• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2014 Fiscal Year Annual Research Report

高速AFMを用いたKaiタンパク質の複合体形成過程のダイナミクス観察

Publicly Offered Research

Project AreaDynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
Project/Area Number 26102515
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

内橋 貴之  金沢大学, 数物科学系, 教授 (30326300)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
Keywordsタンパク質 / 一分子イメージング / 走査型プローブ顕微鏡 / 高速原子間力顕微鏡
Outline of Annual Research Achievements

KaiAとKaiBのKaiCへの結合は, KaiC単量体にある2ヶ所のリン酸化部位のリン酸化状態に依存することが知られている。そこで, リン酸化をミミックする変異体(S431D)と脱リン酸化をミミックする変異体(S431A/T431A)に対して, KaiAおよびKaiBとの複合体形成を観察した。
リン酸化あるいは脱リン酸化KaiCを配向制御して基板に固定し, 観察溶液にKaiAを加えて観察を行った。リン酸化変異体では, CI側へのKaiAの結合は全く見られなかった。一方, CII側ではKaiAが結合と解離を繰り返す様子が見られた。KaiAのKaiCへの結合時間を解析したところ, 時定数約0.9 s 程度でKaiCから解離することがわかった。脱リン酸化KaiCでもKaiAのCI側への結合は見られなかったが, CII側へのKaiAの結合時間が大幅に伸び, ほとんど解離しないことがわかった。KaiAがKaiCのCII側にのみ結合することは, いろいろな手法によりこれまで提唱されてきたモデルと一致するが, KaiCのリン酸化状態に依存して結合時間が変わることを初めて明らかにした。
次に, KaiCとKaiBの相互作用について調べた。リン酸化KaiCでは, KaiBのCII側への結合は観察されたが, その頻度は非常に少なく数秒で解離した。一方, CI側ではKaiBのモノマーがKaiC六量体リングにリング状に結合することがわかった。KaiBがリング状に結合しているKaiCと1個も結合していないKaiCの両方が存在することから, KaiBのKaiCへの結合に何らかの協同性があることが示唆された。脱リン酸化KaiCではCIとCIIの両ドメインに対して明らかなKaiBの結合は見られなかった。KaiBのKaiCへの結合に関して, これまでCI側とCII側のどちらに結合するか, 相矛盾する実験データが提示されていたが, 今回の高速AFM観察からCI側に結合することが明瞭に示された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

KaiCの配向制御した基板への固定法が予想より早く確立でき、KaiAとKaiC、KaiBとKaiCの相互作用部位やリン酸化状態に依存した相互作用の変化など、当初予想した以上の結果が得られたため。

Strategy for Future Research Activity

生化学的手法によりKaiCのリン酸化・脱リン酸化の概日周期測定を行いながら同時並行で高速AFM観察を行い、分子間相互作用と概日周期との関係を明らかにする。
また、基板でのKaiCの拡散を制御して、KaiC六量体のモノマー交換過程の観察を進める。

  • Research Products

    (17 results)

All 2015 2014

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 10 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Long-tip high-speed atomic force microscopy for nanometer-scale imaging in live cells2015

    • Author(s)
      M. Shibata, T. Uchihashi, T. Ando and R. Yasuda
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 5 Pages: 8724

    • DOI

      10.1038/srep0872

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Probing structural dynamics of an artificial protein cage using high-speedatomic force microscopy2015

    • Author(s)
      M. Imamura, T. Uchihashi, T. Ando, A. Leifert, U. Simon, A. D. Malay and J. G. Heddle
    • Journal Title

      Nano Letters

      Volume: 15 Pages: 1331-1335

    • DOI

      10.1021/nl5045617

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Two-way traffic of glycoside hydrolase family 18 processive chitinases on crystalline chitin2014

    • Author(s)
      K. Igarashi, T. Uchihashi, T. Uchiyama, H. Sugimoto, M. Wada, K. Suzuki, S. Sakuda, T. Ando, T. Watanabe, and M. Samejima
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 5 Pages: 3975

