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2013 Fiscal Year Annual Research Report

大腸菌グリコーゲン機構をモデルとした転写・酵素・代謝物相互作用ネットワークの理解

Publicly Offered Research

Project AreaSynthetic biology for the comprehension of biomolecular networks
Project/Area Number 24119509
Research InstitutionYamaguchi University

Principal Investigator

松野 浩嗣  山口大学, 理工学研究科, 教授 (10181744)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2014-03-31
Keywordsシステム生物学 / 大腸菌 / 遺伝子制御 / グリコーゲン / タンパク質局在
Research Abstract

これまで比較的軽視されてきた、代謝物制御に関わるタンパク質局在の影響を積極的に考慮し、新しい知見を得た。すなわち、HPrタンパク質の局在がグリコーゲン分解の決定要因として強く働いていることを、この機構を組み込んだシミュレーションの実行結果が生物学的事実と無矛盾に対応することを示すことによって主張した。
PTSタンパク質のHPrとEIIAGlcの作用がグリコーゲン代謝の制御に重要な働きをしていることを示した。具体的には、大腸菌の生活環におけるグリコーゲン利用の仮説、すなわち、誘導期初期では補助的エネルギーとて使われるが、誘導期後期から対数期の間で大腸菌内に蓄積され、定常期においてゆるやかな生存のために少量ずつ消費される、という一連のグリコーゲン利用は、HPrとEIIAGlcを中心とする因子群によって制御されることをシミュレーションによって検証した。

Current Status of Research Progress
Reason

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (3 results)

All 2014 2013

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (2 results)

  • [Journal Article] Identification of key regulators in glycogen utilization in E.coli based on the simulations from a hybrid functional Petri net model2013

    • Author(s)
      Zhongyuan Tian, Adrien Faure, Hirotada Mori, Hiroshi Matsuno
    • Journal Title

      BMC Systems Biology

      Volume: 7 Pages: 1-10

    • DOI

      10.1186/1752-0509-56-51

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Intelligent mechanisms in E.coli in processing carbon sources2014

    • Author(s)
      Zhongyuan Tian, Hiroshi Matsuno
    • Organizer
      International Conference on Artificial Life and Robotics 2014
    • Place of Presentation
      コンパルホール(大分市)
    • Year and Date
      20140111-20140113
  • [Presentation] Regulation of glycogen utilization in E.coli identified from the computational model with hybrid functional Petri net2013

    • Author(s)
      Zhonguan Tian, Adrien Faure, Hirotada Mori
    • Organizer
      14th International Conference on Systems Biology
    • Place of Presentation
      チボリコングレスセンター(コペンハーゲン、デンマーク)
    • Year and Date
      20130831-20130903

URL: 

Published: 2015-05-28  

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