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2012 Fiscal Year Annual Research Report

生体π空間における電子操作に基づくヘムπ電子系の機能開発

Publicly Offered Research

Project AreaEmergence of highly elaborated pai-space and its function
Project/Area Number 23108703
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

山本 泰彦  筑波大学, 数理物質系, 教授 (00191453)

Project Period (FY) 2011-04-01 – 2013-03-31
Keywordsヘム / ヘムタンパク質 / 四重鎖DNA / G-カルテット / NMR / ヘム電子構造 / π-π相互作用 / 疎水性相互作用
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、酸素(O2)貯蔵タンパク質ミオグロビン(Mb)のヘムπ電子系に対して与えた系統的な摂動とそれらの電子操作がMbの機能に及ぼす影響を解析し、これらインプットとアウトプットの関係を決める基本原理を解明する研究を通して、Mbの機能調節の分子機構を解明した。強い電子求引基であるトリフルオロメチル(CF3)基をヘム側鎖として導入することによりヘム鉄原子の電子密度(ρ)を変化させた一連のヘムをMbに組み込んだ再構成Mbの研究から、MbのO2親和性はρの減少に伴って低下することを発見した。また、Mbのヘム鉄は、通常、還元型Fe2+と酸化型Fe3+のいずれかの状態で存在するが、O2がMbに結合するのはFe2+の状態の時のみであり、Fe3+の状態では結合しない。O2が結合したMbでは、Fe2+が自発的に徐々にFe3+に酸化される反応である自動酸化が起こり、Mbとしての機能が損なわれる。私共は、ヘムπ空間の電子操作によりρを減少させるとMbの自動酸化が抑制されることも明らかにした。このように、本研究では、ヘムπ空間の性質を通して、MbのO2親和性と自動酸化をそれぞれ調節する手法を発見することに成功し、Mbを模倣した人工O2運搬体の創製に役立つ重要な知見を得た。
また、四重鎖DNAのπ空間で、グアニン塩基4つにより形成されるG-カルテットが多座配位子としてヘム鉄(Fe3+)に結合してヘム-DNA複合体を生じることを明らかにした。そして、ヘム-DNA複合体におけるヘムとG-カルテットの配位結合の性質、ヘムの電子構造は、DNA塩基配列に依存することを明らかにすると共に、複合体のヘム鉄が示すペルオキシダーゼ活性は、ヘムの電子構造によって調節されることを明らかにした。このように、四重鎖DNAπ空間とヘムπ空間の融合を通して調製した機能性核酸の酵素活性調節の分子設計に有用な知見を得た。

Research Progress Status

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (28 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (23 results) (of which Invited: 1 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Relationship between the Electron Density of the Heme Fe Atom and the Vibrational Frequencies of the Fe-Bound Carbon Monoxide in Myoglobin2013

    • Author(s)
      Ryu Nishimura
    • Journal Title

      Inorg. Chem.

      Volume: 52 Pages: 3349-3355

    • DOI

      10.1021/ic3028447

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Relationship between oxygen affinity and autoxidation of myoglobin2012

    • Author(s)
      Tomokazu Shibata
    • Journal Title

      Inorg. Chem.

      Volume: 51 Pages: 11955-11960

    • DOI

      10.1021/ic301848t

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Interaction between the heme and a G-quartet in a heme-DNA complex2012

    • Author(s)
      Kaori Saito
    • Journal Title

      Inorg. Chem.

