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2012 Fiscal Year Annual Research Report

部位特異的光架橋法によるミトコンドリアトランスロケータの過渡的複合体の動態の解析

Publicly Offered Research

Project AreaIntegrative understanding of biological processes mediated by transient macromolecular complexes; New technology for visualizing physiologically metastable states.
Project/Area Number 24121713
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

遠藤 斗志也  名古屋大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (70152014)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2014-03-31
Keywordsミトコンドリア / 酵母 / トランスロケータ / 部位特異的光架橋 / アセンブリー因子 / βバレル型膜タンパク質
Outline of Annual Research Achievements

アセンブリー途上のTom22と過渡的に相互作用する因子の解析

酵母細胞内で目的タンパク質に部位特異的に光架橋性非天然アミノ酸BPA(ベンゾイルフェニルアラニン)を導入し,紫外線照射によって架橋を行うin vivo部位特異的光架橋法は,in vivoまたはオルガネラ中(in organello)という生理的条件下でタンパク質間相互作用を検出することができる優れた方法である。TOM40複合体の中心的サブユニットTom22の様々な部位にin vivo部位特異的光架橋法を適用し,Tom22を酵母細胞内で過剰発現すると,過剰発現しないときには見られない架橋産物が観察された。この架橋産物は発現を抑えると減少していくので,TOM40複合体に組み込まれる前に,一過的に生ずる架橋産物であると考えられる。すなわちこれらの架橋相手は,Tom22のアセンブリー途上で過渡的複合体を形成するアセンブリー因子である可能性がある。架橋産物の局在を調べたところ,一つはサイトゾル,もう一つはミトコンドリア外膜に存在した。サイトゾルの架橋産物の架橋相手は,Hsp70分子シャペロンであることがわかった。Tom22をミトコンドリアに標的化されるまで,サイトゾルで可溶性に保つ機能があると考えられる。外膜の架橋産物の架橋相手は2種類から成り,既知のトランスロケータ構成因子ではなかった。そこでこの架橋相手を質量スペクトル解析により同定したところ,一つは外膜の内在性膜タンパク質のポリン(Por1)であった。Por1を遺伝子破壊すると,Tom22のTOM40複合体へのアセンブリーは促進され,Tom40のアセンブリーは阻害された。また,これらのサブユニットのアセンブリーを担うSAM複合体が不安定化した。Por1はTOM40複合体から一時的に解離したTom22の安定性に関わることが考えられる。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

Tom22とアセンブリー過程で一過的に複合体を形成するアセンブリー因子の検出と同定については,順調な成果が得られた。すなわち,酵母細胞内でTom22自身を過剰発現して,過剰発現特異的な光架橋産物として,一過的な相互作用相手を検出することで, Tom22のアセンブリー因子候補の同定の見込みが立った。そのうちの一つがサイトゾルのシャペロンHsp70であったことは,この想定が正しい事を証明する。もう一つの因子がミトコンドリア外膜のチャネルタンパク質Por1であったことは意外であったが,これはPor1の新たな機能を示唆するものである。現在Por1が,Tom22のアセンブリー因子である可能性,具体的には何を行っているのかについて,検討を行っている。これらの成果は,膜タンパク質複合体構成サブユニットの生合成時に過渡的に相互作用するアセンブリー因子(やシャペロン)を検出する新しい方法論として,部位特異的光架橋法が有効であることを示すものである。

Strategy for Future Research Activity

Tom22がアセンブリー途上で形成する過渡的複合体の検出とその複合体の解析については,順調な成果が得られた。Por1が真のアセンブリー因子である可能性について,解析を継続する。また未同定のもう一つの外膜因子については,質量スペクトル解析による同定を試みる。

TOM40複合体中のTom22とTom40の配置の解析も進行中である。TOM40複合体のチャネル因子Tom40はβバレル構造をとると考えられており,Tom40チャネルがどのように開いて,基質タンパク質の膜貫通ヘリックスがラテラルに外膜に組み込まれるかは大きな謎であった。βバレル構造内部がチャネルであればN端とC端のβストランドが解離してチャネルを開く必要があり,Tom40オリゴマーが作るTom40の外側の間隙空間がチャネルとして機能するなら,オリゴマーが相対配置を変えてチャネルを開く必要がある。これらのモデルのどちらが正しいかを検証するには,Tom40の1次構造上のβストランドの位置を正確に決定し, βストランドがチャネルの内側または外側,いずれの面で基質タンパク質と接触するかを調べる必要がある。われわれは,Tom40はβバレルの外側でTom22と接触し,Tom22がTom40を束ねる糊の役割をしていることを見出している。そこでTom40の様々な部位にBPAを導入し,Tom22と光架橋される部分のマッピングを試みている。

  • Research Products

    (22 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (18 results) (of which Invited: 7 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] The Tom40 assembly process probed using the attachment of different intra-mitochondrial sorting signals2012

    • Author(s)
      T. Shiota, M. Maruyama, M. Miura, Y. Tamura, K. Yamano, M. Esaki, and T. Endo
    • Journal Title

      Mol. Biol. Cell

      Volume: 23 Pages: 3936-3947

    • DOI

      doi: 10.1091/mbc.E12-03-0202

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] (Close Up実験法)動的なタンパク質相互作用の「スナップショット」を撮る~in vivoにおける部位特異的光架橋法2012

    • Author(s)
      塩田拓也,西川周一, 遠藤斗志也
    • Journal Title

      実験医学

      Volume: 30 Pages: 1799-1805

  • [Presentation] Organelle homeostasis research in Japan2013

    • Author(s)
      Toshiya Endo
    • Organizer
      Organelle Homeostasis Research Center: Workshop on Homeostasis Research
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2013-03-23
    • Invited
  • [Presentation] New insight into mitochondrial biogenesis2013

