2013 Fiscal Year Annual Research Report
全ゲノム・トランスクリプトームのシステム的統合解析による肝癌の非コード領域の理解
Publicly Offered Research
| Project Area | Integrative Systems Understanding of Cancer for Advanced Diagnosis, Therapy and Prevention |
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| Project/Area Number |
25134717
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
中川 英刀 独立行政法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | トランスクリプトーム / 非コード領域 |
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| Research Abstract |
本研究では、ストランド（転写方向）を加味したトランスクリプトーム解析Directional RNA-Seqを肝癌の臨床サンプルについて遂行し、lncRNAを含む肝癌トランスクリプトームの包括的プロファイルを構築する。そして、研究代表者が推進してきた肝癌の全ゲノムシークエンス(WGS)により明らかになった非コード領域を含むゲノム変異情報と統合おぽび比較解析することにより、非コード領域に焦点を絞ったがんのシステム異常の解明を図ることを目的とする。
今年度、全ゲノムシークエンスを行った270例の肝癌のうち、質の高いRNAが抽出できた約200例の肝癌組織およびその非癌部肝臓のRNA-Seqを終了した。
解析方法の構築のため、２０例のB型肝炎関連の肝がんについて、WGSとRNA-Seqの統合・比較解析を行い、RNA splicingに影響のある体細胞変異、融合遺伝子を作り出す構造異常、ウイルスとの融合転写産物を作りだすHBVゲノムの挿入を多数同定した。
この解析方法を今後、２００例以上の肝がんのWGSとRNA-Seqとの統合解析に応用していく予定である。
また、ＷＧＳで同定した非コード領域の変異とトランスクリプトームとの関連解析を現在行っており、癌特異的に発現するanti-sense trascriptを多数同定してきている。さらには、肝臓に特異的に大量に発現するmiRNAの周辺に体細胞変異が集積していることを見出した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
データ量がきわめて多く、データ解析を行うための人材とコンピューターリソースがやや不足している。
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| Strategy for Future Research Activity |
データ量が多いため、ＷＧＳにて体細胞変異が集積する非コード領域部分のトランスクリプトームへの影響の検討について、集中して解析を行っていく。
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Research Products
(7 results)
