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2011 Fiscal Year Annual Research Report

無脊椎動物ロドプシンの光活性化機構の解明

Publicly Offered Research

Project AreaStructural basis of cell-signalling complexes mediating signal perception, transduction and responses
Project/Area Number 23121513
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

村上 緑  名古屋大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (20324387)

Keywords生物物理
Research Abstract

ロドプシンは眼の網膜に存在する光受容膜タンパク質で、7本膜貫通へリックス構造のタンパク質部分オプシンと発色団レチナールからなる複合体タンパク質である。申請者らはスルメイカのロドプシンについて暗順応状態、および光反応初期中間体である全トランス型バソ中間体、9-cis 型イソロドプシンの構造解析に成功し、活性部位でイカロドプシンに固有なアミノ酸残基群とレチナールとの相互作用が光異性化反応の量子収率や反応速度に直接影響を及ぼすことを見出した。本申請課題ではこれをさらに発展させ、イカロドプシンの光活性化にともなう構造変化を追跡し、オプシン-レチナールの相互作用変化および他の信号伝達分子との相互作用様式を明らかにすることを目指した。
イカロドプシン結晶に対し100Kでさまざまな光を照射するとバソ中間体、暗順応状態、イソロドプシンの3状態の平衡が生成し、青色光照射によりバソ中間体へと平衡が移動した。そのまま暗条件下で170Kに昇温するとバソ中間体からルミ中間体へと完全に遷移した。暗順応状態、バソ中間体、イソロドプシンの各吸収曲線からルミ中間体の吸収曲線を計算し、ルミ中間体の生成率を約50%と見積もった。昇温後の結晶を用いて回折データセットを収集し、イソロドプシンのデータと比較すると、差電子密度マップにおいてレチナール近傍に正負の電子密度分布が観察された。これに基づいて2.8 Å分解能でルミ中間体の構造モデルを構築した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

光の波長と温度を調整することで結晶中での光反応を制御し、顕微分光測定により平衡状態での各反応中間体の生成率を精度良く見積もりモデルを構築することができた。

Strategy for Future Research Activity

以下の2点を重点的に実施する。1)昨年度までに得られたデータをまとめ論文を執筆する。2)イカ網膜から全長ロドプシンの高純度精製およびこれを試料とした結晶化を行い、高分解能構造解析可能な良質な結晶を得る。

  • Research Products

    (12 results)

All 2012 2011 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Crystallographic analysis of the primary photochemical reaction of squid rhodopsin2011

    • Author(s)
      Murakami M, Kouyama T
    • Journal Title

      J. Mol. Biol.

      Volume: 413 Pages: 615-627

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2011.08.044

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structures of an O-Like blue form and an anion-free yellow form of pharaonis halorhodopsin2011

    • Author(s)
      Kanada S, Takeguchi Y, Murakami M, Ihara K, Kouyama T
    • Journal Title

      J. Mol. Biol.

      Volume: 413 Pages: 162-176

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2011.08.021

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] イカロドプシンルミ中間体の結晶構造解析2012

    • Author(s)
      村上緑
    • Organizer
      蛋白研セミナー「結晶学でみるタンパク質の化学と物理」
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      20120306-20120307
    • Invited
  • [Presentation] イカロドプシン光反応中間体の結晶構造解析2011

    • Author(s)
      村上緑,神山勉
    • Organizer
      平成23年度日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      20111124-20111125
  • [Presentation] バクテリオロドプシンのO中間体の結晶構造2011

    • Author(s)
      張進,山崎芳和,樋掛正則,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      姫路
    • Year and Date
      20110916-20110918
  • [Presentation] イカロドプシンルミ中間体のX線結晶構造解析2011

    • Author(s)
      村上緑,神山勉
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      姫路
    • Year and Date
      20110916-20110918
  • [Presentation] ファラオニシス・ハロロドプシンのアザイド結合型紫状態のM中間体の結晶構造2011

    • Author(s)
      中西太市,金田創運,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      姫路
    • Year and Date
      20110916-20110918
  • [Presentation] X線結晶構造から観る無脊椎動物ロドプシンの光反応過程

    • Author(s)
      村上緑
    • Organizer
      生命情報科学研究セミナー
    • Place of Presentation
      東京
    • Invited
  • [Presentation] ハロロドプシンの光誘起構造

    • Author(s)
      中西太市,金田創運,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • Organizer
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
  • [Presentation] タコロドプシンの結晶化

    • Author(s)
      水野克秀,張進,中村洋子,村上緑,神山勉
    • Organizer
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
  • [Presentation] イカロドプシンルミ中間体の構造解析

    • Author(s)
      村上緑,神山勉
    • Organizer
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋
  • [Presentation] バクテリオロドプシンのO中間体の結晶構造

    • Author(s)
      張進,山崎芳和,樋掛正則,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • Organizer
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋

URL: 

Published: 2015-05-28  

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