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2011 Fiscal Year Annual Research Report

形態形成ダイナミクスのマルチスケールメカノバイオロジー解析手法の構築

Publicly Offered Research

Project AreaFrom molecules, cells to organs : trans-hierarchical logic for higher-order pattern and structures
Project/Area Number 23127506
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

井上 康博  京都大学, 再生医科学研究所, 准教授 (80442929)

Keywordsメカノバイオロジー / 形態形成 / シミュレーション / マルチスケール / 発生・分化
Research Abstract

本年度は,(1)分子スケールにおいて,分子動力学シミュレーションにより,張力作用下アクチンフィラメントの立体構造変化の解析を行った.結果,張力作用下アクチンフィラメントは,その二重らせん構造に基づき,伸び方向の変形のみならず,回転(ねじれ)方向の変形を示すことがわかった.力学-生化学変換の分子的実体は,アクチンフィラメントの立体構造変化を相互作用変調の場とすることが考えられるため,今後,アクチン調節タンパク質との相互作用を解析する予定である.(2)分子集団スケールにおいては,アクトミオシンネットワークのダイナミクスを表す数理モデルを構築し,アクトミオシンネットワークが自律的にバンドル構造を形成するシミュレーションに成功した.さらに,ネットワークに発生した収縮力を計測したところ,ミオシン濃度に比例して,アクトミオシン収縮力は双線形型に増大することがわかった.(3)細胞スケールにおいては,熱ゆらぎを介して,アクチン重合と細胞変形が連成する仕組を数理モデルとして表し,細胞運動における細胞形状とアクチン重合速度の関係を解析した.結果,アクチン重合は実効的に細胞曲率に依存することがわかり,重合調節因子には局所的に働く生化学的因子に加え,細胞形状などの細胞スケールの力学的因子が重要であることを示した.(4)組織スケールにおいては,非線形・大変形を伴う組織の形態変化を検討し,細胞スケールから組織スケールのダイナミクスを表す新しい数理モデルを構築した.本モデルを細胞成長にともなうシート状組織の形態変形についてシミュレーションに適用し,細胞成長による体積増加を駆動力とする大変形や多層状シート構造への変化を再現した.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究課題では,形態形成過程などで見られる組織階層における多細胞間の協調によるダイナミクスと細胞階層の力場・細胞変形との関連,さらに細胞変形によって生じる分子階層の力学-生化学変換について,アクチン細胞骨格系の力学-生化学連成を中心に,階層間接続するマルチスケールメカノバイオロジーの解析手法の構築を目指している.当初の予定した計画通り,各スケールにおける数理モデリングの基盤を構築し,また,単純化した条件下における初等的なシミュレーションに対して,適用することに成功した.特に,分子スケールにおいて得られた,張力作用によるアクチン立体構造変化の解析結果は,今後,力学-生化学連成の分子的実体を明らかにするための重要な成果となうことが期待される。

Strategy for Future Research Activity

今後は,H23年度に構築した数理モデルをさらに深化させるとともに,in vitro実験系との比較を行うためのシミュレーションに着手する.

  • Research Products

    (24 results)

All 2012 2011

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (18 results)

  • [Journal Article] Soft-core interaction between entanglement segments for primitive chain network simulations2012

    • Author(s)
      Satoru Okuda, Takashi Uneyama, Yasuhiro Inoue, Yuichi Masubuchi, Masaki Hojo
    • Journal Title

      Nihon Reoroji Gakkaishi

      Volume: 40 Pages: 21-30

    • DOI

      10.1678/rheology.40.21

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantitative analysis of extension-torsion coupling of actin filaments2012

    • Author(s)
      Shinji Matsushita, Yasuhiro Inoue, Taiji Adachi
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: (印刷中)

    • DOI

      10.1016/j.bbro.2012.02.048

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effect of tensile force on the mechanical behavior of actin filament2011

    • Author(s)
      Shinji Matsushita, Yasuhiro Inoue, Masaki Hojo, Masahiro Sokabe, Taiji Adachi
    • Journal Title

      Journal of Biomechanics

      Volume: 44 Pages: 1776-1781

    • DOI

      10.1016/j.jbiomech.2011.04.012

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Coase-grained Brownian rathcet model of membrane protrusion on cellular scale2011

    • Author(s)
      Yasuhiro Inoue, Taiji Adachi
    • Journal Title

      Biomechanics and Modeling in Mechanobiology

      Volume: 10 Pages: 495-503

    • DOI

      10.1007/s10237-010-0250-6

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Modeling myosin-dependent rearrangement and force generation in an actomyosin network2011

    • Author(s)
      Yasuhiro Inoue, Shunsuke Tsuda, Koji Nakagawa, Masaki Hojo, Taiji Adachi
    • Journal Title

      Journal of Theoretical Biology

      Volume: 281 Pages: 65-73

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2011.04.004

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Advances in Experiments and Modeling in Micro- and Nano-Biomechanics : A Mini Review2011

    • Author(s)
      Mian Long, Masaaki Sato, Chwee Teck Lim, Jianhua Wu, Taiji Adachi, Yasuhiro Inoue
    • Journal Title

      Cellular and Molecular Bioengineering

      Volume: 4 Pages: 327-339

    • DOI

      10.1007/s12195-011-0183-x

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Three-dimensional vertex model for simulating large deformation of cell aggregates during tissue morphogenesis2012

    • Author(s)
      Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Mototsugu Eiraku, Yoshiki Sasai, Taiji Adachi
    • Organizer
      CDB Symposium 2012 : Quantitative Developmental Biology
    • Place of Presentation
      理化学研究所CDB
    • Year and Date
      2012-03-26
  • [Presentation] Molecular Dynamics Simulation Study of Mechanical Behavior of Actin Subunits in the Actin Filament2012

