2022 Fiscal Year Annual Research Report
オーファン核内構造体を構成するRNAの包括的解析
Publicly Offered Research
| Project Area | Biology of Non-domain Biopolymer |
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| Project/Area Number |
22H05594
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
木村 龍一 京都大学, 医学研究科, 特定助教 (00781759)
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| Project Period (FY) |
2022-06-16 – 2024-03-31
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| Keywords | 核内構造体 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
核内構造体は核酸や非ドメイン型タンパク質などが核内において相分離することで形成される非膜オルガネラである。核内構造体の形成にはその構成因子であるRNAが重要な働きを担うと考えられているが、核内に埋もれた微小な構造体を非破壊的に取り出して解析することが難しいため、核内構造体の形成に重要な RNA 分子種がどのような性質を有するか十分に理解されていない。本研究では、申請者らが開発した光単離化学法を基盤として、核内構造体が含む RNA の塩基配列情報を光照射で単離するための実験手法を開発する。これは光開裂ブロッカーを付与したオリゴ DNA を逆転写プライマーとして用いることで、光を照射した領域のみから RNA シーケンスライブラリーの増幅を可能とする原理に基づく。この手法を用いて、RNA が構造に不可欠であることがわかっていながらも、その具体的な正体の不明な核内構造体、すなわち「オーファン核内構造体」の包括的な RNA 解析をおこない、その構造に必須の RNA を同定することで、多様な生命現象に通底する核内構造体の形成原理を解き明かす。
パラスペックルの構造に必須の NEAT1_2 は RNA の3´末端にポリ(A) 尾部を持たない非ポリ(A) RNA であり、本研究にて解析をおこなうオーファン核内構造体の中にも、NEAT1_2 と同様の非ポリ(A) RNA が arcRNA として含まれることが予想される。しかしながら、PIC の逆転写用プライマーは RNA のポリ(A) 尾部にアニールすることで逆転写反応が開始されることから、そのままでは非ポリ(A) RNA を検出することはできない。そこで本研究では、PICの実験手順を改良することで非ポリ(A) RNA の検出を可能とする手法を開発した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
PICにより非ポリ(A) RNA を検出することができたため。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後はシーケンス感度を向上させるためrRNAの除去手法を開発する。
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Research Products
(1 results)
