2013 Fiscal Year Annual Research Report
水素重水素交換質量分析によるタンパク質間相互作用解析の高速・高分解能化
Publicly Offered Research
| Project Area | Structural basis of cell-signalling complexes mediating signal perception, transduction and responses |
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| Project/Area Number |
25121722
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
内山 進 大阪大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (90335381)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 質量分析 / タンパク質 / 立体構造 / 相互作用部位 / DNA |
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| Research Abstract |
本年度も昨年度から引き続きヒトSMC2/4ヒンジヘテロダイマーとDNAとの相互作用部位の特定を進めた。また、同時にSMCヘテロダイマーの結晶構造を決定した。その結果、従来、考えられていた、２本のコイルドコイルアームが開いたOpen構造をSMC2/4ヒンジヘテロダイマーはとらず、２本のコイルドコイルアームは同一の方向に向いたClosed構造を取っており、SMC4のコイルがSMC2のコイルドコイルに寄り添うように位置していることが分かった。HDX解析でもSMC4のコイルの先端部分に重水素への交換速度が低下した領域が観測されており、結晶解析の結果を支持していた。DNAとの相互作用部位は複数領域が特定されたが、その部位の一部はヘテロダイマーのサブユニット同士の相互作用領域の近傍に位置しており、この結果はヘテロダイマー間の一部が解離する可能性を示唆していた。以上のように、本研究の結果、コンデンシン複合体の中核サブユニットであるSMC2/4ヒンジヘテロダイマーの構造はOpen構造をとるコヒーシンや原核SMCとは異なっていることが初めて明らかとなった。
また、領域内の複数のグループと共同研究を進め、複合体の化学量論決定や相互作用部位の特定に向けたデータをとることにも成功している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の計画通り、コンデンシンサブユニットとDNAとの相互作用部位の特定に成功し、さらに、領域内共同研究も順調に進捗しており、概ね順調に進展していると言える。
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| Strategy for Future Research Activity |
1アミノ酸分解能での相互作用・構造変化部位決定をHDX-MSにより実現するため、ETD（Electron Transfer Dissociation）ユニットを導入している。そこで、今後はETDを用いて、高分解能での相互作用部位決定を達成することが今後の研究推進の方針である。
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Research Products
(5 results)
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[Journal Article] Characterization of the novel Trypanosoma brucei inosine 5'-monophosphate dehydrogenase.2013
Author(s)
Bessho T, Morii S, Kusumoto T, Shinohara T, Noda M, Uchiyama S, Shuto S, Nishimura S, Djikeng A, Duszenko M, Martin SK, Inui T, Kubata KB.
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Journal Title
Parasitology
Volume: 140
Pages: 735-745
Peer Reviewed
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[Journal Article] SuperNova, a monomeric photosensitizing fluorescent protein for chromophore-assisted light inactivation2013
Author(s)
Takemoto K, Matsuda T, Sakai N, Fu D, Noda M, Uchiyama S, Kotera I, Arai Y, Horiuchi M, Fukui K, Ayabe T, Inagaki F, Suzuki H, Nagai T.
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Journal Title
Sci Rep.
Volume: 3
Pages: 2629
Peer Reviewed
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