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Mechanisms underlying replication of non-genomic codes that mediate plasticity and robustness for cellular inheritance

Organizer

Project AreaMechanisms underlying replication of non-genomic codes that mediate plasticity and robustness for cellular inheritance
Project/Area Number 19H05739
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

中西 真  東京大学, 医科学研究所, 教授 (40217774)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 河本 宏  京都大学, 医生物学研究所, 教授 (00343228)
油谷 浩幸  東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任研究員 (10202657)
有田 恭平  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 教授 (40549648)
Project Period (FY) 2019-06-28 – 2024-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥53,560,000 (Direct Cost: ¥41,200,000、Indirect Cost: ¥12,360,000)
Fiscal Year 2022: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2021: ¥11,180,000 (Direct Cost: ¥8,600,000、Indirect Cost: ¥2,580,000)
Fiscal Year 2020: ¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2019: ¥15,340,000 (Direct Cost: ¥11,800,000、Indirect Cost: ¥3,540,000)
Keywords非ゲノム情報複製 / 総括班研究 / 若手支援 / 技術支援 / 複製 / DNAメチル化 / ヒストン修飾 / 染色体高次構造 / 転写因子 / 非ゲノム情報
Outline of Research at the Start

総括班は、領域全体の総括、研究の進捗状況の確認・評価のみならず、研究推進上の諸問題を解決したり、班員間の調整を行うことを目的とする。また一般社会向けの公開シンポジウムや、アウトリーチ活動を支援するとともに、成果の取りまとめや国際活動等の領域全体の企画・運営も行う。さらに、次世代を担う非ゲノム情報研究者の育成を図り、領域全体の研究支援のために先端技術基盤を確立することも重要な役割である。

Outline of Annual Research Achievements

総括班は、領域全体の総括、研究の進捗状況の確認・評価のみならず、技術支援及び班員間の調整を行う目的で設置した。また一般社会向けの公開シンポジウムや、アウトリーチ活動を支援するとともに、成果の取りまとめや国際活動等の領域全体の企画・運営を行うことも目的とする。2020年度の総括班活動は、2019年度に開催予定でCOVID-19により延期していた国際シンポジウムの対面での開催を目指して調整したが、やはりCOVID-19蔓延による緊急事態宣言などで開催できず、2021年度開催に向けて準備を進めている。また国際シンポジウム他全ての総括班活動はCOVID-19のためオンラインでの実施となった。具体的には、2020年度は領域に公募班が加わったため、6月5日、7月13日、30日の3日にわたり領域全体会議をWebにて開催し、領域全体の研究について相互理解を深めた。また3月16日及び31日に総括班会議を開催し、COVID-19下における領域研究の進め方や方針について議論した。また外部評価委員からこれまでの領域研究の進展について評価を受けた。一方、対面でのシンポジウム開催が困難なことから、月1回の領域主催のWebinerを実施することとし、1月21日に領域外から3名の著名な研究者を招待して開催した。その他、染色体ワークショップ、核ダイナミクス研究会、エピジェネティックス研究会など複数の研究会を共催した。またアウトリーチ活動もCOVID-19下においても一部対面で実施した(緊急事態宣言等の制限のない時期で、かつ十分な感染予防対策を施した状況で)。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

2019年度同様に2020年度もCOVID-19蔓延により総括班活動は大きな影響を受けた。まず、全ての会議が対面での開催が困難であり、また会議予定が緊急事態宣言等の制限により延期を余儀なくされた。このような状況において、領域全体会議を3日にわたりWebで開催することができ、領域全体の研究内容を俯瞰し、かつ班員間での相互理解が深まったことは十分評価できる。また全く新しい試みとして、月1回のWebinerを企画・実施できたことは特筆すべきである。毎回計画班代表者1名が担当者となり、領域の研究テーマに関わる国内外の著名な研究者を招待して密に議論するもので、毎回領域外の研究者も含めて100名を超える参加者で活発な議論が行われている。一方、領域内の新たな共同研究については中々推進できないのが実情である。これは単に対面での会議がないため、各班員間での実施的な会話時間が非常に少ないことが原因と考えられる。これに対して領域内でのSlack等を立ち上げることで班員間でのコミュニケーションを促進することを試みているが、その効果は限定的であると思われる。この点において、COVID-19蔓延状態においては一部致し方のない面があると考えている。

