2012 Fiscal Year Annual Research Report
ポリケチド合成経路の情報解析
Publicly Offered Research
| Project Area | Biosynthetic machinery: Deciphering and regulating the system for bioactive metabolite diversification |
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| Project/Area Number |
23108508
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
有田 正規 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (10356389)
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| Project Period (FY) |
2011-04-01 – 2013-03-31
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| Keywords | ポリケチド合成酵素 / データベース |
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| Research Abstract |
アスペルギルス属でゲノム配列が明らかになった8種にコードされるポリケチド合成酵素 (PKS) 遺伝子約250個を収集し、その基本となるドメイン構造 KS, AT, ACP, KR, DH, ER, および CYC を予測した。その結果を、他の菌類及びバクテリアに含まれる繰り返し型PKSおよそ150個とあわせ、分子系統解析をおこなった。
結果は http://metabolomics.jp/wiki/Category:PK にまとめてあり、ページ上部のリンクをたどることで個々の遺伝子のドメイン構成、それを記述した文献情報がわかるデータベースを構築した。現時点で登録される範囲でUniRefデータベースの情報も記載した。文献は総計で89論文の中身を精査し、記述してあるPKSと生産物の情報を記載した。（http://metabolomics.jp/wiki/Category:PK/References）
多くの PKS は最終産物に従ってグループを形成する。しかし例えば A. ochraceus が持つオクラトキシン合成酵素のように異なる遺伝子グループ内にまたがるものもある。２５年度繰り越し分において、これがオクラトキシンの合成経路が複数あることに対応するのか、配列解析の不備によるのかを検証した。またPKS遺伝子の近傍にあるクラスターを解析するためAntiSmashサーバーを用いて A. nidulans をテンプレートとしたクラスター解析をおこなった。Aspergillus 属だけでなくCurvularia 属など他の菌類の遺伝子解析もおこなった。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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