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2012 Fiscal Year Annual Research Report

液体の統計力学と量子力学に基づくATP加水分解の自由エネルギー解析

Publicly Offered Research

Project AreaWater plays a key role in ATP hydrolysis and ATP-driven functions of proteins
Project/Area Number 23118719
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

吉田 紀生  九州大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (10390650)

Project Period (FY) 2011-04-01 – 2013-03-31
Keywords3D-RISM-SCF / ピロリン酸 / ATP加水分解 / 自由エネルギー
Outline of Annual Research Achievements

われわれの体内では,アデノシン三リン酸(ATP)を媒体とするエネルギー循環が絶え間なく行われている。この一連のエネルギー循環に関してこれまで多くの研究が行われてきた。しかし,このエネルギー論の最も基本的な部分である,ATP加水分解エネルギー(ATPエネルギー)の起源に関してすら,統一的見解が得られていないのが実情である。
本研究では,ATPのモデル分子であるピロリン酸の加水分解反応の自由エネルギー解析を行った。ここでは,3D-RISM-SCFを用いて,反応物,生成物,反応中間体の自由エネルギー解析を行った。ピロリン酸には4つの解離状態が,無機リン酸塩にも3つの解離状態が存在し,反応としての組み合わせは4つ存在する。その全てを解析し,溶媒が反応に与える影響を精査した。
その結果,反応系の解離状態によってそれぞれ溶媒の及ぼす影響が異なることを明らかにし,それらが微視的な反応物/生成物の溶媒和構造の違いに起因することを示した。

Research Progress Status

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (3 results)

All 2013 2012

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (2 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Elucidating the Molecular Origin of Hydrolysis Energy of Pyrophosphate in Water2012

    • Author(s)
      Jooyeon Hong
    • Journal Title

      Journal of Chemical Theory and Computation

      Volume: 8 Pages: 2239-2246

    • DOI

      dx.doi.org/10.1021/ct300099e

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Free Energy Analysis of ATP hydrolysis based on the statistical mechanics and quantum mechanics theory2013

    • Author(s)
      吉田紀生
    • Organizer
      Symposium on Hydration and ATP Energy
    • Place of Presentation
      秋保温泉,仙台市
    • Year and Date
      2013-03-06 – 2013-03-08
  • [Presentation] 生体分子の水和と機能~RISM理論によるアプローチ~2012

    • Author(s)
      吉田紀生
    • Organizer
      新化学技術推進協会 先端化学・材料技術部会 コンピュータケミストリ分科会 次世代CCWG 講演会
    • Place of Presentation
      公益社団法人 新化学技術推進協会 会議室,千代田区
    • Year and Date
      2012-11-09
    • Invited

URL: 

Published: 2018-02-02  

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