      Volume: 51 Pages: 8168-8176

    • DOI

      10.1021/ic3005739

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ヘム-DNA複合体におけるヘムとG-カルテットの相互作用2013

    • Author(s)
      岡田竜也
    • Organizer
      日本化学会第93回春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学
    • Year and Date
      2013-03-22 – 2013-03-25
  • [Presentation] 四重鎖DNAπ空間の調節を通したヘム電子構造の制御2013

    • Author(s)
      山本泰彦
    • Organizer
      文部科学省科学研究費補助金新学術領域研究「高次π空間の創発と機能開発」第9回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      シーサイドホテル舞子ビラ神戸(神戸市)
    • Year and Date
      2013-03-13 – 2013-03-14
  • [Presentation] Fine Tuning of Redox Potential of Cytochrome c through Structural Properties of a Polypeptide Loop Bearing an Axial Met Residue2012

    • Author(s)
      Hulin Tai
    • Organizer
      3rd International Symposium on Creation of Functional Materials: Life Science and Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学
    • Year and Date
      2012-12-10 – 2012-12-11
  • [Presentation] Effect of Heme Electronic Structure on Ligand Affinity and Coordination Bond between Heme Fe and Exogenous Ligand in Myoglobin2012

    • Author(s)
      Tomokazu Shibata
    • Organizer
      3rd International Symposium on Creation of Functional Materials: Life Science and Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学
    • Year and Date
      2012-12-10 – 2012-12-11
  • [Presentation] Relationship between the Electron Density of the Heme Fe Atom and the Vibrational Frequencies of the Fe-bound Ligands in Myoglobin2012

    • Author(s)
      Ryu Nishimura
    • Organizer
      3rd International Symposium on Creation of Functional Materials: Life Science and Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学
    • Year and Date
      2012-12-10 – 2012-12-11
  • [Presentation] Elucidation of Functional Role of the 50th Residue Which Forms Hydrogen Bonds with Axial Met59 of Hydrogenobacter thermophilus Cytochrome c5522012

    • Author(s)
      Yukie Izumoto
    • Organizer
      3rd International Symposium on Creation of Functional Materials: Life Science and Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学
    • Year and Date
      2012-12-10 – 2012-12-11
  • [Presentation] Structural Characterization of a Heme-DNA Complex2012

    • Author(s)
      Tatsuya Okada
    • Organizer
      3rd International Symposium on Creation of Functional Materials: Life Science and Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学
    • Year and Date
      2012-12-10 – 2012-12-11
  • [Presentation] Effect of Structural Perturbation of Interhelical Interaction on Structural Properties of Heme Active Site in Hydrogenobacter thermophilus Cytochrome c5522012

    • Author(s)
      Ken Tonegawa
    • Organizer
      3rd International Symposium on Creation of Functional Materials: Life Science and Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学
    • Year and Date
      2012-12-10 – 2012-12-11
  • [Presentation] Characterization of Heme Coordination Structures in Complexes between Heme and All-parallel G-quadruplex DNAs assembled from d(TTAGGG) or d(TTAGGGT)2012

    • Author(s)
      Haruna Shimizu
    • Organizer
      3rd International Symposium on Creation of Functional Materials: Life Science and Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学
    • Year and Date
      2012-12-10 – 2012-12-11
  • [Presentation] Relationship between Oxygen Affinity and Autoxidation of Myoglobin2012

    • Author(s)
      Daichi Matsumoto
    • Organizer
      3rd International Symposium on Creation of Functional Materials: Life Science and Materials
    • Place of Presentation
      筑波大学
    • Year and Date
      2012-12-10 – 2012-12-11
  • [Presentation] π-Electron System of a Heme-DNA Complex2012

    • Author(s)
      Yasuhiko Yamamoto
    • Organizer
      文部科学省科学研究費補助金新学術領域研究「高次π空間の創発と機能開発」第4回国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      浜名湖ロイヤルホテル(静岡県浜松市)
    • Year and Date
      2012-11-13 – 2012-11-14
  • [Presentation] 平行型四重鎖DNAのG-カルテットに挟まれたヘムの電子構造2012

    • Author(s)
      山本泰彦
    • Organizer
      第51回NMR討論会
    • Place of Presentation
      ウインクあいち(名古屋市)
    • Year and Date
      2012-11-08 – 2012-11-10
  • [Presentation] 好熱性水素細菌シトクロムc552におけるヘリックス接触界面への構造化学的摂動がヘム活性部位の電子構造に及ぼす影響の解析2012

