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Intrinsic periodicity of cellular systems and its modulation as the driving force be

Organizer

Project AreaIntrinsic periodicity of cellular systems and its modulation as the driving force behind plant development
Project/Area Number 19H05670
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

中島 敬二  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (80273853)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 上田 貴志  基礎生物学研究所, 細胞動態研究部門, 教授 (10311333)
植田 美那子  東北大学, 生命科学研究科, 教授 (20598726)
望月 敦史  京都大学, 医生物学研究所, 教授 (10304726)
近藤 洋平  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(新分野創成センター、アストロバイオロジーセンター、生命創成探究, 生命創成探究センター, 助教 (00724444)
稲見 昌彦  東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (00345117)
遠藤 求  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (80551499)
深城 英弘  神戸大学, 理学研究科, 教授 (80324979)
河内 孝之  京都大学, 生命科学研究科, 教授 (40202056)
小田 祥久  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (30583257)
塚谷 裕一  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (90260512)
Project Period (FY) 2019-06-28 – 2024-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥278,590,000 (Direct Cost: ¥214,300,000、Indirect Cost: ¥64,290,000)
Fiscal Year 2022: ¥39,260,000 (Direct Cost: ¥30,200,000、Indirect Cost: ¥9,060,000)
Fiscal Year 2021: ¥32,630,000 (Direct Cost: ¥25,100,000、Indirect Cost: ¥7,530,000)
Fiscal Year 2020: ¥39,260,000 (Direct Cost: ¥30,200,000、Indirect Cost: ¥9,060,000)
Fiscal Year 2019: ¥134,810,000 (Direct Cost: ¥103,700,000、Indirect Cost: ¥31,110,000)
Keywords植物発生 / 周期性 / 画像解析 / 数理解析 / 人間拡張工学 / 細胞動態
Outline of Research at the Start

植物は一生を通じて器官や組織を作り続けながら成長する。このような特性に起因して、植物の形態には固有の周期性が現れる。植物の周期形態は遺伝的プログラムや環境変化といった、内的・外的因子により変化し、植物はこれを積極的に利用することで、器官のかたちや細胞の機能を変化させる。植物の形態や成長に現われるこのような「可塑的な周期性」は、植物個体の内部に潜在する未知の周期性とその変調に起因すると考えられるが、周期の実体やそれが形態へ現れる仕組みは不明である。本新学術領域では、植物科学者・情報科学者・理論生物学者が密接に連携して共同研究を展開し、周期と変調の視点から植物の発生原理を解明する。

Outline of Annual Research Achievements

令和元年7月の領域発足直後に基礎生物学研究所で総括班のメンバーが集結して領域運営会議を行い、メンバーの役割分担を再確認するとともに、本年度の活動計画を策定した。9月下旬に東京大学でキックオフミーティングを開催し、領域のコンセプトを周知するとともに、公募班の募集活動を行った。同時に第1回総括班会議を開催し、総括班員、評価委員、学術調査官で今後の領域運営に関して意見交換を行った。領域ホームページとツイッターアカウントを開設し、情報提供と広報活動を開始した。
研究支援班については、①細胞動態観察支援、②画像情報解析支援、③理論モデル構築支援、④一細胞解析支援、の4つについて、必要な顕微鏡や計算機などを購入し、領域HPでの周知を含めた支援体制を整えた。12月に東大の先端科学技術研究センターにて人間拡張道場を開催した。数理解析のマッチング研究会を複数回開催した。
国際活動支援としては、若手研究者の海外派遣支援を行った。国内学会のシンポジウムにスピーカーとして2名の海外研究者を招聘した(コロナウィルス感染症の拡大で学会の実地開催がキャンセルとなり、要旨での発表認定となった)。翌年度の国際シンポジウム開催に向けて開催実行委員会を組織し、会場の確保とスピーカーの招聘を行った。
若手支援として、11月に2泊3日の合宿形式で若手ワークショップを開催した。大学院生や研究員による成果発表に加え、数理解析道場、画像解析道場、キャリア支援セミナーを開催した。
12月に東大理学研究科内で領域会議を開催し、各計画班と総括班分担者による成果発表と研究討論を行った。同時に第2回総括班会議を開催し、本年度の活動を総括するとともに、翌年度の活動計画を議論した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

領域の発足直後に運営会議を開催し、総括班メンバーで領域の活動と役割分担を再確認した。ホームページやSNSでの広報活動や、キックオフミーティング等の公募班募集活動を速やかに開始することが出来た。研究支援班においては設備の導入を完了した。数理生物学、画像解析、人間拡張道場の3つの参加型ワークショップを開催し、実際の支援のみならず、融合研究の立ち上げやアイデアの交換を行うことが出来た。若手ワークショップやキャリア支援セミナーの開催、海外派遣支援を展開して、若手研究者の支援やネットワークづくりを行うことが出来た。領域会議での研究討論や、総括班会議での領域運営に関する議論も円滑に行うことが出来た。

