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2012 Fiscal Year Annual Research Report

細胞内分子環境の化学模倣系の構築とそれを用いたテロメア核酸プローブの開発

Publicly Offered Research

Project AreaMolecular Science for Nanomedicine
Project/Area Number 24107525
Research InstitutionKonan University

Principal Investigator

三好 大輔  甲南大学, フロンティアサイエンス学部, 准教授 (50388758)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2014-03-31
Keywords分子クラウディング / テロメア / DNA / リガンド / 熱力学
Outline of Annual Research Achievements

細胞内は生体分子が混み合った分子クラウディングにある。そのため、細胞内に存在するDNAの機能や分子反応を解明するためには、細胞内分子環境を化学的に構築し、その分子環境においてDNAの諸物性を定量解析する必要がある。そこで本研究では、様々な合成高分子や生体分子で分子クラウディングを誘起し、細胞環境の化学模倣の精密化を試みる。さらに、この細胞模倣環境において、細胞のがん化や加齢に関与するテロメアDNAが形成する四重らせん構造の定量的諸量を算出する手法を確立することを試みる。
平成24年度には、合成高分子を用いて分子クラウディング状態を試験管内で再現した。この環境下において、テロメアDNAの四重らせん構造とその熱力学的安定性を定量的に解析した。その結果、長鎖テロメアDNAが、四重らせん構造をユニットとして連結したような数珠構造を形成していることが示された。さらにこの一般性を検討するために、様々な配列をもつグアニンに富んだDNA鎖を設計し、熱力学的安定性と水和状態を検討した。その結果、ループ部位に強固なスタッキング相互作用が形成されると、四重らせん構造の熱力学的安定性が増大することが分かった。さらに、ループ部位のスタッキング相互作用は、水素結合が可能な官能基を配向化させ、新たな水和サイトを形成することが示された。これらの結果から、四重らせん構造全体の脱水和が抑制され、分子クラウディングによる安定化が小さくなることが見出された。このような核酸構造の非塩基対部位における、熱力学的安定性―水和相関は、これまでに例がなく、細胞内におけるテロメアDNAの構造と熱力学的安定性を予測するためにも有用な知見となる。これらの成果の一部は、米国化学会発行の、J. Phys. Chem. B誌の表紙として掲載されるなど、科学的にインパクトのある成果となった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

細胞内環境因子として注目されている分子クラウディングについて、試験管内で化学模倣し、テロメアDNが形成する四重らせん構造をはじめとする種々のDNAの構造とその熱力学的安定性に対する効果を定量的に解析することができた。また、これまでに検討が進んでいなかった非塩基対部位(塩基対を形成していないループ領域など)が、DNAの構造形成においてきわめて重要な役割を果たしていることが見出された。この成果を用いることで、擬似細胞環境におけるDNAの構造安定性を予測できるシステムの開発も可能になる。このように、本課題で開発を進めている細胞模倣環境は、細胞内測定と試験管内測定を橋渡しできる実験系として活用できる可能性が示された。これらのことから、当初の計画通りに研究を遂行できており、本研究課題は、おおむね順調に進展しているといえる。

Strategy for Future Research Activity

細胞模倣環境を合成高分子を用いて構築することができたことから、領域内での共同研究によって、さらに精密な細胞模倣系を構築することを試みる。具体的には、領域内で機能性材料として開発されている様々な物性をもつ合成高分子や、領域内で解明された天然の代謝産物を用いる予定である。
また、平成24年度の研究により、研究対象とするテロメアDNAの分子クラウディング環境における物性の定量解析にはめどがついたことから、上述の分子による分子クラウディングが及ぼす核酸の高次構造とその熱力学的安定性に対する効果を定量することを試みる。
さらに、細胞模倣環境で機能するリガンドの開発に必要な知見を蓄積する。具体的には、様々な相互作用様式をもってDNAの高次構造と結合するリガンドを用い、どのような相互作用様式が細胞模倣環境下で有効であるかについて定量的に解析する予定である。
最終的には、リガンドの細胞内での機能評価などによって、細胞内のin situ測定と試験管内での知見を橋渡しできる実験系としての有用性を示すことを試みる。

  • Research Products

    (26 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (16 results) (of which Invited: 1 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Thermodynamics - Hydration Relationships within Loops that Affect G-Quadruplexes under Molecular Crowding Conditions2013

