2013 Fiscal Year Annual Research Report
p53による時間、空間的な遺伝子発現制御機構の解明
Publicly Offered Research
| Project Area | Integrative Systems Understanding of Cancer for Advanced Diagnosis, Therapy and Prevention |
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| Project/Area Number |
25134707
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
松田 浩一 東京大学, 医科学研究所, 准教授 (90401257)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | p53 / RNA sequence |
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| Research Abstract |
本年度は、まず試験例を用いて実験条件の検討を進めた。野生型マウスに放射線照射後、25臓器を回収し、最適な回収方法や解析に適当な臓器の検討を行なった。その結果、解析対象とする20臓器を決定した。設定した条件にて、p53正常型及び欠損型のマウス計12匹に対し放射線照射を行い、照射1日後に20臓器を回収した。コントロール12匹を加えた24匹のマウスの各臓器からRNAを抽出し、全480サンプルについてRNAのqualityチェックを行なった。RIN値8以上を目安に解析対象マウスを決定した。さらにRNAからｃDNAを合成し、予想されたサンプルにおいてのみ、p53遺伝子や代表的p53下流遺伝子であるWAF1の発現などの変動が確認された。これらの結果によって、解析サンプルのqualityチェックを進めた。最終的に20臓器、各12個についてRNAからシークエンス用ライブラリーを作成した。その後定量的PCRにて定量化し、各サンプル濃度が均等となるような条件で混合し、次世代型シークエンサーにより解析した。各遺伝子を網羅的に定量化・数値化した。各臓器間でクラスターがよく分離されており、サンプルの状態に問題ない事が確認された。ノックアウトマウスや、野生型X線照射なし群と比べ、野生型、X線照射あり群で5倍以上、T検定で0.05以下の有意差を示す遺伝子群が、1000以上同定された。その内の多くが新規p53下流遺伝子であり、今回の解析の結果、p53によって制御される複数の遺伝子群が明らかとなった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
今回の解析により、多くの遺伝子がp53によって発現誘導されることが示された。しかもその多くが新規p53下流遺伝子であり、また新規のnon-coding RNAも複数同定されている。本研究によりp53の遺伝子制御機構の全貌が示されたと考えられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
今回のスクリーングで同定された遺伝子について、癌化での意義についてノックアウトマウスを用いた解析を進める予定である。さらに癌組織における遺伝子変異や発現についても検討し、予後との相関などバイオマーカーとしての可能性も解析する予定である。
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[Journal Article] Antitumor Activity and Induction of TP53-Dependent Apoptosis toward Ovarian Clear Cell Adenocarcinoma by the Dual PI3K/mTOR Inhibitor DS-7423.2014
Author(s)
T. Kashiyama, K. Oda, Y. Ikeda, Y. Shiose, Y. Hirota, K. Inaba, C. Makii, R. Kurikawa, A. Miyasaka, T. Koso, T. Fukuda, M. Tanikawa, K. Shoji, K. Sone, T. Arimoto, O. Wada-Hiraike, K. Kawana, S. Nakagawa, K. Matsuda, F. McCormick, H. Aburatani, T. Yano, Y. Osuga, T. Fujii
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Journal Title
Plos one
Volume: 9
Pages: e87220
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Identification of a functional variant in the MICA promoter which regulates MICA expression and increases HCV-related hepatocellular carcinoma risk.2014
Author(s)
P.H. Lo, Y. Urabe, V. Kumar, C. Tanikawa, K. Koike, N. Kato, D. Miki, K. Chayama, M. Kubo, Y. Nakamura, K. Matsuda
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Journal Title
Plos one
Volume: 8
Pages: e61279
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Impact of PSCA variation on gastric ulcer susceptibility.2013
Author(s)
C. Tanikawa, K. Matsuo, M. Kubo, A. Takahashi, H. Ito, H. Tanaka, Y. Yatabe, K. Yamao, N. Kamatani, K. Tajima, Y. Nakamura, K. Matsuda
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Journal Title
Plos one
Volume: 8
Pages: e63698
DOI
Peer Reviewed
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