2010 Fiscal Year Annual Research Report
パターンデザインペプチドライブラリーを用いた天然変性タンパク質の特性解析
Publicly Offered Research
| Project Area | Target recognition and expression mechanism of intrinsically disordered protein |
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22113508
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| Research Institution | Shinshu University |
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Principal Investigator |
新井 亮一 信州大学, ファイバーナノテク国際若手研究者育成拠点, 助教 (50344023)
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| Keywords | 天然変性タンパク質 / ペプチドライブラリー / パターンデザインペプチド / 相互作用解析 / ファージディスプレイ |
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| Research Abstract |
天然変性タンパク質はアミノ酸配列の保存性は低いにも関わらず、結合と折りたたみの共起によりターゲット分子と相互作用する機構や複数のターゲット分子と相互作用する機構など、まだ多くのことが分かっていない。そこで、天然変性タンパク質がターゲット分子と相互作用する機構・特性を調べるために、まず文献や情報解析等により配列パターンを調べ、それに基づくパターンデザインペプチドライブラリーを設計・構築し、天然変性タンパク質の特性解析を行うことを目的として研究を行った。
(1)天然変性タンパク質の配列パターン情報解析
まず、これまでの天然変性タンパク質の配列解析の研究報告やデータベース等を参考にし、天然変性タンパク質の配列ライブラリーをデザインするために配列パターンを調べた。特にmSin3BのPAH1ドメイン(横浜市大・西村研との共同研究)に結合する天然変性タンパク質配列パターンを調べ、次項のペプチドライブラリー構築を行った。
(2)天然変性タンパク質ペプチドライブラリーのパターンデザイン・構築
配列パターンの解析結果をもとに、mSin3BのPAH1ドメインに結合する天然変性タンパク質配列パターンをデザインしたペプチドライブラリーを設計・構築した。具体的には、配列パターンデザインペプチドの遺伝子ライブラリーを縮重コドンを用いて設計・構築し、GSTタンパク質やファージコートタンパク質と融合したペプチドライブラリー発現系を作製した。引き続きこのライブラリーを用いて相互作用解析をはじめとした特性・特性解析を行っている。
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Research Products
(5 results)
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[Journal Article] Dissecting Cell Signaling Pathways with Genetically Encoded 3-Iodo-L-tyrosine2010
Author(s)
Hayashi, A., Hino, N., Kobayashi, T., Arai, R., Shirouzu, M., Yokoyama, S., Sakamoto, K.
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Journal Title
ChemBioChem
Volume: 12
Pages: 387-389
Peer Reviewed
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[Presentation] Crystal structure of MqnD(TTHA1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from Thermus thermophilus HB82010
Author(s)
Arai, R., Murayama, K., Uchikubo-kamo, T., Nishimoto, M., Toyama, M., Kuramitsu, S., Terada, T., Shirouzu M., Yokoyama, S.
Organizer
Gordon Research Conference (Biopolymers 2010)
Place of Presentation
Newport, RI, USA
Year and Date
2010-06-07
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