2014 Fiscal Year Annual Research Report
シス調節配列多型に依存するマウス亜種間雑種のトランスクリプトームの解析
Publicly Offered Research
| Project Area | Correlative gene system: establishing next-generation genetics |
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| Project/Area Number |
26113721
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| Research Institution | 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(新領域融合研究センター及びライフサイ |
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Principal Investigator |
木曽 彩子(岡彩子) 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(新領域融合研究センター及びライフサイ, 新領域融合研究センター, 融合プロジェクト研究員 (80425834)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 生殖隔離 / エンハンサー / コンソミック系統 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
遺伝子の転写調節は、プロモーターやエンハンサーなどのシス調節領域と、転写調節因子などのトランス因子との相互作用によって行われる。種分化の過程において、分岐したそれぞれの種に蓄積したシス調節領域内の塩基多型や、トランス因子内におきたアミノ酸置換は、標的遺伝子の転写量を変化させる。また、雑種個体においては、時としてシス-トランス不適合により遺伝子の転写量の極端な低下を引き起こし、特に生殖関連の遺伝子発現に影響を与えることがこれまでの研究により明らかになった。しかし、実際にどのような系統間多型がシス-トランス転写調節に影響を与えるのか、また個々の多型が転写調節に与える影響の程度などを評価するための細胞レベルでの解析は進んでおらず、この点を明らかにするのが本研究の目的である。これまでに、すでにES細胞及び精巣の生殖細胞と体細胞のトランスクリプトーム解析(RNA-seq)が完了している。現在は、すでに得られている転写制御に関わるヒストン修飾(H3K4me3, H3K4me1, H3K27me3のChIP-seqによる)の系統間差異と、標的遺伝子の発現差との相関を解析中である。系統間の発現差が大きい遺伝子については、これまでのヒストン修飾データとENCODEなどによるDNase hyper sensitive siteなどの既存データを組み合わせたin silico解析によって、エンハンサー候補が絞られつつあり、現在はエンハンサーとプロモーターの相関を確認するための3C法やエンハンサー活性を評価するためのLuc assay法を用いて、エンハンサー内の系統間多型の影響を評価するための実験系を準備している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
マウス亜種間染色体置換系統（コンソミック系統）からES細胞を樹立し、これのRNA-seqによるトランスクリプトーム解析は完了している。現在は、データ解析と、検証実験のための準備をしている段階であり、概ね順調に進展していると言える。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、ES細胞と精巣細胞を用いた3C法やLuc assay法により、エンハンサー内の系統間多型の影響を評価する。また、27年度の計画書にある通り、ES細胞を神経細胞へと分化誘導した際のトランスクリプトームの変遷とシス領域内の系統間多型の影響を評価するため、分化細胞のRNA-seqも実施する予定である。
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