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2011 Fiscal Year Annual Research Report

生殖細胞の形成を制御するNanos/Pumilio/mRNA複合体の構造解析

Publicly Offered Research

Project AreaStructural basis of cell-signalling complexes mediating signal perception, transduction and responses
Project/Area Number 23121524
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

橋本 博  横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 助教 (40336590)

KeywordsX線結晶構造解析 / 始原生殖細胞 / RNA / 翻訳 / 相互作用 / 複合体
Research Abstract

生殖細胞は次世代に遺伝情報を伝え,種の保存を実現する唯一の細胞であり,次の世代をつくる全能性を有する.生殖細胞の前駆細胞である始原生殖細胞の形成と維持にはNanosとPumilioが必要である.NanosとPumilioは,高等真核生物で保存されたRNA結合タンパク質であり,mRNAの3'非翻訳領域に結合し,標的mRNAの翻訳を抑制する.しかし,その制御機構は不明であり,Nanos/Pumilio/mRNA複合体の原子レベルでの立体構造解析が求められている.本研究は,生殖細胞の基になる始原生殖細胞の形成と維持に必要なmRNAの翻訳制御因子,NanosとPumilioの構造生物学的研究であり,それらが機能している現場である複合体のX線結晶構造解析を目指す.平成23年度は,Pumiilioの調製と結晶化,Nanos-RNA複合体の調製と結晶化,三者複合体の調製を行った.
【Pumilioの結晶化】PumilioのC末端ドメイン(PumCTD)を大腸菌を用いて発現させ,精製を行ったところ,特異的な分解が見られた.そこで2次構造予測に基づき,ゼブラフィッシュ特有のループを欠失させたところ分解しないPumCTDを精製できた.これを用いて結晶化スクリーニングを行ったところ,硫酸塩を沈殿剤として用いた場合に結晶を得ることに成功した.
【Nanos-RNA複合体の結晶化】NanosのC末端ドメイン(NosCTD)とRNA複合体の結晶構造解析を目指し,試料調製を行った.長さの異なるRNA(6-mer,10-mer,20-mer)とNanosを混合し,ゲル濾過によって複合体の形成を調べたところ,10-merのRNAを用いた場合に複合体の形成を確認できた.そこで,このRNAを用いてNosCTD-RNA複合体の結晶化を行ったところ,PEGを沈殿剤として用いた場合に結晶を得ることに成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

PumCTD,NosCTD-RNA複合体の結晶化に成功したが,PumCTD・Nos・CTD-RNA三者複合体の調製が難航している。

Strategy for Future Research Activity

PumCTD,NosCTD-RNA複合体の結晶化に成功したが,現時点ではX線結晶構造解析を行える品質の結晶では無い.今後は結晶化条件およびクライオ条件の最適化を行い,構造解析可能な結晶を得る.
PumCTD-NosCTD-RNA三者複合体に関して,10-merのRNAを用い,NosCTD-RNA複合体にPumCTDを添加すると,PumCTD-RNA複合体が形成されるが,三者複合体の形成は確認できなかった.今後はRNAの配列や長さの検討を行う必要があると考えられる.

  • Research Products

    (22 results)

All 2012 2011

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (13 results)

  • [Journal Article] Identification of a small molecule PCNA inhibitor that disrupts interactions with PIP-Box proteins and inhibits DNA replication2012

    • Author(s)
      Chandanamali Punchihewa
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 287 Pages: 14289-14300

    • DOI

      10.1074/jbc.M112.353201

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Relationship between heat-induced fibrillogenicity and hemolytic activity of thermostable direct hemolysin and a related hemolysin of Vibrio parahaemolyticus2011

    • Author(s)
      Kiyouhisa Ohnishi, Kumiko Nakahira, Satoru Unzai, Kouta Mayanagi, Hiroshi Hashimoto, Kentaro Shiraki, Takeshi Honda, Itaru Yanagihara
    • Journal Title

      FEMS Microbiol Lett

      Volume: 318 Pages: 10-17

    • DOI

      10.1111/j.1574-6968.2011.02233.x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A novel heterotetrameric structure of the crenarchaeal PCNA2-PCNA3 complex2011

    • Author(s)
      Akito Kawai, Hiroshi Hashimoto, Shigesada Higuchi, Masaru Tsunoda, Mamoru Sato, Kazuo T Nakamura, Shuichi Miyamoto
    • Journal Title

