2022 Fiscal Year Annual Research Report
アメーバをめぐるポストコッホ微生物生態学
Publicly Offered Research
| Project Area | Post-Koch Ecology: The next-era microbial ecology that elucidates the super-terrestrial organism system |
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| Project/Area Number |
22H04883
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| Research Institution | Gifu University |
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Principal Investigator |
永井 宏樹 岐阜大学, 大学院医学系研究科, 教授 (80222173)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 寄生 / 共生 / アカントアメーバ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
前年度までに分与を受けたモデル圃場土壌からのパンドラウイルス単離に特化したスクリーニングでは、これまでのところの新規性を持つ微生物・ウイルスの単離には至っていない。
前年度までのスクリーニングにおいて単離した放線菌門アシディミクロビウム綱に属する新属以上の新規性を期待される細菌２株について、前年度までに１株のゲノム解析を完了しており、残る１株のゲノム解析について本年度完了した。ANI(Avereage Nucleotide idientity)解析で相互間のスコアは90.8%, 原核生物refseqゲノム中最も高いスコアを示す細菌との間は81.4%であり、このことは当該菌株が新属以上の新規性を有していること、２株は同属異種であることと矛盾しない。今後、新種の細菌として記載を目指し必要な解析を領域内共同研究として進めていきたい。
前年度までのスクリーニングにおいて単離したパンドラウイルスと予想される巨大ウイルス１株について、ゲノム解析を行った。ロングリード解析に十分な長鎖ゲノムDNAの単離法について検討を行う必要があったものの、ONT MinIONおよびIllumina MiSeqでロング・ショートリードを得て、ゲノムをアセンブルした。得られたゲノムは、これまでに完全ゲノムが報告されているパンドラウイルスのうち１種に対して、ANI 99.1%と高いスコアを示しており、同一種と考えられる。今後、新たなパンドラウイルスの単離に向けて、スクリーニングを展開していきたい。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
新種、新属と考えられるポストコッホ微生物の単離・解析について、研究はほぼ順調に進捗していると考える。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでに単離した候補微生物の解析を進めるとともに、領域内共同研究として分与を受けた圃場土壌のスクリーニングを引き続き行う。新種のポストコッホ細菌については、文献記載を目指し必要な解析を領域内共同研究として行いたい
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