2013 Fiscal Year Annual Research Report
システム生物学的アプローチによる希少がんの分子病態解明と臨床病態の予測
Publicly Offered Research
| Project Area | Integrative Systems Understanding of Cancer for Advanced Diagnosis, Therapy and Prevention |
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| Project/Area Number |
25134719
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Research Institution | National Center of Neurology and Psychiatry |
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Principal Investigator |
谷内田 真一 独立行政法人国立がん研究センター, 研究所, ユニット長 (20359920)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 希少がん / エクソン解析 / コピー数解析 |
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| Research Abstract |
平成25年度は対象とする希少がんを国内8施設と米国・John Hopkins大学から収集を開始した。がん部と非がん部の凍結組織を凍結用包埋剤（OCTコンパウンド）で固定し、クライオスタットで凍結切片を作成し、がん組織の組織像の確認と組織内のがん細胞密度を検討した。細胞密度の高い領域（60%以上）をマクロダイセクションを行い、DNAをフェノール・クロロホルム法で抽出した。二本鎖DNA濃度を確認後に、アコースティック・ソルビライザー（Covaris）でDNAを断片化し、SureSelct ターゲットDNA濃縮キット（アジレント社）でヒトゲノムの全エクソン領域のキャプチャを行った。国立がん研究センターに設置されている高速シークエンサー（HiSeq 2000、イルミナ社）を用いて全エクソン解析を行い、大型計算機を用いてがん部と非がん部の全エクソン領域の塩基配列を比較検討した。平均188xの良好なカバー率が得られた。このがん腫の特徴的な遺伝子変異を検討している。
また、コピー数解析をCGHアレイ（アジレント SurePrint G3 Human CGH 1 x 1M）を用いて行った。データはがん部と非がん部のデータを既報のアルゴリズム（GISTIC解析）を用いて、DNAコピー数の変化をプロファイリングを行っている。
同時のこれらの患者の臨床情報を収集し、これらのゲノムデータとの関連性を検討している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
希少がんではあるが、本邦のハイボリュームセンターや米国・Johns Hopkins大学と共同研究を行うことで、予定以上の試料が収集可能であったため。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、がん遺伝子やがん抑制遺伝子と考えられる候補Driver遺伝子について、SureSelectとは異なるターゲットエンリッチシステム（HaloPlexターゲットDNA濃縮キット、アジレント社）を用いて前処理を行う。高速シークエンサー（HiSeq 2000）を用いて、高いカバー率（1000x）のシークエンス情報を取得する。新たな症例を加え、突然変異の有無・正確なアリル頻度を解析する。
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