      J Struct Biol

      Volume: 174 Pages: 443-450

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2011.02.006

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of bacis 7S globurin, a xyloglucan-specific endo-beta-1, 4-glucanase inhibitor protein-like protein from soybean lacking inhibitory activity against endo-beta-glucanase2011

    • Author(s)
      Takuya Yoshizawa, Toshiyuki Shimizu, Mayuki, Yamabe, Misako Taichi, Yuji Nishiuchi, Naoki Shichijo, Satoru Unzai, Hisashi Hirano, Mamoru Sato, Hiroshi Hashimoto
    • Journal Title

      FEBS J

      Volume: 278 Pages: 1944-1954

    • DOI

      10.1111/j.1742-4658.2011.08111.x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Purification, crystallization and X-ray diffraction study of extracellular dermal glycoprotein from carrot and the inhibition complex it forms with an endo-beta-glucanase from Aspergillus aculeatus2011

    • Author(s)
      Takuya Yoshizawa, Toshiyuki Shimizu, Hisashi Hirano, Mamoru Sato, Hiroshi Hashimoto
    • Journal Title

      Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun

      Volume: 67 Pages: 830-832

    • DOI

      10.1107/S1744309111020045

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for matrix metalloproteinase-2 (MMP-2)-selective inhibitory action of beta-amyloid precursor protein-derived inhibitor2011

    • Author(s)
      Hiroshi Hashimoto, Tomoka Takeuchi, Kyoko Komatsu, Kaoru Miyazaki, Mamoru Sato, Shouichi Higashi
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 286 Pages: 33236-33243

    • DOI

      10.1074/jbc.M111.264176

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Development of N-α-(2-Carboxyl)benzoyl-N5-(2-fluoro-1-iminoethyl)-L-ornithine Amide (o-F-amidine) and N-α-(2-Carboxyl)benzoy1-N5-(2-chloro-1-iminoethy1)-L-ornithine Amide (o-Cl-amidine) As Second Generation Protein Arginine Deiminase (PAD) Inhibitors2011

    • Author(s)
      Corey P.Causey, Justin E.Jones, Jessica L.Slack, Daisuke Kamei, Larry E.Jones, Jr., Venkataraman Subramanian, Bryan Knuckley, Pedram Ebrahimi, Alexander A.Chumanevich, Yuan Luo, Hiroshi Hashimoto, Mamoru Sato, Lorne J.Hofseth, Paul R.Thompson
    • Journal Title

      J Med Chem

      Volume: 54 Pages: 6919-6935

    • DOI

      10.1021/jm2008985

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanistic insights into the activation of rad51-mediated strand exchange from the structure of a recombination activator, the swi5-sfr1 complex2011

    • Author(s)
      Naoyuki Kuwabara, Yasuto Murayama, Hiroshi Hashimoto Yuuichi Kokabu, Mitsunori Ikeguchi, Mamoru Sato, Kouta Mayanagi, Yasuhiro Tsutsui, Hiroshi Iwasaki, Toshiyuki Shimizu
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 20 Pages: 440-449

    • DOI

      10.1016/j.str.2012.01.005

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fission yeast Swi5-Sfr1 protein complex, an activator of Rad51 recombinase, forms an extremely elongated dogleg-shaped structure2011

    • Author(s)
      Yuichi Kokabu, Yasuto Murayama, Naoyuki Kuwabara, Tomotaka Oroguchi, Hiroshi Hashimoto, Yasuhiro Tsutsui, Naohito Nozaki, Satoko Akashi, Satoru Unzai, Toshiyuki Shimizu, Hiroshi Iwasaki, Mamoru Sato, Mitsunori Ikeguchi
    • Journal Title

      J.Biol.Chem.

      Volume: 286 Pages: 43569-43576

    • DOI

      10.1074/jbc.M111.303339

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ニンジンEDGPの麹菌キシログルカン特異的エンドグルカナーゼ阻害機構2012

    • Author(s)
      吉澤拓也, 清水敏之, 平野久, 橋本博, 佐藤衛
    • Organizer
      第29回PFシンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      20120315-20120316
  • [Presentation] ニンジンEDGPによる麹菌XEGの阻害複合体構造2011

    • Author(s)
      吉澤拓也, 橋本博, 清水敏之, 平野久, 佐藤衛
    • Organizer
      平成23年度日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      北海道大学学術交流会館
    • Year and Date
      20111124-20111125
  • [Presentation] APP由来インヒビターペプチドによるMMP-2選択的阻害機構の解明2011