Strategy for Future Research Activity

2021年度の総括班活動であるが、これについてはひとえにCOVID-19蔓延状況に依存している。当面、領域全体会議については5~6月にかけて2日間Webを用いたオンラインで開催する予定である。今後、COVID-19の収束が見られた場合、秋から冬にかけて対面での領域全体会議を再度開催する予定である。一方、月一回のWebinerについてはCOVID-19の状況に関わらず推進していきたいと考えている。このWebinerは領域班員間の研究情報の相互理解を深めるのみならず、領域外の関連する分野の研究者間との連携を図るとができ、領域研究を推進する上で非常に重要な位置づけとなっている。一方、現状を鑑みると対面での国際シンポジウムの開催も本年度は非常に困難であると考えられる。このような状況で、国際シンポジウムを代替する方策として、Webinerを利用して本領域の国際連携研究者を招待したWebシンポジウムの開催を予定している。具体的には、3ヶ月に一度程度国際連携研究者1名と領域内から若手2名ほど、合計3名でのミニシンポジウムの開催を企画している。このようなミニシンポジウムを複数回開催することで、国際シンポジウムによる先端研究知見の獲得と同等の効果が得られるものと期待している。国際シンポジウムについては対面での開催が可能になった場合には直ちに企画・開催する方向で予定している。

Report

(1 results)
  • 2020 Annual Research Report

Research Products

(37 results)

All 2021 2020

All Journal Article (18 results) (of which Int'l Joint Research: 18 results,  Peer Reviewed: 18 results,  Open Access: 18 results) Presentation (19 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 19 results)

  • [Journal Article] A 3D tissue model-on-a-chip for studying the effects of human senescent fibroblasts on blood vessels2021

    • Author(s)
      Pauty Joris、Nakano Shizuka、Usuba Ryo、Nakajima Tadaaki、Johmura Yoshikazu、Omori Satotaka、Sakamoto Naoya、Kikuchi Akihiko、Nakanishi Makoto、Matsunaga Yukiko T.
    • Journal Title

      Biomaterials Science

      Volume: 9 Pages: 199-211

    • DOI

      10.1039/d0bm01297a

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  • [Journal Article] Senolysis by glutaminolysis inhibition ameliorates various age-associated disorders2021

    • Author(s)
      Johmura Y, Nakanishi M, et al
    • Journal Title

      Science

      Volume: 371 Issue: 6526 Pages: 265-270

    • DOI

      10.1126/science.abb5916

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  • [Journal Article] TP53/p53-FBXO22-TFEB controls basal autophagy to govern hormesis2021

    • Author(s)
      Suzuki Narumi、Johmura Yoshikazu、Wang Teh-Wei、Migita Toshiro、Wu Wenwen、Noguchi Rei、Yamaguchi Kiyoshi、Furukawa Yoichi、Nakamura Shuhei、Miyoshi Ichiro、Yoshimori Tamotsu、Ohta Tomohiko、Nakanishi Makoto
    • Journal Title

      Autophagy.

      Volume: 11 Pages: 1-18

    • DOI

      10.1080/15548627.2021.1897961

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Crystal structure of inhibitor-bound human MSPL that can activate high pathogenic avian influenza2021

    • Author(s)
      Ohno Ayako、Maita Nobuo、Tabata Takanori、Nagano Hikaru、Arita Kyohei、Ariyoshi Mariko、Uchida Takayuki、Nakao Reiko、Ulla Anayt、Sugiura Kosuke、Kishimoto Koji、Teshima-Kondo Shigetada、Okumura Yuushi、Nikawa Takeshi
    • Journal Title

      Life Sci Alliance .

      Volume: 4

    • DOI

      10.26508/lsa.202000849

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  • [Journal Article] Possible NK cell-mediated immune responses against iPSC-derived cells in allogeneic transplantation settings2021

    • Author(s)
      Masuda Kyoko、Kawamoto Hiroshi
    • Journal Title

      Inflammation and Regeneration

      Volume: 41

    • DOI

      10.1186/s41232-020-00150-7

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  • [Journal Article] Trib1 promotes acute myeloid leukemia progression by modulating the transcriptional programs of Hoxa92021

    • Author(s)
      Yoshino Seiko、Yokoyama Takashi、Sunami Yoshitaka、Takahara Tomoko、Nakamura Aya、Yamazaki Yukari、Tsutsumi Shuichi、Aburatani Hiroyuki、Nakamura Takuro
    • Journal Title

      Blood

      Volume: 137 Pages: 75-88

    • DOI

      10.1182/blood.2019004586

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Synthetic hyperacetylation of nucleosomal histones2020

    • Author(s)
      Kajino Hidetoshi、Nagatani Tomomi、Oi Miku、Kujirai Tomoya、Kurumizaka Hitoshi、Nishiyama Atsuya、Nakanishi Makoto、Yamatsugu Kenzo、Kawashima Shigehiro A.、Kanai Motomu
    • Journal Title

      RSC Chemical Biology

      Volume: 1 Pages: 56-59

    • DOI

      10.1039/d0cb00029a

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] FBXO22, an epigenetic multiplayer coordinating senescence, hormone signaling, and metastasis2020

    • Author(s)
      Johmura Yoshikazu、Harris Alexander S.、Ohta Tomohiko、Nakanishi Makoto
    • Journal Title

      Cancer Sci.