    • Author(s)
      Takeshi Fujimoto, Shu-ichi Nakano, Naoki Sugimoto, Daisuke Miyoshi
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: 117 Pages: 963-972

    • DOI

      10.1021/jp308402v

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Aptamer carbon nanodot sandwich used for fluorescent detection of protein2012

    • Author(s)
      Bailu Xu, Chuanqi Zhao, Weili Wei, Jinsong Ren, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto, and Xiaogang Qu
    • Journal Title

      Analyst

      Volume: 137 Pages: 5483-5486

    • DOI

      10.1039/c2an36174d

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The beads-on-a-string structure of long telomeric DNAs under molecular crowding conditions2012

    • Author(s)
      Haiqing Yu, Gu Xiaobo Gu, Shu-ichi Nakano, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 134 Pages: 20060-20069

    • DOI

      10.1021/ja305384c

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Specific Binding of Anionic Porphyrin and Phthalocyanine to the DNA G-quadruplex2012

    • Author(s)
      Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto
    • Journal Title

      Molecules

      Volume: 17 Pages: 10586-10613

    • DOI

      10.3390/molecules170910586

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural and Functional Characterization of RecG Helicase under Dilute and Molecular Crowding Conditions2012

    • Author(s)
      Sarika Saxena, Satoru Nagatoishi, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto
    • Journal Title

      J. Nucleic Acids

      Volume: 2012 Pages: ID 392039

    • DOI

      10.1155/2012/392039

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dimerization of Nucleic Acid Hairpins in the Conditions Caused by Neutral Cosolutes2012

    • Author(s)
      Shu-ichi Nakano, Hidenobu Hirayama, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: 116 Pages: 7406-7415

    • DOI

      10.1021/jp302170f

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydration Changes upon DNA Folding Studied by Osmotic Stress Experiments2012

    • Author(s)
      Shu-ichi Nakano, Daisuke Yamaguchi, Hisae Tateishi-Karimata, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto
    • Journal Title

      Biophys. J.

      Volume: 102 Pages: 2808-2817

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2012.05.019

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Phthalocyanines: a new class of G-quadruplex-ligands with many potential applications2012

    • Author(s)
      Hidenobu Yaku, Takeshi Fujimoto, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto
    • Journal Title

      Chem. Commun.

      Volume: 48 Pages: 6203-6216

    • DOI

      10.1039/c2cc31037f

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 生命分子の挙動に及ぼす分子環境の効果 (44) 疑似細胞環境において長鎖テロメアDNAが形成する数珠状構造2013

    • Author(s)
      三好大輔、Yu, Haiqing、Gu, Xiaobo、中野修一、杉本直己
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(滋賀)
    • Year and Date
      2013-03-24 – 2013-03-24
  • [Presentation] 生命分子の挙動に及ぼす分子環境の効果 (43) チオフラビンTによる核酸四重らせん構造の高感度検出2013

    • Author(s)
      前田龍一、Gabelica, Valerie、藤本健史、夜久英信、村嶋貴之、杉本直己、三好 大輔
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(滋賀)
    • Year and Date
      2013-03-24 – 2013-03-24
  • [Presentation] 非塩基対部位の配向性が決定する核酸構造の熱力学的安定性と水和2013

    • Author(s)
      三好大輔
    • Organizer
      新学術領域研究「ナノメディシン分子科学」第4回全体会議
    • Place of Presentation
      ニチイ学館(兵庫)
    • Year and Date
      2013-03-09 – 2013-03-09
  • [Presentation] Beads-on-a-String Structures of Human Telomere DNAs under Molecular Crowding Conditions2013

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      The 4th Taiwan-Japan Symposium on Nanomedicine
    • Place of Presentation
      Academia Sinica(台北、台湾)
    • Year and Date
      2013-01-13 – 2013-01-13
  • [Presentation] Molecular Crowding Effects on DNA G-Quadruplex2012

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi, Takeshi Fujimoto, Shu-ichi Nakano, Naoki Sugimoto
    • Organizer
      The First International Symposium on Biofunctional Chemistry (ISBC 2012)
    • Place of Presentation
      東京工業大学(東京)
    • Year and Date
      2012-11-28 – 2012-11-29
  • [Presentation] Use of Poly(ethylene glycol) for the Study of Nucleic Acid Interactions2012