    • Author(s)
      竹内友香, 橋本博, 宮崎香, 佐藤衛, 東昌市
    • Organizer
      第84回日本生化学
    • Place of Presentation
      京都国際会館
    • Year and Date
      20110921-20110924
  • [Presentation] Analysis on dynamical structure of intrinsically disordered protein Hef, using MD-SAXS method2011

    • Author(s)
      Tomotaka Oroguchi, Takashi Oda, Hiroshi Hashimoto, Yoshizumi Ishino, Mitsunori Ikeguchi, Mamoru Sato
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学姫路書写キャンパス
    • Year and Date
      20110916-20110918
  • [Presentation] Crystal structure of zinc-finger domain of Nanos and its functional implications2011

    • Author(s)
      Hiroshi Hashimoto, Kodai Hara, Asami Hishiki, Shigeta Kawaguchi, Takuya Yoshizawa, Satoru Unzai, Yutaka Tamaru, Toshiyuki Shimizu, Mamoru Sato
    • Organizer
      XXII Congress IUCr
    • Place of Presentation
      Municipal Conference Center, Madrid, Spain
    • Year and Date
      20110822-20110830
  • [Presentation] Structural basis of inhibition mechanism by carrot EDGP against GH12 The inhibitory structure of carrot EDGP against endoglucanase from A.aculeatus2011

    • Author(s)
      Takuya Yoshizawa, Toshiyuki Shimizu, Hisashi Hirano, Mamoru Sato, Hiroshi Hashimoto
    • Organizer
      XXII Congress IUCr
    • Place of Presentation
      Municipal Conference Center, Madrid, Spain
    • Year and Date
      20110822-20110830
  • [Presentation] MMP-2とAPP由来インヒビターペプチドとの複合体の結晶構造解析2011

    • Author(s)
      竹内友香, 橋本博, 宮崎香, 佐藤衛, 東昌市
    • Organizer
      第16回日本病態プロテアーゼ学会学術集会
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター
    • Year and Date
      20110816-20110827
  • [Presentation] 始原生殖細胞の形成に関わるNanosの構造生物学的研究2011

    • Author(s)
      橋本博, 原幸大, 菱木麻美, 川口茂太, 七條直記, 中村敬至, 雲財悟, 田丸浩, 清水敏之, 佐藤衛
    • Organizer
      第28回PFシンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      20110712-20110713
  • [Presentation] 腸炎ビブリオ由来耐熱性溶血毒TDHの構造2011

    • Author(s)
      橋本博, 中平久美子, 山根努, 福井貴史, 大西紀陽久, 清水敏之, 本田武司, 佐藤衛, 池口満徳, 柳原格
    • Organizer
      第28回PFシンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      20110712-20110713
  • [Presentation] 制限酵素EcoO109IのDNA結合に関する構造研究2011

    • Author(s)
      渡部みなみ, 橋本博, 喜多恵子, 清水敏之, 佐藤衛
    • Organizer
      第28回PFシンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      20110712-20110713
  • [Presentation] 始原生殖細胞の維持に関わるNanosの構造生物学的研究2011

    • Author(s)
      橋本博, 原幸大, 菱木麻美, 川口茂太, 吉澤拓也, 雲財悟, 田丸浩, 清水敏之, 佐藤衛
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      ホテル阪急エキスポパーク
    • Year and Date
      20110607-20110609
  • [Presentation] Structure of REV7 in complex with a REV3 fragment and structural implication of the interaction between DNA polymerase ζ and REV12011

    • Author(s)
      Hiroshi Hashimoto, Kodai Hara, Yoshiki Murakumo, Shunsuke Kobayashi, Toshiaki Kogame, Satoru Unzai, Satoko Akashi, Shunichi Takeda, Toshiyuki Shimizu, Mamoru Sato
    • Organizer
      Current Opinion in Structural Biology & DNA Repair
    • Place of Presentation
      NH Grand Hotel Krasnapolsky, Amsterdam, Netherlands
    • Year and Date
      20110607-20110609
  • [Presentation] Structure of REV7 in complex with a REV3 fragment and structural implication of the interaction between DNA polymerase ζ and REV12011

    • Author(s)
      Hiroshi Hashimoto
    • Organizer
      SNY-YCU Bilateral Symposium on Structural Biology
    • Place of Presentation
      RIEKN Yokohama Institute, Yokohama, Japan
    • Year and Date
      2011-11-14

URL: 

Published: 2013-06-26  

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