2013 Fiscal Year Annual Research Report
人工代謝経路の設計基盤の構築
Publicly Offered Research
| Project Area | Synthetic biology for the comprehension of biomolecular networks |
|---|
| Project/Area Number |
24119508
|
|---|
| Research Institution | Kobe University |
|---|
Principal Investigator |
荒木 通啓 神戸大学, 自然科学系先端融合研究環重点研究部, 准教授 (40396867)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2014-03-31
|
| Keywords | 合成生物学 |
|---|
| Research Abstract |
本研究では、すでに開発している人工代謝経路の設計基盤をもとに、より広範な代謝パスウェイを探索していくために、設計基盤の高度化を実施した。利用データの拡張では、設計基盤に利用する化学・反応データをアップデートした。化合物データについては、PubChemデータベースのアップデートに対応し、47百万化合物のデータを抽出し、化合物データベースを構築した。反応データはKEGGデータに加えて、BRENDAデータベースよりデータ抽出を行うことで、基質・生成物ペアとして合計1万余の反応データベースを構築した。また、上記のデータアップデートならびに設計基盤利用を受けて、反応データの取捨選択の必要が出てきたことから、反応データキュレーションを行い、特徴的な反応について取捨選択を実施した。さらに、設計基盤の実用化に向け、設計プログラムの一部改良ならびにユーザインターフェイスの高度化を実施した。結果画面では、以前より化学構造変化を可視化したビューアを開発していたが、特に酵素情報の効率的選択に向けた独自の酵素反応データベースを構築するとともに、共同研究推進に向け、入出力インターフェイスをウェブサーバ上に実装した。
|
| Current Status of Research Progress |
Reason
25年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
|
Research Products
(9 results)
-
-
-
[Presentation] Meta-synthetic metabolism: Identification of critical intermediates for synthetic amino acid derivative production
Author(s)
Cox III, RS., Nakatsui M., Makiguchi, H., Ogawa, T., Kondo, A., Araki, M.
Organizer
CBI学会 2013年大会
Place of Presentation
船堀タワーホール
-
-
-
-
-
-
