2022 Fiscal Year Annual Research Report
Unravelling the dispersal process of buckwheat to Japan by whole-genome SNP analysis
Publicly Offered Research
| Project Area | Deciphering Origin and Establishment of Japonesians mainly based on genome sequence data |
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| Project/Area Number |
21H00356
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
FAWCETT JEFFREY 国立研究開発法人理化学研究所, 数理創造プログラム, 上級研究員 (50727394)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | ソバ / ヤポネシア / 栽培植物起原学 / 集団遺伝学 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、中国南西部に起原したソバ（フツウソバ：Fagopyrum esculentum）の日本および世界各地への伝播・拡散の過程を明らかにすることが大きな目的である。数年前から我々は、リファレンスゲノムとして利用可能なソバ自殖系統の染色体レベルのアセンブリ構築に取り組んできた。本研究課題では、ソバの栽培化、世界各地への拡散および日本への伝播の過程を明らかにするため、イギリス・ケンブリッジ大や韓国の共同研究者らの協力のもと、日本の在来種107系統、朝鮮半島の在来種22系統を含む世界各地の栽培種245系統の全ゲノムシーケンシングを行った。さらに、シーケンシング済みの系統を加え、栽培種303系統、野生種57系統の計360系統のシーケンスをリファレンスゲノムにマッピングすることで約54万の一塩基多型(SNP)を同定し、これらを用いてAdmixture解析や主成分分析(PCA)などの集団遺伝学的な解析を行った。
その結果、まず世界各地の栽培種がいずれもチベット南東部の野生種集団に起原したことが示唆された。さらに、日本へのソバの伝播は、朝鮮半島、韓国から西日本という経路を辿り、日本の中では西日本から東日本、その後北海道に拡散した可能性が高いことがわかった。なお、ソバゲノムのアセンブリ構築、ソバ属植物のゲノム進化、ゲノム情報を用いたソバの遺伝育種、ソバ二花柱型自家不和合性の遺伝的基盤、そしてソバの栽培化に関する研究成果をまとめた論文を本年執筆し、現在投稿中である。
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| Research Progress Status |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(6 results)
