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2012 Fiscal Year Annual Research Report

翻訳システム改変による人工細胞創成

Publicly Offered Research

Project AreaSynthetic biology for the comprehension of biomolecular networks
Project/Area Number 24119515
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

宮崎 健太郎  独立行政法人産業技術総合研究所, 生物プロセス研究部門, 研究グループ長 (60344123)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2014-03-31
Keywords合成生物学 / リボソーム / 16S rRNA / メタゲノム
Outline of Annual Research Achievements

様々な環境よりメタゲノムを調製し、これを鋳型として16S rRNA遺伝子をPCR増幅した。各環境から得た16S rRNA遺伝子を環境ごとに個別に大腸菌16S rRNA遺伝子発現ベクターの相同部分と交換、Δ7株を形質転換した。ショ糖によるカウンターセレクションの有無により機能相補率を判定した結果、環境により程度の差こそあれ、5 ~ 60%程度の割合で生育を相補した。相補株の総計は数千規模に上り、当初の数値目標(100種類以上)を大幅にクリアーした。
いくつかの相補株を選抜し、増殖速度の観点から詳細に評価した。また、相補性の分子基盤を明らかにするために、二次構造、立体構造の観点から考察を行った。その結果、相補配列に共通する性質として、二次構造の維持が重要であることが判明した。今回我々が得た結果は、既存のリボソーム変異データを大幅に塗り替えるものであり、リボソームの構造・進化に対して多くの新たな知見を与えることができたものと考えている。
生物進化の観点からは、大腸菌の属するγ-プロテオバクテリアとは綱(クラス)のレベルで異なる遺伝子が生育を相補することを示した。生物の系統解析の分子マーカーである16S rRNAが異種間で機能相補的であることは、水平伝播の可能性を示唆し、微生物系統解析の手法に再考を促す。また、Lakeらの唱えるComplexity仮説を否定するものである。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

大腸菌16S rRNAの遺伝子欠損の相補実験により、目標値を大幅に上回る異種生物由来の16S rRNA遺伝子を得ることができた。またその過程で、環境ごとの相補率を算定することで、機能遺伝子の取得に必要なノウハウを蓄積することができた。異種16S rRNAを組み込んだ大腸菌の変異宿主ライブラリーも構築した。生育速度の評価を行った結果、必ずしも大腸菌自身の16S rRNAではなく異種のものがより効率的であることを予備的な結果として得た。この発見は、今後の有用宿主の改良という観点で大きな意義を持つ。また異種遺伝子発現という観点からも、大腸菌自身の16S rRNAよりも異種の16S rRNAを宿した変異株でより大きな発現がなされる例も見出し、工学的な利用を考える上で多くの重要な知見を得た。
このように、目標を大幅に上回る規模の相補遺伝子を得たこと、それを利用した大規模な宿主ライブラリーを短期間のうちに構築することができ、当初計画以上に進捗していると判断した。なお、成果の一部はPNAS誌に発表し、関連するプレスリリースも行った。

Strategy for Future Research Activity

異種16S rRNA遺伝子を含む大腸菌変異体ライブラリーをより多様な観点でスクリーニングする。とくに異種遺伝子発現については、翻訳の素過程をあらわにするレポーター遺伝子を設計し、リボソームの機能解析を加速するとともに、難発現性遺伝子の高発現化など、工学の観点でも有効な手法を確立する。さらに、相補遺伝子間でのファミリーシャッフリングを行い、遺伝子多様性を天然の多様性とともに人工的な多様性にまで拡張する。非天然16S rRNAの有する機能を増殖や異種遺伝子発現の観点で評価し、リボソーム改変に基づく細胞工学の技術体型を構築する。

  • Research Products

    (16 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (9 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] Cloning, expression and characteristics of a novel alkalistable and thermostable xylanase encoding gene (Mxyl) retrieved from compost-soil metagenome.2013

    • Author(s)
      Verma D
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 8 Pages: e52459