      Volume: 111 Pages: 2718-2725

    • DOI

      10.1111/cas.14534

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Two mouse models carrying truncating mutations in Magel2 show distinct phenotypes2020

    • Author(s)
      Ieda Daisuke、Negishi Yutaka、Miyamoto Tomomi、Johmura Yoshikazu、Kumamoto Natsuko、Kato Kohji、Miyoshi Ichiro、Nakanishi Makoto、Ugawa Shinya、Oishi Hisashi、Saitoh Shinji
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 15

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0237814

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  • [Journal Article] Generation of a p16 Reporter Mouse and Its Use to Characterize and Target p16 high Cells In Vivo2020

    • Author(s)
      3, Omori S, Wang TW, Johmura Y, Makoto Nakanishi, et al
    • Journal Title

      Cell Metabolism

      Volume: 32 Pages: 814-828

    • DOI

      10.1016/j.cmet.2020.09.006

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  • [Journal Article] Recent evolution of a TET-controlled and DPPA3/STELLA-driven pathway of passive DNA demethylation in mammals2020

    • Author(s)
      Mulholland Christopher B.、Nishiyama Atsuya、(19名) Nakanishi Makoto、Bultmann Sebastian、Leonhardt Heinrich
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11

    • DOI

      10.1038/s41467-020-19603-1

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  • [Journal Article] Structural dynamics of double-stranded DNA with epigenome modification2020

    • Author(s)
      Furukawa Ayako、Walinda Erik、Arita Kyohei、Sugase Kenji
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 49 Pages: 1152-1162

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa1210

    • NAID

      120006943328

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  • [Journal Article] Serine 298 Phosphorylation in Linker 2 of UHRF1 Regulates Ligand-Binding Property of Its Tandem Tudor Domain2020

    • Author(s)
      Kori Satomi、Jimenji Tomohiro、Ekimoto Toru、Sato Miwa、Kusano Fumie、Oda Takashi、Unoki Motoko、Ikeguchi Mitsunori、Arita Kyohei
    • Journal Title

      Journal of Molecular Biology

      Volume: 432 Pages: 4061-4075

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2020.05.006

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Cytotoxic T Lymphocytes Regenerated from iPS Cells Have Therapeutic Efficacy in a Patient-Derived Xenograft Solid Tumor Model.2020

    • Author(s)
      Soki Kashima, Takuya Maeda, Kyoko Masuda, Seiji Nagano, Takamitsu Inoue, Masashi Takeda, Yuka Kono, Takashi Kobayashi, Shigeyoshi Saito, Takahiro Higuchi, Hiroshi Ichise, Yuka Kobayashi, Keiko Iwaisako, Koji Terada, Yasutoshi Agata, Kazuyuki Numakura, Mitsuru Saito, Shintaro Narita, Masaki Yasukawa, Osamu Ogawa, Tomonori Habuchi, Hiroshi Kawamoto
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 23 Issue: 4 Pages: 100998-100998

    • DOI

      10.1016/j.isci.2020.100998

    • NAID

      120006826710

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    • Author(s)
      Maeda Takuya、Nagano Seiji、Kashima Soki、Terada Koji、Agata Yasutoshi、Ichise Hiroshi、Ohtaka Manami、Nakanishi Mahito、Fujiki Fumihiro、Sugiyama Haruo、Kitawaki Toshio、Kadowaki Norimitsu、Takaori-Kondo Akifumi、Masuda Kyoko、Kawamoto Hiroshi
    • Journal Title

      Molecular Therapy - Methods & Clinical Development

      Volume: 19 Pages: 250-260

    • DOI

      10.1016/j.omtm.2020.09.011

    • NAID

      120007169387

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    • Author(s)
      Higashijima Yoshiki、Nagai Nao、Yamamoto Masamichi、Kitazawa Taro、Kawamura Yumiko K.、Taguchi Akashi、Nakada Natsuko、Nangaku Masaomi、Furukawa Tetsushi、Aburatani Hiroyuki、Kurihara Hiroki、Wada Youichiro、Kanki Yasuharu
    • Journal Title

      Commun Biol

      Volume: 3 Pages: 725-725

    • DOI

      10.1038/s42003-020-01456-5

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    • Author(s)
      Hiraike Yuta、Waki Hironori、Miyake Kana、Wada Takahito、Oguchi Misato、Saito Kaede、Tsutsumi Shuichi、Aburatani Hiroyuki、Yamauchi Toshimasa、Kadowaki Takashi
    • Journal Title

      PLoS Genet

      Volume: 16

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1009044

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    • Author(s)
      Midorikawa Yutaka、(17名)Aburatani Hiroyuki
    • Journal Title

      Cancer Research

      Volume: 80 Pages: 3810-3819

    • DOI

      10.1158/0008-5472.can-20-0225

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      河本宏
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      河本宏
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      中西 真
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      河本宏
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      河本宏
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      Kawamoto, H
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      油谷浩幸
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Published: 2019-07-04   Modified: 2022-07-01  

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