2013 Fiscal Year Annual Research Report
ブルーム遺伝子欠損とDNA二重鎖切断の組み合わせによるゲノム不安定性の解析
Publicly Offered Research
| Project Area | Systematic study of chromosome adaptation |
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| Project/Area Number |
25125714
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
竹田 潤二 大阪大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (50163407)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | Blm遺伝子欠損 / DNA二重鎖切断 / ゲノム不安定性 / ゲノムアダプテーション |
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| Research Abstract |
本年度はブルーム遺伝子欠損状態に加えて、外的ストレス（DNA二重鎖切断）をゲノムワイドに与えることによりゲノムがどのように変化するかを解析した。まず、ブルーム遺伝子がオフとオンの状態のES細胞に放射線を照射し、生存率が約5％になる線量（8グレイ）を決定した。それらのクローンよりDNAを回収し、イルミナのペアエンド法による次世代シークエンサーにより全ゲノム配列を決定した（coverage depth ×30）。
お茶の水女子大学の瀬々准教授と連携しながらブルームオフで得られたゲノムよりゲノム再構成が起きている部位を1か所同定できた。さらにそのゲノム再構成の様式も予想できた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
次世代シークエンスを行い、すでにブルーム遺伝子オフのゲノムのみで再構成が検出されている。今後はその様式について詳細に調べる予定である。
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| Strategy for Future Research Activity |
H26年度は、
（１）お茶の水女子大学の瀬々准教授と連携しながらゲノムの再構成部位を決定するために新しいアルゴリズムを開発する。
（２）バイオインフォマティクスで予測された部位のvalidationを行う。つまりPCRプライマーを設計し、実際にゲノム断片を増幅してみる。次にそれらのデータを総合してどういったメカニズムで再構成が起きたかを類推する。
(3)他のクローンも解析し、認められた再構成がブルーム遺伝子オフの状態に特異的かどうか検討する。
これらの解析結果がブルーム遺伝子欠損状態でみられるガン発症のメカニズム解明に向けて役立つことを期待している。
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