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2013 Fiscal Year Annual Research Report

細胞内分子環境の化学模倣系の構築とそれを用いたテロメア核酸プローブの開発

Publicly Offered Research

Project AreaMolecular Science for Nanomedicine
Project/Area Number 24107525
Research InstitutionKonan University

Principal Investigator

三好 大輔  甲南大学, フロンティアサイエンス学部, 准教授 (50388758)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2014-03-31
Keywords分子クラウディング / DNA / 四重らせん構造 / テロメア / リガンド / 分子設計
Research Abstract

細胞内は、非常に高濃度の生体分子が存在する分子クラウディング状態にある。また、DNAが存在する細胞核内には、染色体が存在し、二重らせん構造を形成しているDNAそのものが大量に存在している。そこで本研究では、(1)細胞環境の化学模倣を試み、その分子環境で活性を示す機能分子を設計する指針を得ることを試みた。また、(2)細胞内で重要な役割を果たすことが知られているDNA四重らせん構造を蛍光検出できる新たな分子プローブを開発することも試みた。以下に、それぞれの課題について得られた成果を示す。
(1)細胞核内環境を合成高分子と天然の核酸高分子を用いて化学模倣した。その系内において、細胞のがん化に関与するテロメアDNAの高次構造を解明した。さらに、広いπ平面をもち、負電荷をもつ化合物が特異的にDNA四重らせん構造と結合することが見出された。興味深いことに、本研究で検討した化合物の細胞模倣環境下でのテロメラーゼ阻害効果は、がん細胞や正常細胞に対する増殖抑制効果と相関があった。すなわち、本実験系は、副作用の予測にも有用であることが示唆された。
(2)DNA四重らせん構造に結合して強く蛍光発光する化合物の開発:四重らせん構造の分子物性として、グアニン塩基の高い疎水性に着目した。四重らせん構造のグアニン四量体と、その上下にあるループ領域は、芳香族塩基が集積し、高い疎水性を有している。このような疎水性ポケットに結合し、強く発光する物質に、タンパク質線維に対する蛍光プローブがある。様々なタンパク質線維プローブとDNA四重らせん構造の親和性を検討したところ、チオフラビンTが、DNA四重らせん構造と結合することで蛍光発光を数百倍にも増強することが示された。さらに、二重らせん構造をはじめ、他のDNAが形成する構造では全く蛍光を発光しないことも示された。また、結合機構と結合に伴う発光機構を提唱できた。

Current Status of Research Progress
Reason

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (28 results)

All 2014 2013 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (21 results) (of which Invited: 4 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] A highly sensitive telomerase activity assay that eliminates false-negative results caused by PCR inhibitors2014

    • Author(s)
      Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, and Naoki Sugimoto
    • Journal Title

      Molecules

      Volume: 18 Pages: 11751-11767

    • DOI

      doi: 10.3390/molecules181011751

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effects of molecular crowding on the structures, interactions, and functions of nucleic acids2014

    • Author(s)
      Shu-chi Nakano, Daisuke Miyoshi, and Naoki Sugimoto
    • Journal Title

      Chem Rev.

      Volume: 114 Pages: 2733-2758

    • DOI

      doi: 10.1021/cr400113m

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Study on Effects of Molecular Crowding on G-quadruplex-ligand Binding and Ligand-mediated Telomerase Inhibition2013

    • Author(s)
      Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Hisae Tateishi-Karimata Shu-ichi Nakano, Daisuke Miyoshi and Naoki Sugimoto
    • Journal Title

      Methods

      Volume: 64 Pages: 19-27

    • DOI

      10.1016/j.ymeth.2013.03.028

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multiple and cooperative binding of fluorescence light-up probe Thioflavin T with human telomere DNA G-quadruplex2013

    • Author(s)
      Valerie Gabelica, Ryuichi Maeda, Takeshi Fujimoto, Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Naoki Sugimoto, and Daisuke Miyoshi
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 52 Pages: 5620-5628

    • DOI

      10.1021/bi4006072

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In vitro assays predictive of telomerase inhibitory effect of G-quadruplex ligands in cell nuclei2013

    • Author(s)
      4. Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, and Naoki Sugimoto
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: 118 Pages: 2605-2614

    • DOI

      doi: 10.1021/jp410669t

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 生命分子の挙動に及ぼす分子環境の効果(56)アニオン性フタロシアニンによるがん細胞特異的増殖阻害2014

    • Author(s)
      夜久 英信・村嶋 貴之・三好 大輔・杉本 直己
    • Organizer
      日本化学会第94春季年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20140327-20140330
  • [Presentation] 生命分子の挙動に及ぼす分子環境の効果(57)くし型のカチオン性共重合ポリマーによって誘起されるDNA構造スイッチ2014

    • Author(s)
      三好 大輔・上田 侑美・丸山 厚・嶋田 直彦・杉本 直己
    • Organizer
      日本化学会第94春季年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20140327-20140330
  • [Presentation] 生命分子の挙動に及ぼす分子環境の効果(58)様々な二次構造をもつDNAとグラフェン酸化物の吸着挙動に関する速度論的解析2014

    • Author(s)
      上田 侑美・杉本 直己・三好 大輔
    • Organizer
      日本化学会第94春季年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20140327-20140330
  • [Presentation] 細胞内外で機能する核酸分子の設計開発2014

    • Author(s)
      三好大輔
    • Organizer
      日本生物工学会 第104回醗酵学懇話会
    • Place of Presentation
      辰馬本家酒造株式会社,、兵庫
    • Year and Date
      20140213-20140213
    • Invited
  • [Presentation] 細胞模倣環境における核酸の構造と安定性2014