    • DOI

      0.1038/ncomms4975

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] キチナーゼによる結晶性キチンのプロセッシブ(連続的)な分解機構の解明2014

    • Author(s)
      杉本華幸, 五十嵐圭日子, 内橋貴之, 鈴木一史, 渡邉剛志
    • Journal Title

      日本応用糖質化学会誌

      Volume: 4 Pages: 107-112

  • [Journal Article] 高速原子間力顕微鏡による生体試料のダイナミクス観察2014

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Journal Title

      膜誌

      Volume: 39 Pages: 322-328

  • [Journal Article] 高速原子間力顕微鏡による生体分子のナノ動体撮影2014

    • Author(s)
      古寺哲幸, 内橋貴之, 安藤敏夫
    • Journal Title

      日本物理学会誌

      Volume: 69 Pages: 459-464

  • [Presentation] High-speed atomic force microscope for imaging of biomolecular dynamics at solid surface2015

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      10th Annual International Electromaterials Science Symposium
    • Place of Presentation
      Wollongong, Australia
    • Year and Date
      2015-02-11
    • Invited
  • [Presentation] Visualization of single molecule dynamics at work with high-speed atomic force microscopy2015

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      The 7th Biennial Australian Colloid & Interface Symposium
    • Place of Presentation
      Hobart, Tasmania, Australia
    • Year and Date
      2015-02-03
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡によるタンパク質のダイナミクスと物性計測2015

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      NIBBバイオイメージングフォーラム「物理特性のイメージング」
    • Place of Presentation
      基礎生物学研究所, 愛知県
    • Year and Date
      2015-01-27
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡の開発とバイオ応用2015

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      新世代研究所 水和ナノ構造・界面ナノ科学合同研究会「固液界面の水和ナノ構造と生体高分子ダイナミクス」
    • Place of Presentation
      伊豆長岡温泉 天坊, 静岡県
    • Year and Date
      2015-01-25
    • Invited
  • [Presentation] High-speed atomic force microscope for studying dynamic interactions in biomolecular system2015

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Place of Presentation
      合歓の郷,三重県
    • Year and Date
      2015-01-10
    • Invited
  • [Presentation] Single-molecule imaging of proteins at work with high-speed atomic force microscopy2014

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      16th International Conference on Retinal Proteins
    • Place of Presentation
      長浜ロイヤルホテル, 滋賀県
    • Year and Date
      2014-10-05
    • Invited
  • [Presentation] Cooperative Conformational Change in Ring-Shaped ATPase Observed by High-Speed AFM2014

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第52回日本生物物理学会年会 Japan-China-Taiwan Joint Symposium on Cooperativity in Supramolecular Machine
    • Place of Presentation
      札幌国際会議場, 北海道
    • Year and Date
      2014-09-26
    • Invited
  • [Presentation] High-speed atomic force microscopy for imaging of protein dynamics2014

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      Agilent Nanomeasure 2014
    • Place of Presentation
      Beijing, China
    • Year and Date
      2014-09-16
    • Invited
  • [Presentation] 高速AFMによる生体試料のダイナミクス観察2014

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      日本膜学会第36回年会境界領域シンポジウム
    • Place of Presentation
      早稲田大学, 東京都
    • Year and Date
      2014-05-03
    • Invited
  • [Presentation] Visualization of single molecule dynamics at work with high-speed atomic force microscopy2014

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      Single Protein Dynamics in Cellulo 2014: Spatio-Temporal, Structural and Quantitative Analyses
    • Place of Presentation
      沖縄科学技術大学院大学、沖縄県
    • Year and Date
      2014-04-23
    • Invited
  • [Book] “Development of high-speed AFM and its biological applications”, Chapter 8 in Atomic Force Microscopy in Nanobiology2014

    • Author(s)
      T. Uchihahsi, N. Kodera and T. Ando
    • Total Pages
      34
    • Publisher
      Pan Stanford Publishing

URL: 

Published: 2016-06-01  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi