2012 Fiscal Year Annual Research Report
Ａｌｕ配列と遺伝性疾患の病態に関する研究
Publicly Offered Research
| Project Area | Functions of non-coding DNA region for genome integrity |
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| Project/Area Number |
24114507
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| Research Institution | Gifu University |
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Principal Investigator |
深尾 敏幸 岐阜大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (70260578)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2014-03-31
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| Keywords | Alu配列 / 遺伝子内欠失 / 遺伝子内重複 / 相同組換え / 遺伝病 / スプライシング |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Alu配列はヒトゲノム中の100万コピー以上もあるとされ、全ゲノムの約１０％を占める. Alu配列の機能についてはいくつか報告があるが、報告例は少なく実際例の積み重ねが必要である。今回 ２）Alu element間での組み換えによるDNA断片の重複、欠失誘導の実際例の解析：β-ケトチオラーゼ(T2)欠損症、SCOT欠損症のみでなくCPT2欠損症、CACT欠損症、HMG-CoAリアーゼ欠損症の診断のためのMLPA法の確立を行い、Alu elementによるnon-equal homologous recombinationの例の収集を試みた．現在T2欠損症で2つの欠失、１つの重複、SCOT欠損症で１つの欠失、HMG-CoAリアーゼ欠損で1つの欠失を同定することができ、切断点の解析を行っている．２）イントロン内のAlu 配列のスプライシング（エクソン認識）に対する影響の検討．T2(ACAT1) 遺伝子でエクソン10は短く、splice acceptor部位の認識が弱くexonic splicing enhancerが必要なエクソンである．そこで、そのsplice acceptor部位の上流にAlu配列を順方向に２つ、もしくは逆方向に２つ組み込むことで、エクソン10のスプライシングにどのような影響を与えうるかを調べるベクターの構築を行った．その結果Alu配列を逆方向に２つ挿入すると、エクソン10を認識しにくくなり．正方向にいれても影響しないことが示された．現在そのことを再度確認中である．これはAlu配列があることが、その近傍のエクソン認識に影響を与えることを示していると思われる．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
１）Alu element間での組み換えによるDNA断片の重複、欠失誘導の実際例の解析においても、T2, SCOT欠損症のためのMLPA法の確立にとどまらず、CPT2欠損症、CACT欠損症、HMG-CoAリアーゼ欠損症のMLPA法を確立でき、まずこれらの疾患の遺伝子診断にとって有用となったこと．さらにその中から一定の欠失、重複例を見つけることができ、現在その解析をすすめ論文作成中である．
２）イントロン内のAlu 配列のスプライシング（エクソン認識）に対する影響の検討では最初ACAT1遺伝子のエクソン３－５の領域を用いて解析する予定であったが、他の研究からエクソン10を含むconstructを応用することにしたため、かなりスムーズに実験系が作成でき．一定の結果が得られそうである．
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| Strategy for Future Research Activity |
Alu element間での組み換えによるDNA断片の重複、欠失誘導の実際例の解析
切断点の解析からどのようなAlu配列間のどの領域で組換えが生じやすいのか、自験例、報告例についてまとめる。新たに同定したAlu elementsによる組換え例については論文報告を行う。イントロン内のAlu elementのスプライシング（エクソン認識）に対する影響の検討計画ではT2遺伝子のエクソン２－５で例をあげたが、現在エクソン１０近傍の配列での検討をおこなっており、そこでさらに詳細な検討を行う。それによりAlu elementの有無がスプライシングに与える影響についてまとめる。またエクソン認識に影響を与えるAlu elementが同定出来れば、そのエクソンとの距離を種々に変更したベクター、変異を導入したベクターを作成し、その影響について検討を加える。２年間の結果を論文として公表出来るようにする
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[Journal Article] Three Japanese patients with beta- ketothiolase deficiency whoshare a mutation , c.431AC(H144P) in ACAT1: subtle abnormality in urinary organic acid analysis and blood acylvcarnitine analysis using tandem mass spectrometry.2012
Author(s)
Fukao T, Maruyama S, Ohura T, Hasegawa Y, Toyoshima M, Haapalainen AM, Kuwada N, Imamura M, Yuasa I, Wierenga RK, Yamaguchi S, Kondo N
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Journal Title
JIMD reports
Volume: 3
Pages: 107-115
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Bezafibrate can be a new treatment option for mitochondrial fatty acid oxidation disorder: evaluation by in vitro probe acylcarnitine assay2012
Author(s)
Yamaguchi S, Li H, Purevsuren J, Yamada K, Furui M, Takahashi T, Mushimoto Y, Kobayashi H, Taketani T, Fukao T, Fukuda S
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Journal Title
Mol Genet Metab
Volume: 107
Pages: 87-89
DOI
Peer Reviewed
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