    • Author(s)
      三好大輔
    • Organizer
      第7回NMMSセミナー
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      20140117-20140117
    • Invited
  • [Presentation] 細胞内分子環境の化学模倣系の構築とそれを用いたテロメア核酸プローブの開発2014

    • Author(s)
      三好大輔
    • Organizer
      新学術領域研究「ナノメディシン分子科学」第6回全体会議
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20140112-20140114
  • [Presentation] グラフェン酸化物ナノ界面におけるDNAの挙動を解明する2014

    • Author(s)
      三好大輔、上田侑美、藤本健史、杉本直己
    • Organizer
      第16回生命化学研究会
    • Place of Presentation
      KKRホテル熱海
    • Year and Date
      20140109-20140110
  • [Presentation] パラレル型DNA二重鎖形成に対するカチオン性くし型共重合体の効果2013

    • Author(s)
      丸山 厚,嶋田直彦,三好大輔 ,杉本直己
    • Organizer
      第35回日本バイオマテリアル学会大会
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀(東京)
    • Year and Date
      20131125-20131126
  • [Presentation] G-quadruplex-based drug delivery carrier in response to target mRNA2013

    • Author(s)
      Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto
    • Organizer
      The 40th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • Place of Presentation
      Kanagawa University
    • Year and Date
      20131113-20131115
  • [Presentation] FRET-based detection of G-quadruplexes in the 5'-UTR of cancer related mRNAs2013

    • Author(s)
      Ryuichi Maeda, Valerie Gabelica, Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Naoki Sugimoto, Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      The 40th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • Place of Presentation
      Kanagawa University
    • Year and Date
      20131113-20131115
  • [Presentation] Thermodynamics of non-canonical DNA structures in the presence of polylysine copolymers with hydrophilic graft chain2013

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi, Atushi Maruyama, Yu-mi Ueda, Naohiko Shimada, Shu-ichi Nakano, Naoki Sugimoto
    • Organizer
      The 40th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • Place of Presentation
      Kanagawa University
    • Year and Date
      20131113-20131115
  • [Presentation] DNA-グラフェン相互作用の定量解析による新規バイオセンシングプラットフォームの開発2013

    • Author(s)
      三好大輔
    • Organizer
      BioJapan 2013 World Buisiness Forum
    • Place of Presentation
      Pacifico Yokohama
    • Year and Date
      20131009-20131011
    • Invited
  • [Presentation] Fluorescence Light-up Probe for Human Telomere DNA G-quadruplex and Its Applications2013

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      2nd International Syposium on Nanomedicine Molecular Science (NMMS 2013)
    • Place of Presentation
      University of Tokyo
    • Year and Date
      20131008-20131010
  • [Presentation] G-quadruplexを利用した標的mRNA応答型ドラッグデリバリーシステムの開発2013

    • Author(s)
      夜久 英信・村嶋 貴之・三好 大輔・杉本 直己
    • Organizer
      第7回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20130927-20130929
  • [Presentation] FRETを利用したmRNA四重らせん構造の特異的検出2013

    • Author(s)
      前田 龍一・Gabelica Valerie・夜久 英信・村嶋貴之・杉本 直己・三好 大輔
    • Organizer
      第7回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20130927-20130929
  • [Presentation] RNA四重らせん構造を特異的に安定化する細胞浸透圧調節分子2013

    • Author(s)
      三好 大輔・丸山 厚・真野 美津紀・上田 侑美・前田 龍一・中野 修一・杉本 直己
    • Organizer
      第7回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20130927-20130929
  • [Presentation] 分子クラウディング環境におけるRNA相互作用の解明と予測に向けた取り組み2013

    • Author(s)
      中野 修一・平山 英伸・三好 大輔・杉本 直己
    • Organizer
      第7回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20130927-20130929
  • [Presentation] 細胞内分子環境の化学模倣系の構築とそれを用いたテロメア核酸プローブの開発 ―四重らせん構造リガンドに対する分子クラウディング効果―2013

    • Author(s)
      三好大輔
    • Organizer
      新学術領域研究「ナノメディシン分子科学」第5回全体会議
    • Place of Presentation
      東京大学
    • Year and Date
      20130709-20130710
  • [Presentation] Molecular Crowding Effects on Functions of G-Quadruplex Ligands2013

    • Author(s)
      Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Hisae Tateishi-Karimata, Shu-ichi Nakano, Naoki Sugimoto, Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      4th International Meeting on G-quadruplex Nucleic Acids
    • Place of Presentation
      Nanyang Technological University, Singapore
    • Year and Date
      20130701-20130703
  • [Presentation] Biomolecule-Ligand Noncovalent Complexes: Mass Spectrometry as a Key to Interpret Solution Fluorescence Data2013

    • Author(s)
      Daisuke Miyoshi, Ryuichi Maeda, Takeshi Fujimot, Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Naoki Sugimoto, Adrien Marchand, Frederic Rosu, Valerie Gabelica
    • Organizer
      61st ASMS (Amewrican Society for Mass Spectrometry Conference)
    • Place of Presentation
      Minneapolis, USA
    • Year and Date
      20130609-20130613
  • [Presentation] 細胞模倣環境におけるDNA四重らせん-リガンド相互作用2013

    • Author(s)
      三好大輔
    • Organizer
      東京農工大学大学院生命工学専攻 講演会
    • Place of Presentation
      東京農工大学
    • Year and Date
      20130425-20130425
    • Invited
  • [Remarks] 甲南大学分子設計化学研究室

    • URL

      http://www.pi.konan-u.ac.jp/miyoshi/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 核酸鎖の四重螺旋構造の検出方法2013

    • Inventor(s)
      三好大輔・前田龍一
    • Industrial Property Rights Holder
      甲南学園
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2013-199029
    • Filing Date
      2013-09-25

URL: 

Published: 2015-05-28  

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