2013 Fiscal Year Annual Research Report
Ｕｂｅ３ａ遺伝子座における超長鎖非コードアンチセンスＲＮＡの構造・機能解析
Publicly Offered Research
| Project Area | Functional machinery for non-coding RNAs |
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| Project/Area Number |
24115703
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| Research Institution | Kochi University |
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Principal Investigator |
清澤 秀孔 高知大学, 医学部, 准教授 (30295422)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2014-03-31
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| Keywords | ゲノム刷り込み / アンチセンスRNA / 非コードRNA / RNA-seq / MSM/Ms / ES細胞 |
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| Research Abstract |
次世代シーケンサーによるRNA-seq配列解析を続行した。サンプルは独自に樹立した遺伝的多型を有するES細胞（C57BL/6とMSM/Ms間のF1亜種間雑種ES細胞：C57BL/6（B6）が父親、MSM/Ms（MSM）が母親の組み合わせ）をin vitroで神経細胞へ分化させたものである。Ube3a遺伝子座におけるアンチセンスRNAはUbe3a遺伝子センス鎖の転写単位の領域に於いて転写されたアンチセンスRNAが蓄積をしていることが昨年までの解析で判明しているが、Ube3a遺伝子座を含む近傍のゲノム刷り込みされた領域全体を解析すると、（Ube3a遺伝子からみて下流の方向に）3Mb離れた領域からアンチセンス鎖側からの転写が断続的に行われている様子が判明し、更に広い領域でゲノム刷り込みが制御されていることが示唆された。
今年度は、母親と父親の組み合わせが逆のES細胞（母親がB6、父親がMSM）のRNA-seqも行い、確実にゲノム刷り込みが起きている様子を確認した。アンチセンスRNA転写単位同定の試みの1つとしてRNAポリメラーゼIIのChIP解析も行い、現在、次世代シーケンサーによる配列を解析中である。
また、アンチセンスRNAを条件的にノックダウンするためのコンストラクトを作製し、ES細胞の染色体に組み込むところまで終了した。今後、Ube3aアンチセンスRNAの発現とUbe3aセンス鎖の（母親由来のみの）片アレル発現の関係を解析する予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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