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2013 Fiscal Year Annual Research Report

基質消費スクリーニングを用いたテルペン酵素の多様化と機能進化

Publicly Offered Research

Project AreaBiosynthetic machinery: Deciphering and regulating the system for bioactive metabolite diversification
Project/Area Number 25108704
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Research InstitutionChiba University

Principal Investigator

梅野 太輔  千葉大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (00400812)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2015-03-31
Keywordsテルペノイド / 進化分子工学 / 代謝工学 / スクリーニング / 反応特異性 / カロテノイド / ランダム変異
Research Abstract

本研究では,ランダム変異を与えた変異体プールの中から,ハイスループットスクリーニングを用いた活性型変異体を濃縮することによって,テルペン酵素の進化的可塑性について多くの情報を得ることを目的としている。
我々が開発したテルペン活性のスクリーニング法では,基質消費能を細胞内での有効活性の指標とする方法である。とくにファルネシル2リン酸(セスキテルペンの原料)の消費能をみるために用いる,ブドウ球菌由来のCrtM, CrtNという酵素群によるカロテノイド色素合成経路について,新しい知見を得ることができた。
1. カロテノイド酵素CrtM自体のサイズ変異体を取得した。カロテノイド酵素のサイズ特異性をきめる多くのアミノ酸残基を明らかにできた。
2. カロテノイドの不飽和化酵素CrtNが,じつはスクアレンも不飽和化することを見いだした。この意外な発見をもとに,スクアレン合成活性を可視化する新しいスクリーニング系を確立できた。
3. 一方で,他種の不飽和化酵素CrtIは,スクアレンをまったく受け付けない。この基質選択性の差異をもとに,スクアレン合成酵素の還元的な縮合反応を保証するための残基を組織的に洗い出すことに成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

テルペン酵素の進化工学系自体も改良を施し,着々と「進化」している。4つの事例をまとめて,とりあえずは手法論文として公開することができた。また,消費基質や活性のバリエーションに対応できるように,スクリーニング系のラインナップを拡張することができた。
また,CrtM/Nやテルペン酵素の発現強度比をひろく変化させるコンストラクトを揃えることによって,スクリーニング系のダイナミックレンジを高めることができた。これによって,「より基質消費活性の高い」テルペン酵素をつり上げる技術プラットフォームが確立できた。本研究で重要なのは,Screening系のRobustnessである。急がば回れ,きっちり系をつくったことで,次のステップを容易に踏めるようになったと考えている。

Strategy for Future Research Activity

本研究の究極の目的は,テルペン環化酵素の無方向な機能発散を高速に行い,その進化の過程を「観察」することにある。H25年度いっぱいかけて改良したスクリーニング系を用いて,多世代にわたり「ランダム変異導入→機能選択」を繰り返し,遺伝型,そして機能の発散を即してゆきたいと考えている。申請書にかいたとおりに進めてゆく予定である。

  • Research Products

    (14 results)

All 2014 2013

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 5 results) Book (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Construction of carotenoid biosynthetic pathways using squalene synthase.2014

    • Author(s)
      M. Furubayashi, L. Li, A. Katabami, K. Saito, D. Umeno
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 588 Pages: 436-442

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A High-Throughput Colorimetric Screening Assay for Terpene Synthase Activity Based on Substrate Consumption2014

    • Author(s)
      Maiko Furubayashi, Mayu Ikezumi, Jun Kajiwara, Miki Iwasaki, Akira Fujii, Ling Li, Kyoichi Saito, Daisuke Umeno
    • Journal Title

      PLOS One

      Volume: 9 Pages: e93317

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0093317

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 1. The nucleoside-based positive/negative selection platform for evolutionary engineering of gene expression controllers2014

    • Author(s)
      Kohei Ike, and Daisuke Umeno,
    • Journal Title

      Methods Mol Biol

      Volume: 1111 Pages: 141-152

  • [Journal Article] Evolutionary analysis of the functional plasticity of Staphylococcus aureus C30 carotenoid synthases.2013

    • Author(s)
      M. Furubayashi, K. Saito, D. Umeno
    • Journal Title

      J. Bioscience Bioengin.

      Volume: 79 Pages: 7298-7304

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Removal of urea from water using urease-immobilized fibers.2013

    • Author(s)
      M. Sugiyama, K. Ikeda, D. Umeno, K. Saito, T. Kikuchi,k K. Ando
    • Journal Title

      J. Chem. Engin., JPN

      Volume: 46 Pages: 509-513

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effect of dose on mole percentages of polymer brush and root grafted onto porous polyethylene sheet by radiation-induced graft polymerization2013

    • Author(s)
      R.Ishihara, S. Uchiyama, H. Ikezawa, S. Yamada, H. Hirota, D. Umeno, K. Saito
    • Journal Title

      Ind. Eng. Che.m. Res.

      Volume: 52 Pages: 12582-12586

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 1. 代謝経路と制御ネットワークの組織的な進化工学技術2013

    • Author(s)
      梅野 太輔, 冨永 将大, 古林 真衣子, 池 紘平
    • Journal Title

      生物工学会誌

      Volume: 91 Pages: 26-29

  • [Presentation] 代謝ネットワークの進化デザイン2014

    • Author(s)
      梅野太輔
    • Organizer
      農芸化学会シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20140328-20140330
    • Invited
  • [Presentation] Evolutionary design of genetic switches and circuits2013

    • Author(s)
      Daisuke Umeno
    • Organizer
      iBIO-B
    • Place of Presentation
      北京, 中国
    • Year and Date
      20131021-20131023
    • Invited
  • [Presentation] Construction of the highly specific pathways out of promiscuous activity of engineered enzyme2013

    • Author(s)
      Daisuke Umeno
    • Organizer
      ECI Conference on Enzyme Engineering
    • Place of Presentation
      富山
    • Year and Date
      20130922-20130927
    • Invited
  • [Presentation] 分子触媒の「多体問題」と戦う? 合成生物学の世界2013

    • Author(s)
      梅野太輔
    • Organizer
      第44回触媒サマーセミナー
    • Place of Presentation
      箱根
    • Year and Date
      20130801-20130802
    • Invited
  • [Presentation] A highly specific synthetic metabolic pathways assembled from promiscuous enzymes2013

    • Author(s)
      Maiko Furubayashi and Daisuke Umeno
    • Organizer
      SB6.0
    • Place of Presentation
      ロンドン, イギリス
    • Year and Date
      20130709-20130711
    • Invited
  • [Book] 進化分子工学~高速分子進化によるタンパク質・核酸の開発2013

    • Author(s)
      伏見譲(監修)
    • Total Pages
      466
    • Publisher
      エヌ・ティー・エス
  • [Patent(Industrial Property Rights)] テルペン合成酵素をコードする遺伝子のスクリーニング方法2013

    • Inventor(s)
      梅野太輔,岩嵜美希
    • Industrial Property Rights Holder
      梅野太輔,岩嵜美希
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2013-104412
    • Filing Date
      2013-05-16

URL: 

Published: 2015-05-28  

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