2013 Fiscal Year Annual Research Report
ＤＮＡ上のスライディングの方向による塩基変換の酵素反応速度の違いとそのメカニズム
Publicly Offered Research
| Project Area | Integrative understanding of biological processes mediated by transient macromolecular complexes; New technology for visualizing physiologically metastable states. |
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| Project/Area Number |
24121714
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
片平 正人 京都大学, エネルギー理工学研究所, 教授 (70211844)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2014-03-31
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| Keywords | メチルシトシン / Tatタンパク質 / アプタマー / リボザイム / ＮＭＲ / ＡＰＯＢＥＣ３Ｇ |
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| Research Abstract |
NMR法を用いたリアルタイムモニタリングによって、APOBEC3G(A3G)によるシトシン、５メチルシトシン、５ヒドロキシメチルシトシンの塩基の変換を追跡・比較した。また同法で基質DNAの１箇所だけを順にリボ核酸に置換したものに関し、活性の比較を行なった。さらにd(CCCA)配列とd(CCCU)配列における変換速度を同法によって比較した。これらによって、A3Gの基質特異性と塩基変換反応に必要となる最小残基数が判明し、さらにHIVのゲノムを広い範囲に渡って効率的に不活化するのに適したA3Gの性質が見出された。
HIVのTatタンパク質を捕捉するRNAアプタマーに関し、Tatの部分ペプチドとの複合体の解析を行い、特異な結合様式に関する知見を得た。
カリウムイオンに依存したR12の大きな構造変化を活用する事で、リボザイムの活性をカリウムイオン濃度に依存してオフからオンにスイッチングする事に我々は成功した。今回カリウムイオン非存在下における残存活性を抑え、なおかつカリウムイオン存在下における活性には悪影響を与えない方法を考案する事で、カリウムイオンによる活性の増強の割合を格段に高める事に成功した。
NMR法は各種の物質の混合物に関し、各物質を定量的に検知する事ができる優れた測定法である。各物質を分離・同定するのに十分な分離能を確保する必要性から、HSQCスペクトルがこの定量に広く用いられている。しかし1JCHとT2の値が物質毎に異なる為、HSQCを用いた定量には系統的な不正確さが混入する。今回この不正確さの混入を抑制する手法を開発した。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] RNA-directed amino acid coupling as a model reaction for primitive coded translation2014
Author(s)
Harada, K., Aoyama, S., Matsugami, A., Kumar, P.K.R., Katahira, M., Kato, N. and Ohkanda, J.
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Journal Title
ChemBioChem
Volume: 未定
Pages: 未定
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Quantitative analysis of the location- and sequence-dependent deamination by APOBEC3G using real-time NMR2014
Author(s)
Furukawa, A., Sugase, K., Morishita, R., Nagata, T., Kodaki, T., Takaori, A., Ryo, A. and Katahira, M.
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Journal Title
Angew. Chem., Int. Ed.
Volume: 53
Pages: 2349-2352
DOI
Peer Reviewed
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