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0052459

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mutational robustness of 16S ribosomal RNA, shown by experimental horizontal gene transfer in Escherichia coli.2012

    • Author(s)
      Kitahara K
    • Journal Title

      Proc Natl Acad Sci USA

      Volume: 109 Pages: 19220-19225

    • DOI

      10.1073/pnas.1213609109

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] リボソームに翻訳以外の機能がある ―リボヌクレアーゼ作用阻害2012

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Journal Title

      生体の科学

      Volume: 63 Pages: 356-357

  • [Journal Article] リボソームに翻訳以外の機能を発見:16S rRNA ヘリックス41によるリボヌクレアーゼT2の阻害2012

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Journal Title

      産総研TODAY

      Volume: 12 Pages: 20-20

  • [Presentation] 16S rRNA置換変異による大腸菌宿主改良2013

    • Author(s)
      佃美雪
    • Organizer
      第2回リボソームミーティング
    • Place of Presentation
      東京農工大学(東京都)
    • Year and Date
      2013-03-26
  • [Presentation] 系統ネットワーク法で見る腸内細菌目16S rRNAの網状進化2013

    • Author(s)
      佐藤允治
    • Organizer
      第2回リボソームミーティング
    • Place of Presentation
      東京農工大学(東京都)
    • Year and Date
      2013-03-26
  • [Presentation] メタゲノム由来新奇βーグルコシダーゼの性状解析2013

    • Author(s)
      内山拓
    • Organizer
      日本農芸化学会2013年度大会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城県)
    • Year and Date
      2013-03-26
  • [Presentation] β-グルコシダーゼのグルコース阻害耐性と基質特異性における構造基盤2013

    • Author(s)
      城俊徳
    • Organizer
      日本農芸化学会2013年度大会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城県)
    • Year and Date
      2013-03-26
  • [Presentation] 16S rRNAの置換変異による大腸菌宿主デザイン2012

    • Author(s)
      佃美雪
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会5.0
    • Place of Presentation
      東京工業大学(神奈川県)
    • Year and Date
      2012-11-21
  • [Presentation] メタゲノムからの有用遺伝子探索2012

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Organizer
      次世代シーケンス東京セミナー・メタゲノムセミナー
    • Place of Presentation
      秋葉原UDX(東京都)
    • Year and Date
      2012-10-25
    • Invited
  • [Presentation] メタゲノム由来GH1β-グルコシダーゼTd-2F2のグルコース阻害耐性の構造基盤2012

    • Author(s)
      城俊徳
    • Organizer
      日本応用糖質科学会平成24年度大会
    • Place of Presentation
      東京農工大学(東京都)
    • Year and Date
      2012-09-19
  • [Presentation] 16SリボソームRNA のへリックス41はリボヌクレアーゼ I の特異的インヒビターである2012

    • Author(s)
      北原圭
    • Organizer
      第9回 21世紀大腸菌研究会
    • Place of Presentation
      長浜バイオ大学(滋賀県)
    • Year and Date
      2012-06-21
  • [Presentation] Functional screening strategy2012

    • Author(s)
      宮崎健太郎
    • Organizer
      International Functional Metagenomics Workshop
    • Place of Presentation
      Stone Crock(カナダ)
    • Year and Date
      2012-05-07
    • Invited
  • [Remarks] 生物種を越えた16S rRNA遺伝子の機能相補性を確認

    • URL

      http://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/pr2012/pr20121030/pr20121030.html

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 翻訳特性の改変された大腸菌2013

    • Inventor(s)
      宮崎健太郎、佃 美雪
    • Industrial Property Rights Holder
      産業技術総合研究所
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      13/802256(米国)
    • Filing Date
      2013-03-13
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 翻訳特性の改変された大腸菌2012

    • Inventor(s)
      宮崎健太郎、佃 美雪
    • Industrial Property Rights Holder
      産業技術総合研究所
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2012-102128
    • Filing Date
      2012-04-27

URL: 

Published: 2018-02-02  

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