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2015 Fiscal Year Annual Research Report

高速AFMを用いたKaiタンパク質の複合体形成過程のダイナミクス観察

Publicly Offered Research

Project AreaDynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
Project/Area Number 26102515
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

内橋 貴之  金沢大学, 数物科学系, 教授 (30326300)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
Keywords一分子計測(SMD) / 蛋白質 / 走査プローブ顕微鏡 / ナノバイオ
Outline of Annual Research Achievements

前年度までにKaiAはKaiCのCIIリング側のみに結合でき、リン酸化KaiCには結合解離を繰り返し、脱リン酸化KaiCには長時間結合することを明らかにした。本年度は、KaiC-KaiA間の相互作用をさらに詳細に調べため、試験管中にKaiA/KaiB/KaiCとATPを混合し、一定時間ごとに試験管から取り出して、KaiCを基板に吸着した状態でKaiAとの相互作用を観察した。その結果、KaiAがKaiCに結合した後に解離するまでの解離速度定数(Koff)がKaiCのリン酸化状態に同期して24時間周期で振動することを見出した。さらに、KaiCの二ヶ所のリン酸化部位(S431, T432)それぞれに対してリン酸化と脱リン酸化状態をミミックした変異体(KaiC-ST, KaiC-SpT, KaiC-pSpT, KaiC-pST)へのKaiAの結合解離を観察し、S431のリン酸化状態がKaiAとの相互作用に最も影響を及ぼしていることもわかった。
一方、 KaiBに関してはリン酸化KaiCのCIIリングにも結合することを前年度に明らかにしたが、これについても本年度さらに検討を進めた。リン酸化KaiCが自己脱リン酸化されていく過程で、KaiCに結合するKaiBの分子数を調べたところ、最初は結合分子数は脱リン酸化とともに増加し、約5時間後をピークに減少に転じることがわかった。電気泳動によるKaiCの二ヶ所のリン酸化部位における自己脱リン酸化過程と比較したところ、KaiBのKaiCへの親和性もS431のリン酸化状態に依存していることがわかった。また、KaiCと親和性を高くした変異体KaiBでの測定から、KaiBモノマーはKaiC六量体のサブユニットに協同的に結合することを明らかにした。
これらの成果はKaiタンパク質の分子間相互作用を一分子レベルで解析し、さらに、分子の結合と解離が概日周期と直接的に相関していることを示した初めての例であり、現在、国際共同研究を通じて数理計算による詳細な解析を進めており、高速AFM解析と合わせて概日周期の分子機構に迫れるものと期待される。

Research Progress Status

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

27年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (13 results)

All 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 8 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Vanderbilt University/Spring Hill College(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Vanderbilt University/Spring Hill College
  • [Journal Article] Potential pre-pore trimer formation by the Bacillus thuringiensis mosquito-specific toxin: Molecular insights into a critical prerequisite of membrane-bound monomers2015

    • Author(s)
      Wilaiwan Sriwimol, Aratee Aroonkesorn, Somsri Sakdee, Chalermpol Kanchanawarin, Takayuki Uchihashi, Toshio Ando and Chanan Angsuthanasombat
    • Journal Title

      The Journal of Biological Chemistry

      Volume: 290 Pages: 20793-20803

    • DOI

      10.1074/jbc.M114.627554

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Method of mechanical holding of cantilever chip for tip-scan high-speed atomic force microscopy2015

    • Author(s)
      Shingo Fukuda, Takayuki Uchihashi, Toshio Ando
    • Journal Title

      Review of Scientific Instruments

      Volume: 86 Pages: 063703

    • DOI

      10.1063/1.4922381

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Functional extension of high-speed atomic force microscopy2015

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi, Hiroki Watanabe, Shingo Fukuda, Mikihiro Shibata and Toshio Ando
    • Journal Title

      Ultramicroscopy

      Volume: 160 Pages: 182-196

    • DOI

      10.1016/j.ultramic.2015.10.017

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡で探る生体分子の機能ダイナミクス2016

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      表面科学技術研究会2016 生きている固体と界面 ~走査型プローブ顕微鏡で探る~
    • Place of Presentation
      神戸大学
    • Year and Date
      2016-01-21
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡で可視化する生体分子の構造ダイナミクス2015

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      2015年度日本物理学会北陸支部定例学術講演会
    • Place of Presentation
      金沢大学
    • Year and Date
      2015-11-28
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡で可視化するタンパク質の機能動態2015

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第8回北陸合同バイオシンポジウム
    • Place of Presentation
      山中温泉、石川
    • Year and Date
      2015-10-30
    • Invited
  • [Presentation] Direct Visualization of Single Molecule Dynamics at Work with High-Speed Atomic Force Microscopy2015

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      The 15th KIAS Conference on Protein Structure and Function
    • Place of Presentation
      KIAS、ソウル
    • Year and Date
      2015-09-17 – 2015-09-19
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Structural Flexibility and Chaperon Activity of ClpB Observed by High-Speed AFM2015

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      Symposium: Functions of biomolecules controlled by flexibility”、第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学
    • Year and Date
      2015-09-13 – 2015-09-15
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Single-molecule manipulation and control of protein conformational dynamics using high-speed AFM2015

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      KAKENHI International Symposium on “Studying the Function of Soft Molecular Systems”
    • Place of Presentation
      未来科学館、台場
    • Year and Date
      2015-07-09 – 2015-07-11
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] High-speed atomic force microscopy: A new tool for studying protein dynamics at work2015

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      IMS Asian International Symposium “Supramolecular Dynamics at the Interface of Chemistry and Biology”
    • Place of Presentation
      岡崎統合バイオ、岡崎
    • Year and Date
      2015-06-12 – 2015-06-13
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡で可視化する分子動態と細胞運動2015

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      日本顕微鏡学会第71回学術講演会
    • Place of Presentation
      京都国際会議場
    • Year and Date
      2015-05-19
    • Invited
  • [Book] “光と生命の辞典” 第5章 「光による生命現象の計測」177節 高速原子間力顕微鏡2015

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Total Pages
      436
    • Publisher
      朝倉書店

URL: 

Published: 2017-01-06   Modified: 2022-01-28  

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