    • Author(s)
      Toshiya Endo
    • Organizer
      Organelle Homeostasis Research Center: Kick-off Symposium
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2013-03-22
    • Invited
  • [Presentation] New perspective on biogenesis of mitochondrial proteins and lipids2012

    • Author(s)
      Toshiya Endo
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会シンポジウム「New Paradigm of Organelle Biology and Physiology」
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2012-12-14 – 2012-12-16
    • Invited
  • [Presentation] ミトコンドリアを介したリン脂質生合成経路の解析2012

    • Author(s)
      田村康,遠藤斗志也
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会シンポジウム「New Paradigm of Organelle Biology and Physiology」
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2012-12-14 – 2012-12-16
    • Invited
  • [Presentation] ミトコンドリア前駆体タンパク質の酸化における,Tim40/Mia40とErv1の構造基盤の解明2012

    • Author(s)
      安西高廣,河野慎,寺尾佳代子,遠藤斗志也
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2012-12-14 – 2012-12-16
  • [Presentation] ERMES複合体構成因子Mdm12の結晶化2012

    • Author(s)
      河野慎,スチンバラ,遠藤斗志也
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2012-12-14 – 2012-12-16
  • [Presentation] シロイヌナズナCPY*を用いた異常タンパク質の小胞体残留機構の解析2012

    • Author(s)
      荒川俊輔,井澤俊明,遠藤斗志也,西川周一
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2012-12-14 – 2012-12-16
  • [Presentation] ERMESの形成過程および数の制御の解析2012

    • Author(s)
      前川健,田村康,吉久徹,遠藤斗志也
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2012-12-14 – 2012-12-16
  • [Presentation] ミトコンドリアタンパク質輸送装置Tim22の分子内ジスルフィド結合の役割の解析2012

    • Author(s)
      岡本浩明,宮川明子,塩田拓也,田村康,遠藤斗志也
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2012-12-14 – 2012-12-16
  • [Presentation] 出芽酵母にとってtRNAのイントロンは必須ではない2012

    • Author(s)
      吉久徹、森俊輔、鈴木健夫、鈴木勉、遠藤斗志也
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会ワークショップ「システムとしてのRNA研究とその生物学的意義」
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2012-12-10 – 2012-12-14
    • Invited
  • [Presentation] Any introns of the tRNA genes are dispensable for Saccharomyces cerevisiae2012

    • Author(s)
      Shunsuke Mori, Takuya Kajita , Takeo Suzuki , Tsutomu Suzuki , Toshiya Endo , and Tohru Yoshihisa
    • Organizer
      24th tRNA Conference
    • Place of Presentation
      Olmu , Chile
    • Year and Date
      2012-12-02 – 2012-12-06
  • [Presentation] New perspective on import and maintenance of mitochondrial proteins2012

    • Author(s)
      Toshiya Endo
    • Organizer
      SFB594 3rd International Symposium Molecular Machines in Protein Folding and Translocation
    • Place of Presentation
      Munich, Germany
    • Year and Date
      2012-07-23 – 2012-07-25
    • Invited
  • [Presentation] 出芽酵母細胞質のメジャーなHsp70の一つであるSsa2pは,tRNAと直接結合し,その核内輸送に関わる2012

    • Author(s)
      吉久徹,梶田拓也, 高野晃,遠藤斗志也
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会ワークショップ「RNA機能を支えるタンパク質」
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-06-20 – 2012-06-22
    • Invited
  • [Presentation] オルガネラタンパク質の膜輸送システムにおけるDom34:Hbs1複合体の役割2012

    • Author(s)
      井澤俊明,黒羽一誠,稲田利文,西川周一,遠藤斗志也
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-06-20 – 2012-06-22
  • [Presentation] in vivo部位特異的光架橋法を用いたミトコンドリア外膜膜透過装置TOM40複合体の相互作用解析2012

    • Author(s)
      塩田拓也,崎山則征,神谷恵,島本真由子,今井賢一郎,浅野悠史,富井健太郎,Paul Horton,遠藤斗志也
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-06-20 – 2012-06-22
  • [Presentation] Tam41 is a novel CDP-diacylglycerol synthase for cardiolipin biosynthesis in mitochondria2012

    • Author(s)
      田村康,原田佳宗,西川周一,塩田拓也,神谷恵,山野晃史,黒田拓也,久下理,瀬崎博美,遠藤斗志也
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-06-20 – 2012-06-22
  • [Presentation] ミトコンドリア酸化還元酵素Erv1の2量体間電子移動2012

    • Author(s)
      河野慎,寺尾佳代子,渡邊信久,遠藤斗志也
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2012-06-20 – 2012-06-22
  • [Presentation] Yeast cytoplasmic Hsp70, Ssa2p, is a novel tRNA-binding protein that is involved in tRNA import into the nucleus2012

    • Author(s)
      Takuya Kajita, Makoto Mochizuki, Akira Takano, Toshiya Endo, and Tohru Yoshihisa
    • Organizer
      第64回日本細胞生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2012-05-28 – 2012-05-31
  • [Book] Meth. Mol. Biol. "Membrane Biogenesis" (eds. D. Rapaport and J. M. Herrmann)2013

    • Author(s)
      T. Shiota, S. Nishikawa, and T. Endo
    • Total Pages
      未定
    • Publisher
      Analyses of protein-protein interactions by in vivo photocrosslinking in budding yeast
  • [Remarks] 名古屋大学大学院理学研究科 物質理学専攻 生物化学研究室

    • URL

      http://biochem.chem.nagoya-u.ac.jp/index.html

URL: 

Published: 2018-02-02  

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