2015 Fiscal Year Annual Research Report
人工代謝経路のスコープの拡張
Publicly Offered Research
| Project Area | Synthetic biology for the comprehension of biomolecular networks |
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| Project/Area Number |
26119711
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| Research Institution | Kobe University |
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Principal Investigator |
荒木 通啓 神戸大学, 自然科学系先端融合研究環重点研究部, 准教授 (40396867)
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| Project Period (FY) |
2014-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 合成生物学 / 代謝工学 / バイオインフォマティクス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
代謝経路は、要素としての化合物情報・酵素情報とそれらを有機的に結びつける反応ペア情報により構成されており、多要素が相互作用する生体分子ネットワークの一つである。本研究では、すでに開発している化学・生物情報解析による網羅的な人工代謝経路の設計基盤をもとに化合物・酵素で構成される代謝ネットワークのスコープを多要素化の観点から有機的に拡張していくための検討を行った。具体的には、PubChemデータベースより様々な化合物群を網羅的に抽出し、各化合物に対して代謝経路を網羅的に設計していくことで、得られた代謝パスウェイ候補群を化合物データベースに関連づけた代謝設計プラットフォームを開発した。網羅的な代謝経路設計をもとに、マニュアルキュレーションを実施し、新規の酵素反応ならびにバイオ合成可能な化合物群を同定した。また、化合物種毎に体系化した独自の化合物データベースと代謝経路のユーザインターフェイスを統合した新たな人工代謝経路データベースを構築した。さらに、特定のモデル生物毎にウェブベースの代謝経路エディタを構築し、推定された人工代謝経路を既存の代謝経路に統合したデータ形式に変換することで、新たな拡張代謝パスウェイの再構築と視覚化を行うシステムを開発した。これを利用して、人工代謝経路の静的ネットワーク解析・代謝フラックス解析による評価方法を開発するとともに、得られた結果を視覚化できる基盤を開発した。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Improvement of oxidized glutathione fermentation by thiol redox metabolism engineering in Saccharomyces cerevisiae2015
Author(s)
Hara, K.Y., Aoki, N., Kobayashi, J., Kiriyama, K., Nishida, K., Araki, M., Kondo, A.
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Journal Title
Appl. Microbiol. Biotechnol.
Volume: 99
Pages: 9771-9778
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Evaluation of genes involved in oxidative phosphorylation in yeast by developing a simple and rapid method to measure mitochondrial ATP synthetic activity2015
Author(s)
Ye, X., Morikawa, K., Ho, SH., Nishida, K., Araki, M., Hasunuma, T., Hara, K.Y., Kondo, A.
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Journal Title
Microbial Cell Factories
Volume: 14
Pages: 56
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Development of M-path platform for Navigating Potential Metabolic Pathways2015
Author(s)
Ogawa, T., Makiguchi, H., Cox III, RS., Nakatsui M., Kondo, A., and Araki, M.
Organizer
ISMB 2015
Place of Presentation
the Convention Centre Dublin【Dublin（Ireland）】
Year and Date
2015-07-10 – 2015-07-14
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[Presentation] New approach for Metabolomics pathway analysis2015
Author(s)
Oshida, T., Ogawa, T., Yokoi, Y., Fukamachi, Y., Araki, M., Makiguchi, H.
Organizer
ASMS2015
Place of Presentation
America's Center【St. Louis（USA）】
Year and Date
2015-05-31 – 2015-06-04
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