Strategy for Future Research Activity

5-6月に公募研究採択者に対して個別あるいはグループでのオンライン討論を行う。各課題の研究代表者とその研究協力者、領域代表者と関連する総括班研究者が参加する。領域会議を7月と年度末の2回開催する。領域会議に付随して総括班会議を開催し、評価委員や学術調査官を交えて、関連分野の動向分析と領域運営の計画と実績を確認する。
総括班による、①細胞動態観察支援、②画像情報解析支援、③理論モデル構築支援(数理生物学支援)、④一細胞解析支援、の4つの研究支援の対象を、公募研究班にまで拡大して継続する。画像情報解析、数理生物学、人間拡張工学については、総括班担当者の主催により参加型研究会(道場)を開催する。人間拡張工学については、植物学者と情報学者の協働によるアイデアソンを開催し、異分野融合研究の実体化を促進する。
国際活動支援班では、11月に国際シンポジウムと国際若手ワークショップ開催する。今年度も若手研究者海外渡航支援を行う。今年度は5名程度に対して支援を行う。
広報活動においては、領域ホームページにおいて、公募研究課題の内容を追加する。引き続きSNSやプレスリリースを通じた広報・支援活動を行う。
本年度の研究活動については、新型コロナウィルス感染症の対策を講じながら、状況に応じてオンライン開催に変更する。国際シンポジウムや国際若手ワークショップ、海外渡航支援についても、感染症の拡大状況をみながら開催方法を検討する。

Report

(1 results)
  • 2019 Annual Research Report

Research Products

(10 results)

All 2020 2019 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 6 results) Presentation (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Time-Series Single-Cell RNA-Seq Data Reveal Auxin Fluctuation during Endocycle2020

    • Author(s)
      Kotaro Torii
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 61 Pages: 243254-243254

    • DOI

      10.1093/pcp/pcz228

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dimorphic Leaf Development of the Aquatic Plant Callitriche palustris L. Through Differential Cell Division and Expansion2020

    • Author(s)
      Koga Hiroyuki、Doll Yuki、Hashimoto Kei、Toyooka Kiminori、Tsukaya Hirokazu
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 11 Pages: 269-269

    • DOI

      10.3389/fpls.2020.00269

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Lateral root initiation requires the sequential induction of transcription factors LBD16 and PUCHI in Arabidopsis thaliana2019

    • Author(s)
      Goh Tatsuaki、Toyokura Koichi、Yamaguchi Nobutoshi、Okamoto Yoshie、Uehara Takeo、Kaneko Shutaro、Takebayashi Yumiko、Kasahara Hiroyuki、Ikeyama Yoshifumi、Okushima Yoko、Nakajima Keiji、Mimura Tetsuro、Tasaka Masao、Fukaki Hidehiro
    • Journal Title

      New Phytologist

      Volume: 224 Pages: 749-760

    • DOI

      10.1111/nph.16065

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Novel Katanin-Tethering Machinery Accelerates Cytokinesis2019

    • Author(s)
      Sasaki T., Tsutsumi M., Otomo K., Murata T., Yagi N., Nakamura M., Nemoto T., Hasebe M., Oda Y.
    • Journal Title

      Current Biology

      Volume: 29

    • DOI

      10.1016/j.cub.2019.09.049

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Marchantia polymorpha, a New Model Plant for Autophagy Studies2019

    • Author(s)
      Norizuki T., Kanazawa T., Minamino N., Tsukaya H., Ueda T.
    • Journal Title

      Front. Plant Sci.

      Volume: 10 Pages: 935-935

    • DOI

      10.3389/fpls.2019.00935

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Multiple steps of leaf thickening during sun‐leaf formation in Arabidopsis2019

    • Author(s)
      Hoshino Rina、Yoshida Yuki、Tsukaya Hirokazu
    • Journal Title

      The Plant Journal

      Volume: 100 Pages: 738-753

    • DOI

      10.1111/tpj.14467

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Morphological characterization of domatium development in Callicarpa saccata2019

    • Author(s)
      Sarath Emma、Ezaki Kazune、Sasaki Takenori、Maekawa Yu、Sawada Yuji、Hirai Masami Yokota、Soejima Akiko、Tsukaya Hirokazu
    • Journal Title

      Annals of Botany

      Volume: 125 Pages: 521-532

    • DOI

      10.1093/aob/mcz193

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Enrichment of Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate in the Extra-Invasive Hyphal Membrane Promotes Colletotrichum Infection of Arabidopsis thaliana2019

    • Author(s)
      Shimada Takashi L、Betsuyaku Shigeyuki、Inada Noriko、Ebine Kazuo、Fujimoto Masaru、Uemura Tomohiro、Takano Yoshitaka、Fukuda Hiroo、Nakano Akihiko、Ueda Takashi
    • Journal Title

      Plant Cell Physiol.

      Volume: 60 Pages: 1514-1524

    • DOI

      10.1093/pcp/pcz058

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] MagniFinger: magnified perception by a fingertip probe microscope.2019

    • Author(s)
      Obushi, N., Wakisaka, S., Kasahara, S., Hiyama, A., and Inami, M.
    • Organizer
      SIGGRAPH 2019 Emerging Technologies
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 「植物の周期と変調」領域ホームページ

    • URL

      https://plant-periodicity.org/

    • Related Report
      2019 Annual Research Report

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Published: 2019-07-04   Modified: 2022-07-01  

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