2013 Fiscal Year Annual Research Report
サンゴに共生する光合成性アピコンプレクサ類の比較ゲノム学的研究
Publicly Offered Research
| Project Area | Genetic bases for the evolution of complex adaptive traits |
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| Project/Area Number |
25128712
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Research Institution | Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University |
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Principal Investigator |
將口 栄一 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (90378563)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 渦鞭毛藻の核ゲノム / 褐虫藻 / サンゴ / 共生 / ゲノム進化 |
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| Research Abstract |
褐虫藻Symbiodinium minutum（クレードB1）の核ゲノムの概要配列の決定と解析の結果をまとめ、論文として公表した(Shoguchi et al., 2013)。この論文の準備に際し、多くの共同研究者の協力を得ることができ、またそのゲノム情報はゲノムブラウザ上で公開中である(Koyanagi et al., 2013)。
クレードB1のプラスチドゲノムとトランスクリプトームの比較解析を行い、その結果を共同研究者とともにまとめた。
またイルミナHiseqより得られたリードをアセンブルすることにより、褐虫藻クレードA3(2,200Mb)とC(2,700Mb)のゲノム概要配列（クレードB1と同程度の質）を決定した。
共生の成立に関わる重要な遺伝子群を探るために、サンゴ幼生に褐虫藻を共生させる実験を行い、トランスクリプトーム解析用のサンプルを得た。そのトランスクリプトーム配列決定とゲノムマッピングによる比較解析を開始した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
全ゲノム配列を決定しそれを解析した後、その結果を論文として公表するには、多くの研究者の協力と相当の時間を必要とした。渦鞭毛藻類としてははじめてとなる褐虫藻の核ゲノムの論文を報告できた点において、達成度は高いと考えている。
サンゴ幼生に褐虫藻を共生させたときに起こる褐虫藻の遺伝子発現の変化の解析はやや遅れている。しかしながら褐虫藻クレードA3, B1, Cのゲノム概要配列を決定しているので、それを利用することにより、信頼性の高い解析ができ、今年度中に結果を得ることが可能であると考えている。
サンゴに共生するアピコンプレクサを単離し、そのゲノム概要配列を決定することに関してはかなり遅れている。
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| Strategy for Future Research Activity |
共生実験により得られたトランスクリプトームデータを解析することに関しては、やや遅れている。連携研究者の協力により結果が得られた後、それらをまとめ、できるだけ速やかに論文として報告したいと考えている。
サンゴに共生するアピコンプレクサの単離がうまくいかない場合には、できるだけアピコンプレクサのゲノムの割合が多いDNAを調整し、そのDNAの配列をシーケンシングすることについても検討したいと考えている。
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[Journal Article] Draft assembly of the Symbiodinium minutum nuclear genome reveals dinoflagellate gene structure2013
Author(s)
Shoguchi, E., Shinzato, C., Kawashima, T., Gyoja, F., Mungpakdee, S., Koyanagi, R., Takeuchi, T., Hisata, K., Tanaka, M., Fujiwara, M. et al.
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Journal Title
Current biology
Volume: 23
Pages: 1399-1408
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] MarinegenomicsDB: An Integrated Genome Viewer for Community-Based Annotation of Genomes2013
Author(s)
Koyanagi, R., Takeuchi, T., Hisata, K., Gyoja, F., Shoguchi, E., Satoh, N., Kawashima, T.
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Journal Title
Zoological science
Volume: 30
Pages: 797-800
DOI
Peer Reviewed
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