    • Author(s)
      Shu-ichi Nakano, Hidenobu Hirayama, Yuuichi Kitagawa, Daisuke Yamaguchi, Hayato Sangen, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto
    • Organizer
      The First International Symposium on Biofunctional Chemistry (ISBC 2012)
    • Place of Presentation
      東京工業大学(東京)
    • Year and Date
      2012-11-28 – 2012-11-29
  • [Presentation] Stability-hydration relationship of nucleic acid structures regulated by non-base paired regions2012

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi, Takeshi Fujimoto, Shu-ichi Nakano, Naoki Sugimoto
    • Organizer
      The 39th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知)
    • Year and Date
      2012-11-15 – 2012-11-16
  • [Presentation] Diminished Electrostatic Attraction in G-quadruplex-ligand Complex Leading to to Reduction of Telomerase Inhibitory Effect under Cell-nuclei Mimicking Condition2012

    • Author(s)
      Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto
    • Organizer
      The 39th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知)
    • Year and Date
      2012-11-15 – 2012-11-16
  • [Presentation] Cation and solvent effects on G-quadruplex nucleic acid structure: from the solution to the gas phase2012

    • Author(s)
      Valerie Gabelica, Adrien Marchand, Ruben Ferreira, Frederic Rosu, Hisae Tateishi-Karimata, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto, Edwin De Pauw
    • Organizer
      19th International Mass Spectroscopy Conference
    • Place of Presentation
      京都国際会議場(京都)
    • Year and Date
      2012-09-19 – 2012-09-19
  • [Presentation] DNAのグラフェン酸化物からの脱着機構の検討2012

    • Author(s)
      藤本 健史・中野 修一・杉本 直己・三好 大輔
    • Organizer
      第6回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)
    • Year and Date
      2012-09-06 – 2012-09-07
  • [Presentation] ROLES OF DNA STRUCTURE ON DNA ADSORPTION AND DESORPTION ON GO2012

    • Author(s)
      Takeshi Fujimoto, Shu-ichi Nakano, Naoki Sugimoto, Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      XX International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids
    • Place of Presentation
      Montreal(Canada)
    • Year and Date
      2012-08-06 – 2012-08-08
  • [Presentation] PCR-FREE TELOMERASE ASSAY WITH CYCLING PROBE TECHNOLOGY2012

    • Author(s)
      Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto
    • Organizer
      XX International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids
    • Place of Presentation
      Montreal(Canada)
    • Year and Date
      2012-08-06 – 2012-08-08
  • [Presentation] THIOFLAVINE-T AS HUMAN TELOMERIC G-QUADRUPLEX PROBE2012

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi, Valerie Gabelica, Ryuichi Maeda, Takeshi Fujimoto, Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Naoki Sugimoto
    • Organizer
      XX International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids
    • Place of Presentation
      Montreal(Canada)
    • Year and Date
      2012-08-06 – 2012-08-08
  • [Presentation] 細胞内分子環境の化学模倣系の構築とそれを用いたテロメア核酸プローブの開発2012

    • Author(s)
      三好大輔
    • Organizer
      新学術領域研究「ナノメディシン分子科学」第3回全体会議
    • Place of Presentation
      東京大学(東京)
    • Year and Date
      2012-07-09 – 2012-07-09
  • [Presentation] 細胞模倣環境でも機能を保持するリガンドの合理設計2012

    • Author(s)
      三好大輔
    • Organizer
      ナノバイオ国際共同研究教育拠点第1回若手国内シンポジウム
    • Place of Presentation
      甲南大学(神戸)
    • Year and Date
      2012-06-08 – 2012-06-08
  • [Presentation] 細胞内模倣環境におけるテロメアDNAの構造安定性とテロメラーゼ酵素の機能2012

    • Author(s)
      三好大輔
    • Organizer
      ナノとバイオの最先端研究セミナー
    • Place of Presentation
      九州大学(福岡)
    • Year and Date
      2012-05-07 – 2012-05-07
    • Invited
  • [Book] Molecular Crowding and Hydration Regulating of G-Quadruplex Formation (Quadruplex Nucleic Acids, Jonathan B Chaires, Davis Graves eds.)2013

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi, Takeshi Fujimoto, Naoki Sugimoto
    • Total Pages
      89-110
    • Publisher
      Springer
  • [Remarks] 甲南大学フロンティアサイエンス学部分子設計化学研究室

    • URL

      http://www.pi.konan-u.ac.jp/miyoshi/

URL: 

Published: 2018-02-02  

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