2013 Fiscal Year Annual Research Report
クロマチン構造による反復配列由来エンハンサーの制御機構
Publicly Offered Research
| Project Area | Systematic study of chromosome adaptation |
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| Project/Area Number |
25125719
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Research Institution | Foundation for Advancement of International Science |
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Principal Investigator |
岡田 典弘 公益財団法人国際科学振興財団, その他部局等, その他 (60132982)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 生物多様性 / クロマチン / エンハンサー |
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| Research Abstract |
転移因子AmnSINE1に由来するエンハンサーに関して、クロマチン修飾の解析をおこなってきた。これまでの研究で発見されたAmnSINE1由来エンハンサーのうち、哺乳類の終脳で機能するAS021座位については、強いエンハンサー活性を示すE13.5ステージの終脳のみにおいてAS021配列のメチル化率が低く、エンハンサー活性が弱いE11.5ステージの同組織においては中程度のメチル化率であることを明らかにした。またそれ以外の発生ステージ・組織では、一様に高いメチル化率であった。一方、種間で配列が保存されていないAmnSINE1領域を調べた結果、どのステージ・組織においても高いメチル化率を示した。以上のようにSINE由来エンハンサーは、通常のSINEとは異なり、一般のエンハンサーに極めて近いクロマチン修飾機構を持つことを明らかにした。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
SINE由来エンハンサーのクロマチン解析に関しては、概ね順調に進んでいる。特に複数の潜在的なエンハンサー機能の有無によってSINEのクロマチン修飾状態が異なる点は、エンハンサー配列進化がどのように起こるのかを明らかにする上で新しい知見をもたらすものである。一方でB染色体由来のV遺伝子の解析については、実験魚個体の系統維持が現在困難な状況であるものの、平成26年度には可能な限り研究を進めたいと考えている。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでにクロマチン修飾状態を明らかにしたAS021座位のみならず、吻部においてエンハンサー活性を持つAS3_9座位のメチル化率の解析を完了させる予定である。またAS021およびAS3_9エンハンサーの制御対象遺伝子であるSatb2およびWnt5aのプロモーター周辺領域に関しても、予定しているすべての発生ステージ・組織のメチル化率解析をすべて完了させる。最終的に、反復配列が機能を獲得する過程で起こったクロマチン修飾機構の進化プロセスの解明を目指す。
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Research Products
(9 results)
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[Journal Article] Coelacanth genomes reveal signatures for evolutionary transition from water to land2013
Author(s)
Nikaido M, Noguchi H, Nishihara H, Toyoda A, Suzuki Y, Kajitani R, Suzuki H, Okuno M, Aibara M, Ngatunga BP, Mzighani SI, Kalombo HW, Masengi KW, Tuda J, Nogami S, Maeda R, Iwata M, Abe Y, Fujimura K, Okabe M, Amano T, Maeno A, Shiroishi T, Itoh T, Sugano S, Kohara Y, Fujiyama A, Okada N.
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Journal Title
Genome Research
Volume: 23
Pages: 1740-1748
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] The complete mitochondrial genomes of deep-sea squid (Bathyteuthis abyssicola), bob-tail squid (Semirossia patagonica) and four giant cuttlefish (Sepia apama, S. latimanus, S. lycidas and S. pharanois), and their application to the phylogenetic analysis of Decapodiformes2013
Author(s)
Kawashima Y, Nishihara H, Akasaki T, Nikaido M, Tsuchiya K, Segawa S, Okada N.
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Journal Title
Molecular Phylogenetics and Evolution
Volume: 69
Pages: 980-993
DOI
Peer Reviewed
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