2014 Fiscal Year Annual Research Report
ハマウツボ科寄生植物の寄生形質獲得と適応進化
Publicly Offered Research
| Project Area | Genetic bases for the evolution of complex adaptive traits |
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| Project/Area Number |
25128716
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
吉田 聡子 独立行政法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 上級研究員 (20450421)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 寄生植物 / ゲノム / 進化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
1. コシオガマゲノム解読
コシオガマのゲノム解読を進めた。ゲノムシーケンスには、短いインサートサイズ(180 bp)によるフラグメントライブラリーと様々な長さ(500 bp, 3 kbp, 5kbp, 10kbp, 20kbp)のインサートサイズによるジャンプライブラリーをを作成し、それぞれ100倍以上の深度でillumina HiSeq2000による解析をおこなった。また、領域が所有するPacBioシーケンサーにより8倍深度程度のロングリードシーケンスを解析し、アセンブリに加えることで、スカッフォールドギャップの穴埋めを試み、アセンブリおよびアノテーションを終了した。
２．条件的寄生植物コシオガマと独立栄養植物および絶対寄生植物とのゲノム比較解析
上記1で得られたコシオガマ寄生特異的遺伝子について、他の植物の遺伝子情報と比較し、系統解析をおこなった。近縁の独立栄養植物としてシソ目ゴマノハグサ科ミゾホオズキ(Mimulus guttatus)のドラフトゲノム(http://www.mimulusevolution.org/)を、絶対寄生植物としてストライガ(Striga asiatica)のドラフトゲノム（申請者らが解析済み、論文未発表）を用いた。寄生特異的遺伝子について、これらの種のゲノム上に含まれるホモログ遺伝子配列をデータベースから抽出し、系統解析をおこなった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
平成２５年度に中断が入ったため、一年繰り越しをおこなっているが、本年度の当初予定をほぼ終えることができたため、計画以上に進展していると考えている。
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| Strategy for Future Research Activity |
コシオガマの遺伝学的研究基盤の確立をさらに進める。コシオガマのアノテーションの精度を上げ、成果を論文として発表する。
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[Presentation] 寄生植物と宿主植物の細胞壁をめぐる攻防2015
Author(s)
吉田聡子, Musembi Mutuku, Songkui Cui, 堀千明, 清水崇, 市橋安範, 出村拓, 白須賢
Organizer
植物生理学会
Place of Presentation
東京農業大学
Year and Date
2015-03-16 – 2015-03-18
Invited
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[Presentation] 寄生植物ストライガの全ゲノム解読2014
Author(s)
4)吉田聡子, Thomas Spallek, Songkui Cui, 市橋 泰範, Seungill Kim, Yong-Min Kim, 真鍋 理一郎 , Michael Timko , Doil Choi , 白須 賢
Organizer
日本植物学会第78回大会
Place of Presentation
明治大学生田キャンパス
Year and Date
2014-09-12 – 2014-09-14
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