    • Author(s)
      Yoshiaki Kondo, Yasuhiro Inoue, Taiji Adachi
    • Organizer
      International Symposium on Cellular Mechanobiology
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2012-03-16
  • [Presentation] Trabecular Remodeling Simulation Considering Bone Remodeling Cycle2012

    • Author(s)
      Kentaro Takenaka, Hiroki Ishibashi, Yasuhiro Inoue, Taiji Adachi
    • Organizer
      International Symposium on Cellular Mechanobiology
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2012-03-16
  • [Presentation] Mathematical Modeling and Simulation of Mechanical Behavior of Cell during Cytokinesis2012

    • Author(s)
      Koji Nakagawa, Yasuhiro Inoue, Satoru Okuda, Taiji Adachi
    • Organizer
      International Symposium on Cellular Mechanobiology
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2012-03-16
  • [Presentation] Cofilactin Filament Model for Molecular Dynamics Simulation2012

    • Author(s)
      Tetsuya Fujii, Yasuhiro Inoue, Taiji Adachi
    • Organizer
      International Symposium on Cellular Mechanobiology
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2012-03-16
  • [Presentation] Three-dimensional vertex model for simulating large deformation of cell aggregates during tissue morphogenesis2012

    • Author(s)
      Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Mototsugu Eiraku, Yoshiki Sasai, Taiji Adachi
    • Organizer
      International Symposium on Cellular Mechanobiology
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2012-03-16
  • [Presentation] SIMULATION OF MYOSIN-DEPENDENT REARRANGEMENT AND FORCE GENERATION IN AN ACTOMYOSIN NETWORK2012

    • Author(s)
      Yasuhiro Inoue, Shunsuke Tsuda, Koji Nakagawa, Masaki Hojo, Taiji Adachi
    • Organizer
      56th Annual Meeting of Biophysical Society
    • Place of Presentation
      サンディエゴ(アメリカ)
    • Year and Date
      2012-02-27
  • [Presentation] MOLECULAR DYNAMICS ANALYSIS OF COUPLING BEHAVIORS BETWEEN EXTENSION AND TORSION OF ACTIN FILAMENTS2012

    • Author(s)
      Shinji Matsushita, Yasuhiro Inoue, Taiji Adachi
    • Organizer
      56th Annual Meeting of Biophysical Society
    • Place of Presentation
      サンディエゴ(アメリカ)
    • Year and Date
      2012-02-27
  • [Presentation] 組織発生の形態形成過程における細胞の分裂と成長のモデル化2012

    • Author(s)
      奥田覚, 井上康博, 永樂元次, 笹井芳樹, 安達泰治
    • Organizer
      日本機械学会第24回バイオエンジニアリング講演会
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Year and Date
      2012-01-08
  • [Presentation] 吸収腔の移動に着目した骨リモデリングシミュレーション2012

    • Author(s)
      石橋弘輝, 井上康博, 安達泰治
    • Organizer
      日本機械学会第24回バイオエンジニアリング講演会
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Year and Date
      2012-01-07
  • [Presentation] 細胞質分裂における収縮環の力発生と細胞膜変形との関連:力学シミュレーションによる検討2012

    • Author(s)
      中川光司, 井上康博, 奥田覚, 安達泰治
    • Organizer
      日本機械学会第24回バイオエンジニアリング講演会
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Year and Date
      2012-01-07
  • [Presentation] アクチン細胞骨格の動力学シミュレーション2011

    • Author(s)
      井上康博
    • Organizer
      日本バイオインフォマティクス学会応用システムバイオロジー研究会
    • Place of Presentation
      理化学研究所計算科学研究機構(招待講演)
    • Year and Date
      2011-11-07
  • [Presentation] Particulate-based simulation of myosin-dependent rearrangement dynamics of actomyosin networks2011

    • Author(s)
      Yasuhiro Inoue
    • Organizer
      International Symposium on Mechanobiology
    • Place of Presentation
      上海(中国)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-11-06
  • [Presentation] 細胞分裂における収縮環による細胞変形のシミュレーション2011

    • Author(s)
      中川光司, 井上康博, 奥田覚, 安達泰治
    • Organizer
      日本機械学会第22回バイオフロンティア講演会
    • Place of Presentation
      アスト津(三重県)
    • Year and Date
      2011-10-08
  • [Presentation] Physical and geometrical improvements of three-dimensional vertex model for simulating morphogenetic dynamics of multicellular tissue in development2011

    • Author(s)
      Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Mototsugu Eiraku, Yoshiki Sasai, Taiji Adachi
    • Organizer
      Exciting biology series : Biology at the interface
    • Place of Presentation
      理化学研究所CDB
    • Year and Date
      2011-09-29
  • [Presentation] シート状多細胞組織の形態発生に関する数理モデルの検討2011

    • Author(s)
      奥田覚, 井上康博, 永楽元次, 笹井芳樹, 安達泰治
    • Organizer
      日本機械学会2011年度年次大会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2011-09-13
  • [Presentation] アクチンフィラメントの引張-ねじり連成挙動の評価2011

    • Author(s)
      松下慎二, 井上康博, 曽我部正博, 安達泰治
    • Organizer
      日本機械学会2011年度年次大会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2011-09-13
  • [Presentation] アクチン細胞骨格のバイオメカニクスシミュレーション2011

    • Author(s)
      井上康博
    • Organizer
      第14回信州大学超精密技術センター講演会
    • Place of Presentation
      信州大学(招待講演)
    • Year and Date
      2011-09-02

URL: 

Published: 2013-06-26  

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