2013 Fiscal Year Annual Research Report
一細胞シークエンシングによる、抗がん剤耐性獲得過程でのがん細胞進化の解明
Publicly Offered Research
| Project Area | Integrative Systems Understanding of Cancer for Advanced Diagnosis, Therapy and Prevention |
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| Project/Area Number |
25134721
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Research Institution | National Center of Neurology and Psychiatry |
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Principal Investigator |
加藤 護 独立行政法人国立がん研究センター, 研究所, ユニット長 (40391916)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 一細胞シークエンス / 次世代シークエンサー / がんゲノム / バイオインフォマティクス / 抗がん剤耐性 |
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| Research Abstract |
本年度の達成目標は、細胞株を使ったシングルセル･シークエンスの技術確認である。まずは予定通り、HCC78 株から抗がん剤Crizotinib 耐性の子株を得た。子株６株に対し、バルクセル･シークエンスと数細胞のシングルセル･シークエンスを行った。シングルセル・シークエンスの過程では、micro-manipulation による細胞分離と、全ゲノム増幅の工程を経ている。それらシークエンスのデータをバイオインフォマティクス的手法により情報処理し、バルクセル･シークエンスに比したシングルセル・シークエンスの性質を調べた。これらの工程を通し、シングルセル･シークエンスの技術確認が出来た。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
予定通り、抗がん剤耐性株を得、バルクセルおよびシングルセルでシークエンスをし、バルクセル･シークエンスに比べたシングルセル・シークエンスの性質を調べ、情報処理を行い、技術確認を完了したため。
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| Strategy for Future Research Activity |
今回の技術確認を通して、変異同定の精度を上げるためにはバイオインフォマティクス･パイプラインのチューニングが必要なことが分かった。現在さらなる実験を通して、そのチューニングを行っている。また今回の技術確認を通して、細胞の分離工程が技術上極めて重要なステップであることが分かった。一細胞シークエンスの場合、臨床サンプルは凍結などで保存できず、即座に細胞を分離しなければならない。この意味でも細胞分離は重要である。これらに関し、より効率的かつ高精度に細胞を分離する機器が当研究所に導入されたため、micro-manipulation ではなく、その機器を試す。これによって本年度の目標である臨床サンプルでの一細胞シークエンスが実現できると期待される。
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Research Products
(3 results)
