縄文時代の古人骨（複数）での核ゲノム解析を進める。
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Research Products
(4 results)
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[Journal Article] Population dynamics in the Japanese Archipelago since the Pleistocene revealed by the complete mitochondrial genome sequences2021
Author(s)
Mizuno, F., Gojobori, J., Kumagai, M., Baba, H., Taniguchi, Y., Kondo, O., Matsushita, M., Matsushita, T., Matsuda, F., Higasa , K., Hayashi, M., Wang, L., Kurosaki., K., and Ueda, S.
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Journal Title
Scientific Reports
Volume: 11
Pages: 1-11
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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