2013 Fiscal Year Annual Research Report
オス・メス間ゲノムコンフリクティングとその生物学的意味の解明
Publicly Offered Research
| Project Area | Correlative gene system: establishing next-generation genetics |
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| Project/Area Number |
24113511
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| Research Institution | Center for Novel Science Initatives, National Institutes of Natural Sciences |
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Principal Investigator |
郷 康広 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(新分野創成センター), 新分野創成センター, 特任准教授 (50377123)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2014-03-31
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| Keywords | ゲノム / 進化 / 霊長類 / トランスクリプトーム |
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| Research Abstract |
生物は生殖を経るたびに異なるゲノムと出会い調和と軋轢のバランスの上で自らのゲノムを形成していく。父親であるオスゲノムと母親であるメスゲノムの出会う場が子供ゲノムであり、その子供ゲノムにおいてどのように調和と軋轢のバランスが調製されているかを、父親・母親由来アリルを識別し、発現レベル、エピジェネティックレベルでのアリル間の「ゆらぎ」の様相を解明することを目的とし研究を開始した。最終年度である平成25年度は、これまでのデータの解析を行った。以下、これまでに配列解読を行ったデータである。1. ヒト1組（３個体）親子トリオトランスクリプトームデータ（平均4.8Gbp）。2. チンパンジー6組（12個体）トリオトランスクリプトームデータ（平均49.3Gbp）。3. チンパンジー1組（3個体）全ゲノムデータ（平均502Gbp）。4. チンパンジー5組（10個体）エキソームデータ（平均6.4Gbp）。
ヒトの親子トリオゲノムデータに関してはトランスクリプトームデータと同じ親子トリオのデータを公共ゲノムデータベースから取得して用いた。
これらのデータを用いて以下の結果を得た。１．親子トリオそれぞれのエキソーム（ゲノム）データとトランスクリプトームデータを組み合わせることで、父親・母親由来アリルを識別し、発現レベルでのアリル間のゆらぎの様相を的確に捉えることを可能とした。２．父親アリル・母親アリルを識別できるサイトのうち約8～12％のサイトがどちらかの親由来のアリルに偏った発現パターンを示した。３．父親・母親由来の発現アリルに偏りは認められなかった。４．アリル間の発現のゆらぎを示すサイトは種間（ヒトとチンパンジー）だけでなく種内（チンパンジー）でも共通性がほとんど見られなかったが、共通性が見られたものはインプリント遺伝子の候補遺伝子と考えられた。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(14 results)
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[Journal Article] Regional DNA methylation differences between humans and chimpanzees are associated with genetic changes, transcriptional divergence and disease genes.2013
Author(s)
Fukuda K, Ichiyanagi K, Yamada Y, Go Y, Udono T, Wada S, Maeda T, Soejima H, Saitou N, Ito T, Sasaki H.
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Journal Title
Journal of Human Genetics
Volume: 58
Pages: 446-454
DOI
Peer Reviewed
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