2012 Fiscal Year Annual Research Report
マイマイカブリのゲノムと適応形態遺伝子
Publicly Offered Research
| Project Area | Genetic bases for the evolution of complex adaptive traits |
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| Project/Area Number |
23128507
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
曽田 貞滋 京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (00192625)
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| Project Period (FY) |
2011-04-01 – 2013-03-31
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| Keywords | ゲノム塩基配列 / 適応的形態 / ゲノムサイズ / 量的遺伝解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
マイマイカブリのゲノム塩基配列を決定するために，粟島産亜種アオマイマイカブリ１雄から抽出したゲノムDNAを用い，イルミナHiSeq2000を180 bpと500 bpのペアエンドライブラリーのシーケンスデータ（ゲノムサイズの188×），PacBio RSを用いたシーケンスデータ（ゲノムサイズの34×）を得た．HiSeq2000のデータについてはSOAPdenovo, SGA, ALLPATHS-LGを用いてアセンブリを試みた．得られたゲノム配列について予備的に既知の昆虫の遺伝子データベースおよびAUGUSTUSを用いたgene predictionを行った．HiSeq2000データ単独でのアセンブリには限界があるため，HiSeq2000データを参照してLSC，PacBioToCAでエラー補正したPacBioのシーケンスデータをHiSeq2000データと合わせてアセンブリすることを試みた．
本研究に関連して，今年度は，佐渡島亜種と粟島亜種の戻し交雑に基づく，亜種間形態変異に関する量的遺伝解析の結果を論文として発表し，またマイマイカブリのゲノムサイズを論文として報告した．また，形態分化の適応基盤に関して，２つの採餌形態間のトレードオフに関する解析を行い，論文を投稿した．さらに，日本列島におけるマイマイカブリの形態の地理的分化について，Ornstein-Uhlenbeck modelを用いた系統比較法解析を行い，論文を投稿した．この研究では，隔離された島だけでなく，本州内の地域間でも，体形に適応的分化が起こっていることが示唆された．
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| Research Progress Status |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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