    • Author(s)
      利根川 健
    • Organizer
      第51回NMR討論会
    • Place of Presentation
      ウインクあいち(名古屋市)
    • Year and Date
      2012-11-08 – 2012-11-10
  • [Presentation] 軸配位子Metの主鎖と水素結合しているアミノ酸側鎖の立体障害がシトクロムc の機能と構造に与える影響2012

    • Author(s)
      伊豆本幸恵
    • Organizer
      第51回NMR討論会
    • Place of Presentation
      ウインクあいち(名古屋市)
    • Year and Date
      2012-11-08 – 2012-11-10
  • [Presentation] 四重鎖DNAとヘム鉄の配位結合2012

    • Author(s)
      太 虎林
    • Organizer
      錯体化学会第62回討論会
    • Place of Presentation
      富山大学
    • Year and Date
      2012-09-21 – 2012-09-23
  • [Presentation] 好熱性水素細菌シトクロムc552におけるヘリックス接触界面への構造化学的摂動がヘム活性部位の電子構造に及ぼす影響の解析2012

    • Author(s)
      利根川 健
    • Organizer
      第6回バイオ関連化学合同シンポジウム2012
    • Place of Presentation
      北海道大学
    • Year and Date
      2012-09-06 – 2012-09-08
  • [Presentation] ヘム-四重鎖DNA複合体の立体構造と機能解析2012

    • Author(s)
      太 虎林
    • Organizer
      第6回バイオ関連化学合同シンポジウム2012
    • Place of Presentation
      北海道大学
    • Year and Date
      2012-09-06 – 2012-09-08
  • [Presentation] 生体π空間における電子操作に基づくヘムπ電子系の機能開発2012

    • Author(s)
      山本泰彦
    • Organizer
      文部科学省科学研究費補助金新学術領域研究「高次π空間の創発と機能開発」第8回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      ホテルアローレ(石川県加賀市)
    • Year and Date
      2012-07-19 – 2012-07-20
  • [Presentation] Regulation of Functional Properties of Myoglobin through Tuning Heme Electronic Structure2012

    • Author(s)
      山本泰彦
    • Organizer
      Seventh International Conference on Porphyrins and Phalocyanines (ICPP-7)
    • Place of Presentation
      Jeju International Conference Center, Jeju, Korea
    • Year and Date
      2012-07-01 – 2012-07-06
    • Invited
  • [Presentation] Effect of Heme Electronic Structure on Coordination Bond between Heme Fe and Exogenous Ligand in Myoglobin2012

    • Author(s)
      Tomokazu Shibata
    • Organizer
      Seventh International Conference on Porphyrins and Phalocyanines (ICPP-7)
    • Place of Presentation
      Jeju International Conference Center, Jeju, Korea
    • Year and Date
      2012-07-01 – 2012-07-06
  • [Presentation] Control of redox function of P. aeruginosa cytochrome c551 through structural properties of a polypeptide loop bearing the axial Met residue2012

    • Author(s)
      Hulin Tai
    • Organizer
      Seventh International Conference on Porphyrins and Phalocyanines (ICPP-7)
    • Place of Presentation
      Jeju International Conference Center, Jeju, Korea
    • Year and Date
      2012-07-01 – 2012-07-06
  • [Presentation] ミオグロビンの酸素親和性と自動酸化反応速度の関係2012

    • Author(s)
      西村龍
    • Organizer
      第39回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      2012-06-08 – 2012-06-09
  • [Presentation] Effect of Heme Electronic Structure on the Ligand Coordination State in Myoglobin2012

    • Author(s)
      柴田友和
    • Organizer
      第22回金属の関与する生体関連反応シンポジウム
    • Place of Presentation
      金沢大学
    • Year and Date
      2012-05-31 – 2012-06-01
  • [Book] 高次π空間の創発と機能開発2013

    • Author(s)
      赤阪健
    • Total Pages
      245
    • Publisher
      シーエムシー出版
  • [Remarks] 研究室webページ

    • URL

      http://www.chem.tsukuba.ac.jp/yamamoto/

URL: 

Published: 2018-02-02  

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